茚三酮是使氨基酸和多肽顯色的重要試劑。當茚三酮在弱酸性條件下和-氨基酸反應時，氨基酸被氧化分解生成醛放出NH3 和C02 水合茚三酮則變成還原型茚三酮，然后還原型茚三酮與NH3 及另一分子茚三酮進一步縮合生成藍紫色化合物，最大吸收值的波長為570nm。
因而本法是氨基酸定量測定應用最廣泛的方法之一，脯氨酸和羥脯氨酸與茚三酮反應生成黃色化合物最大吸收值的波長在44Onm， 多肽和蛋白質雖然具有茚三酮反應，但肽鏈越大靈敏度也越來越差，故不宜作定量測定之用。在多肽合成中常用來檢驗有無自由氨基的肽類存在。