方法：質譜法
原理：
一、利用MALDI-TOF質譜儀
根據肽質量指紋圖譜(Peptide Mass Fingerprinting, PMF)與蛋白質數據庫中蛋白質的理論PMF比對，就可以鑒定該蛋白質。
優點：速度快，通量高，方法簡便。
缺點：
靈敏度不足，可檢測到的肽段少，對數據庫檢索是不利的。
肽段分子量精確度往往不夠理想，影響鑒定結果。肽段分子質量在2000以上時，在MALDI-TOF-MS中的分辨率會有所下降。蛋白質數據庫仍不完善。
二、利用ESI-MS質譜儀
由于MS/MS具有結構分析功能，可以獲得檢測到的每一肽段的序列。根據一級質譜(MS)測得的精確分子質量和串聯質譜(MS/MS)所得的序列信息，通過蛋白質數據庫的檢索鑒定蛋白質種類。
優點：
通過串聯質譜大大增加了蛋白質鑒定的準確性。
對圖譜的精確度和分辨率要求不如PMF高。
采用納升噴霧提高檢測的靈敏度。
缺點：
通量與速度不如MALDI。
數據庫檢索比較費時。
儀器：
BrukerAutoflex Ⅱ（MALDI-TOF-TOF-MS）；Finnigan LCQ Deca XP / Finnigan LTQ
樣品要求：
1、防止角蛋白污染
2、樣品狀態：液體、固體或膠內蛋白質（接受考馬斯亮蘭染色和銀染樣品鑒定）
3、含鹽量： 揮發性無機鹽< 20 mM; 不揮發性無機鹽< 5mM
4、不少于200 ug /一塊膠（銀染）；
5、膠內蛋白質鑒定，蛋白質樣品量不少于1mg/一塊膠（考馬斯亮蘭染色）
蛋白質鑒定結果常見問題：
1、由于角蛋白等蛋白質的污染，造成鑒定為污染蛋白。
2、由于蛋白量過少引起鑒定結果的評分低，可信度不高。
3、由于蛋白質純度不足，造成鑒定結果為混合蛋白質。
4、由于蛋白質為未知蛋白，造成鑒定無結果。
注意事項：
1、推薦采用考馬斯亮蘭染色。因為該方法的成功率較高，而銀染的成功率則會低很多。
2、銀染的方法為快速銀染法。常規銀染法不適用質譜鑒定。
3、考馬斯亮藍染色樣品的上樣量>1mg
4、銀染法得上樣量>0.6mg
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