計算機技術還能幫助揭示癌癥惡化的分子機制！

　　近日，費城兒童醫院（CHOP）領導的一項研究揭示了蛋白質可變剪切與促癌基因之間的聯系。相關結果發表在《PNAS》雜志上。

　　文章作者，計算與基因組學中心主任Xing博士說：“我們的研究為癌癥驅動基因與選擇性剪接之間的關系提供了見解，這些發現可用于指導靶向可變剪接的癌癥療法的發展”。

　　選擇性剪接是細胞內必不可少分子過程，它允許基因在將RNA轉換成蛋白質之前根據其切割或剪接的位置不同編碼不同的蛋白質產物。癌細胞通常利用這一過程來產生促進生長和存活的蛋白質，從而使其不受控制地復制和轉移。這在包括前列腺癌在內的許多癌癥中都會發生。然而，科學家們并不完全了解導致這種變化的過程。

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　　為了更好地了解癌癥進展過程中可變剪接變化的原因和后果，研究小組研究了將近900種前列腺組織樣本中的RNA序列，其中包括健康的前列腺組織以及局部或侵襲性轉移性腫瘤組織。為了有效地分析如此大的數據集，該團隊創建了一個名為rMATS-turbo的新計算程序。通過使用該程序，研究人員確定了在這900個前列腺樣品中發生的超過13,000個可變剪接事件。

　　接下來，研究小組開發了名為PEGASAS（替代剪接的途徑富集指導活性研究）的分析工具，以發現與這些替代剪接變化相關的潛在癌癥驅動基因和途徑。他們發現，Myc（一種參與正常細胞功能的基因）在許多癌癥中均被擴增，并與自身調控替代剪接的基因中的替代剪接變化有關。研究人員使用經過工程改造以開啟或關閉Myc活性的人類前列腺細胞，進一步證實了這些替代的剪接變化確實是由Myc驅動的。

　　然后，研究人員將相同的PEGASAS策略應用于乳腺癌和肺癌樣本中，并發現Myc活性與其他剪接之間具有相同的關聯，這表明Myc激活（從而導致剪接中斷）在許多癌癥中均有發生。