計算生物學所研究人員在理論群體遺傳學取得重要成果

　　如何可靠地檢測新近發生的正選擇？上海生命科學研究院計算生物學所李海鵬研究員的最新研究成果實現了20年來理論群體遺傳學的一個夢想。

　　正選擇是一個重要的進化力量，它使得攜帶某個突變的個體相對于不攜帶這個突變的個體來說有生存和繁殖上的優勢。正選擇作為一種重要的進化力量，不僅在野生群體和現代人類的進化過程中扮演重要的角色，而且在家養動植物的馴化過程中(例如稻米、狗和豬)均起著決定性的作用。雖然我們無法回到過去，但是在最近1至10萬年里發生的正選擇事件通常都會在生物體的基因組里留下些蛛絲馬跡。所以我們可以檢測到這些正選擇事件并且定位造成這些適應性進化的突變，進而為研究這些突變的功能開啟大門。最終，我們希望通過這些研究來探索進化的根本奧秘——適應性進化的生物學機制。

　　然而，在檢測這些正選擇事件的時候，人們發現所研究對象的群體數量在過去幾萬年里很可能在不斷發生變化，這種群體數量的變化造成了相關檢驗方法(neutrality tests)的高假陽性率。例如，黑腹果蠅最早生活在非洲南部的一小塊區域，在1至6萬年前開始擴散到世界的其他地區。群體數量的擴張在果蠅的基因組里留下了幾乎和正選擇一樣的痕跡，使得相關檢驗方法的假陽性率非常高（可以高達80%到90%），這就造成了針對近期正選擇的檢驗可信度很低。

　　為了降低假陽性率，目前幾乎采用的唯一方法是在基因組水平上分析遺傳多態數據。然而由于長期進化過程中所遺留下來的信息是有限的以及目前計算分析能力的局限，人們所采用的模型不可能無限地接近于實際，所以要精確估計出自然群體的歷史數量變化的參數是相當困難的。所以這一方法仍然難以精確估計出具體的假陽性率，而且其可靠性仍就無法在數學上得到證明。不僅如此，由于一些重要的前提條件無法滿足，使得該方法難以運用到絕大多數的野生物種和家養動植物的研究當中。

　　基于此，在1989年Tajima提出了著名的Tajima’s D檢測方法之后，針對其存在的問題，理論群體遺傳學研究的一個主要目標就是要建立一個行之有效的方法，使得檢測新近發生的正選擇不受群體數量變化的影響。實現這個目標成為過去20多年理論群體遺傳學追逐的夢想。

　　李海鵬研究員的最新研究成果把這一夢想變成了實現。他提出了一種全新的通過檢驗樹的拓撲結構策略來檢測新近發生的正選擇，并建立了相應的統計學方法。數學和計算機模擬兩方面均證明了，該統計學假設檢驗的結果不受群體歷史數量變動的影響，比如瓶頸效應和群體擴張。這意味著無論群體的數量在歷史上如何變動，這一新方法的假陽性率將保持在統計學假設檢驗時所設的顯著性水平以下。

　　新的方法不需要任何種群歷史的信息或者對種群參數的估計，也無需基因組水平的遺傳多態數據，僅僅需要來自于100至1000bp范圍內的遺傳多態數據，就可以可靠地檢測新近發生的正選擇。這一新方法的建立將極大地促進相關領域的發展。

　　該研究成果發表在MBE雜志上（影響因子9.872）（Haipeng Li, 2010, Molecular Biology and Evolution; doi: 10.1093/molbev/msq211）。