葛峰課題組最新文章發布原核生物的蛋白基因組分析軟件

　　蛋白基因組學(Proteogenomics) 是基于高精度的串聯質譜數據對基因組進行注釋，不僅能在蛋白質水平上驗證基因表達和模式，還能提供蛋白質組層面特有的信息，如翻譯后修飾、信號肽等,目前 已成為功能基因組學研究不可或缺的重要工具。然而，對海量質譜數據實現全面和精準的解讀仍是當前蛋白基因組學研究的瓶頸，目前仍缺乏專業、高效的蛋白基因 組學分析方法與軟件，限制了其在生命和健康領域的應用。

　　近期，來自中科院水生所葛峰課題組在前期完成的模式藍藻的蛋白基因組學分析工作的基礎上(Yang et al., PNAS，2014，111（52）：E5633-E5642)，基于水生所的超級計算平臺，開發了開源的針對原核生物的蛋白基因組學專業分析軟件GAPP。

　　研究成果以“GAPP: a proteogenomic software for genome annotation and global profiling of posttranslational modifications in prokaryotes”為標題在線發表在Molecular & Cellular Proteomics雜志上。

　　這一軟件整合了多組學數據庫搜索、類別錯誤率評估以及非限制性翻譯后修飾鑒定等多種方法，可實現針對海量質譜數據的快速、精準分析。利用該軟件對已發表的幽 門桿菌（Helicobacter pylori）蛋白質組學數據進行了測試，重新注釋了幽門桿菌的基因組，鑒定到84.9%的已注釋編碼基因并發現了20個新基因，同時，利用該軟件還實現 了幽門桿菌的蛋白質翻譯后修飾的全局系統發現，為幽門桿菌基因組的深入解讀及其功能分析奠定了基礎，也為深入研究幽門桿菌致病的分子機制提供了新的研究方 向。

　　GAPP實現了“一鍵式”的原核生物蛋白質基因組學快速、精準分析，使用者只需具備簡單的生物信息學知識,按照軟件的指令，可在24小時內完成原核生物的蛋白質基因組的精準鑒定和功能分析，該軟件有望成為解讀原核生物基因組及其功能分析的有力工具。