頂級癌癥論文能否重復？

　　2013年10月，Richard Young收到了一封措辭禮貌，但態度強硬的郵件。寄信人是“調查癌癥生物學領域近期一些論文可重復性的研究者團隊”中的一員。Young是麻省理工學院（Massachusetts Institute of Technology）的生物學家，他于2012年在《細胞》（Cell）雜志上發表了一篇癌癥研究的文章，該文章揭示了c-Myc蛋白促進腫瘤生長的機制。癌癥生物學領域重現性項目（Reproducibility Project： Cancer Biology）挑選了2010年~2012年間50篇高影響力癌癥研究論文，審查這些論文的可重復性。Young的這篇論文恰好是其中之一。

　　Young回信說，已有一個歐洲實驗室重復了他們的實驗，并且也發表了一篇論文。但重現性項目負責人回復說，他們仍需重復該文章。同時他們要求Young提供具體的實驗細節和方案。經過數周的郵件溝通，以及與該研究的核心人員反復核對技術細節后，重現性項目小組表示，他們不打算逐一驗證該論文中的30多個數據圖，而是選擇關鍵性圖中的4個數據進行重復。這些實驗的重復并不由相同領域的另一學術實驗室進行，而是由匿名的學術研究機構進行。

　　今年1月，重現性計劃小組公布了重復這些實驗的具體方案，Young則開始了焦心的等待。他表示，如果該小組能重復這些實驗，這很正常——畢竟已經有實驗室重復過了。如果他們無法重復這些實驗，這可以是因為負責重復實驗的實驗室不夠專業。Young指出，不管怎么樣，這個重現性項目純屬浪費時間。盡管他也覺得實驗的重復性非常重要，還是認為這種重復的方式有問題。”

　　其他被重現性項目小組挑中論文的研究者們和Young的想法一樣。幾乎每個科學家都同意，和其他領域一樣，癌癥生物學領域里確實有很多論文不可重復，原因有很多，包括試劑有問題，或者是選擇的生物系統有缺陷。但重現性計劃讓研究者們非常不舒服。重現性計劃小組打算在接下來的幾個月里宣布結果。這些被挑中的研究者們態度都很負面，從煩惱到焦躁，甚至是憤怒。來自博德研究所（Broad Institute）的Todd Golub說道，“這個計劃的初衷值得欽佩，目標也很遠大。我喜歡他們的想法。但我擔心，這些頂級論文里采用的都是非常復雜且精細的、經過幾十年驗證的是實驗技術。負責重復這些實驗的人是否足夠專業，這對實驗結果的影響很大。”

　　Golub等人還有一個擔憂，如果重現性項目宣布50篇癌癥頂級論文中有很多都無法重復，這對研究人員的名譽是極大的損壞，并且癌癥領域的基金支持也會大大減少。來自德國圖賓根大學（University of Tübingen）的Lars Zender希望重現性計劃小組成員能夠了解他們所擔負的責任。

　　Timothy Errington是開放科學中心（Center for Open Science）重現性項目的負責人。他深知重現性項目讓整個學界不安。但他表示，他們努力確保重復時遵循原實驗的一切細節，盡量減少由于實驗細節不同造成的重復失敗。重現性項目真實衡量了癌癥生物學領域的可重現性程度，對學界大有裨益。他還指出，有學者認為，重現性項目旨在證偽，對他們的學術生涯產生了威脅。但我們的目標并不在此。

　　研究無法重復早就不是新話題了。3年前，學界將目光聚焦到癌癥生物學領域的可重復性問題上。當時《自然》（Nature）的一篇評論指出，生物技術巨頭Amgen公司對53篇頂級癌癥論文進行過重復性驗證，僅有6篇可以重復。（Bayer公司也指出，他們對2011年一些癌癥研究論文進行重復，有79%的失敗率。）Amgen公司表示，數據的不可重復導致了高昂的藥物研發成本和多次臨床實驗失敗。一年以前，Amgen公司發現一篇《細胞》（Cell）論文的關鍵數據無法重復后，便放棄了尋找以癌癥蛋白STK33為靶標的藥物。

