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  • 發布時間:2021-06-23 17:59 原文鏈接: 腫瘤NGS大panel檢測的標準化及研究進展(四)



    位點檢測準確性評價:設置了TMB-14號樣本,參考測序儀性能評價參考品的標準的高置信SNP/indel位點的建立方法進行了TMB-14樣本中兩種細胞系的全基因組測序。然后構建了一個高置信參考變異集。



    位點檢測準確性評價過程。



    同時,需要考慮臨床樣本panel和WES一致性評價,在真實腫瘤樣本中,根據不同的建模方式,將panel TMB值代入回歸方程中,看是否落在90%的預測區間中,來證明臨床樣本panel和WES的一致性。建議多準備點樣本,中檢院要求準確性>90%,所以至少要準備15份樣本。



    需要考慮和具有臨床藥效樣本檢測一致性評價,進行TMB標準數據庫構建計劃。

    1,臨床樣本的標準WES數據;

    2,肺癌突變與臨床療效結果具有相關性;

    3,確定測序數據質控和分析基本參數要求。



    TMB計算規則建立及驗證全程中的質量控制標準化:

    1,下機數據質控;

    2,panel飽和度,計算規則驗證;

    3,參考品檢測;

    4,TMB數據一致性;

    5,監管數據庫復核。



    TMB檢測標準化困境或挑戰:產品設計方面,TMB的cut-off值,設立及驗證?產品預期用途是單藥?聯合用藥?療效預測?


    標準化方面也有很多困境:不用腫瘤的閾值的標準化;不同算法的標準化;性能指標驗證方法的可操作性。



    bTMB也可以評估免疫治療的效果,但存在標準不統一,評估數據較少的情況,也是未來的應用趨勢。


    目前,中國還沒有基于腫瘤組織或血液的NGS大panel產品獲批,不過相信隨著NGS大panel檢測的標準化發展和建立,將會有更多的基因檢測公司參與到NGS大panel檢測產品的注冊申報中,亦有利于促進中國腫瘤精準診療行業的進一步發展。


    參考資料:

    1.Lyle, Stephen, et al. “Comparison of a Large NGS Panel to Hot-Spot Testing and Small Panels for the Ability to Accurately Stratify Advanced Colorectal Cancer Patients to Appropriate Treatment Pathways.” Journal of Clinical Oncology, vol. 34, 2016, pp. 510–510.

    2.Büttner Reinhard,Longshore John W,López-Ríos Fernando et al. Implementing TMB measurement in clinical practice: considerations on assay requirements.[J] .ESMO Open, 2019, 4: e000442.

    3.曲守方.,腫瘤大panel檢測的標準化及研究進展申報中的思考,PPT,CSCO裕策博衛星會,20200924.


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