近日,中科院上海生命科學研究院計算生物學研究所量化生物學平臺(Omics Core)正式投入運行。平臺配備有Illumina HiSeq 2000測序系統和相關儀器設備,該測序系統將文庫DNA/cDNA片段附著到特殊處理的光學透明玻璃表面(即Flow cell),并采用可逆終止法邊合成邊測序,每張Flow cell每次運行最多可得到讀長為2×100bp的300G數據通量,即可對單一人類基因組樣品進行約100倍的覆蓋度測序。
量化生物學平臺旨在提供優質的高通量測序服務,獲取海量的原創生物數據,構建一個完整的從實驗數據產生到計算處理的流程,成為計算生物學研究所所內技術支撐和孵化基地,促進本所在計算生物學領域的創新發展;同時也期望為生科院和其他兄弟研究單位提供優質高通量測序服務。
量化生物學平臺目前擁有一名博士和兩名碩士研究人員,主要提供核酸測序文庫樣品制備,并對多種基因組、宏基因組、轉錄組、外顯子、小RNA、ChIP-Seq及甲基化等開展測序研究服務;同時可依據客戶需求對各類數據的基本分析和深度加工等開展合作研究。
在國家自然科學基金項目(批準號:32125009、32430017)等資助下,西安交通大學葉凱團隊在基因組三維結構演化領域取得新進展。研究團隊創建了染色質長距離互作捕捉計算方法和跨物種分析手段,首次勾......
自21世紀初具有里程碑意義的人類基因組解碼工作完成以來,DNA測序技術迎來了爆發式發展。傳統計算機已難以滿足海量的數據與激增的算力需求,這推動人們尋求替代方案。如今,量子計算距離實用又近了一步。科學家......
南亞地區的人們以酸奶、印度奶酪和印度酥油等乳制品為食。現在,這一地區正幫助解開一個長期存在的謎題:人類是如何獲得消化牛奶的能力的。一項針對印度、巴基斯坦和孟加拉國現代及古代人類基因組的研究表明,一種能......
一項發表在最新一期《自然》雜志上的研究,通過對生活在10200至150年前的南非個體基因組進行分析,證實了在南部非洲,一群智人在半隔離的狀態下生活了數十萬年。這是迄今規模最大的對非洲古代DNA的研究,......
生物計算是指利用生物系統固有的信息處理機理研究開發的一種新的計算模式。科學家正嘗試培養人類神經元,并將其構建成具備“生物晶體管”功能的系統。英國《自然》網站在日前的報道中指出,部分科學家認為,生物計算......
? 在美國人類遺傳學會(ASHG)年會上,因美納5堿基解決方案的早期試用客戶——倫敦健康科學中心研究所將展示該技術在加速罕見病病例解析方面的強大潛力。? 因美納專有的5堿基化學技術......
人類基因組中存在大量具有"跳躍"能力的逆轉座子(retrotransposon)序列。在胚胎發育早期、免疫和神經系統等特定階段和環境下,它們會被激活,發揮重要生理功能;在病毒感染、......
橡膠樹是天然橡膠的主要來源。“橡膠樹育種面臨的主要困難在于周期長和效率低,通過常規育種方法將多抗、高產性狀聚合往往需要30~40年。”中國熱帶農業科學院橡膠研究所研究員程漢告訴《中國科學報》。然而,目......
記者宋喜群、馮帆從山東農業大學獲悉,該校農學院教授孔令讓研究團隊首次組裝了小麥遠緣雜交常用物種中間偃麥草和鵝觀草染色體水平的高質量基因組序列,解析了二者基因組結構差異與獨立多倍化演化路徑,對兩者攜帶的......
胡贊民(右二)、范成明(左一)等正在查看油菜籽生長情況。遺傳發育所供圖5月的新疆和田,大地初披新綠。中國科學院遺傳與發育生物學研究所(以下簡稱遺傳發育所)高級工程師唐丁與博士生尤常清、博士后吳雪丹播完......