　　更讓人沮喪的是，由于和一些實驗室簽訂了保密協議，Amgen公司不能公開重復實驗的數據，也不能公開那些無法重復的論文的標題和作者。這篇評論的共同作者Gleen Begley原來是Amgen公司的職工，后離職轉行到了咨詢行業，如今就職于TetraLogic制藥公司。Begley寫了一篇后續的評論，指出了他發現的6大問題，包括缺乏恰當的對照組，統計缺陷以及無法逐一驗證試劑。

　　與此同時，癌癥生物學家Elizabeth Iorns發起了重現性計劃。該項目通過付費給Science Exchange網站上聯系到的實驗室，將需要重復的實驗外包給這些實驗室。Iorns是Science Exchange的創始人。她發現，很多藥企都通過Science Exchange將重復實驗外包給其他實驗室，避免浪費時間和金錢在不可重復的實驗上。但重現性計劃的啟動需要資金。她先向勞拉和約翰阿諾德基金會（Laura and John Arnold Foundation）申請到了基金。該基金會給她推薦了開放科學中心作為合作伙伴。開放科學中心由美國弗吉尼亞大學（University of Virginia）大學的心理學家Brian Nosek創立，旨在推進學術透明。

　　開放科學中心和Iorns達成了合作。這一合作啟發了Nosek，他決定招募學界的志愿者來重復心理學領域的論文。鑒于癌癥生物學的復雜性，他們決定將癌癥論文的重復工作外包給Science Exchange上的實驗室。

　　部分50位被選中的研究者們表示，將重復性項目交給Iorns的公司存在利益沖突。Iorns回應，她的公司在重現性計劃里并不營利，因為公司把外包產生的盈利都捐贈給了重現性項目。她指出，之所以選擇Science Exchange來選擇外包實驗室，是因為更便宜，也更節省時間，并且結果更公允——這些匿名的實驗室不需要擔心如果重復失敗會得罪同行。

　　Errington從美國弗吉尼亞大學（University of Virginia）微生物學專業博士畢業后，參與到癌癥重現性項目的運營中。Iorns等人選取了2010-2012年發表在頂級雜志上的五十篇高引論文。選擇的論文話題涵蓋了癌癥研究領域的熱點，包括新的蛋白藥物靶標和癌癥中腸道菌群的作用等。她從阿諾德基金會拿到了130萬美金的支持，也就是每篇論文26000美金，而且還有公司捐贈試劑。這些錢足夠重復論文里的關鍵數據。重現性計劃在最初會給論文作者發郵件，之后會把進度發布到網上。

　　在選定了一些需要重復的論文后，Begley有些想打退堂鼓了。他表示，有些論文有明顯的缺陷，比如缺乏適當的對照組，重復這些論文純屬浪費時間。他去年從重現性計劃的咨詢委員會退出。

　　Iorns表示，收集重復實驗所需要的所有信息，甚至一共需要多少動物都比原來設想的更復雜，更費時間。信息收集員需要聯系早就畢業的研究生和博后，查閱作者們的筆記本和原始數據文件。此外，項目組還需要和學校簽訂質粒、細胞系和小鼠等物質轉移協議。這些都導致重現性計劃進展緩慢。

　　為了增加項目的嚴謹性，Iorns等人決定在重復實驗開始前，把專家審核過的實驗方案公開在參與合作的開源雜志eLife上。Errington表示，這有助于完全重復實驗的各個細節，排除由于實驗方案的細微差別導致的差異。紀念斯隆-凱特琳癌癥中心（Memorial Sloan Kettering Cancer Center）的研究者，eLife雜志的資深編輯Charles Sawyers表示，這樣能保證實驗設計的合理性，以及實驗結果的可靠性。目前重現性項目已發表了11個實驗方案。他們預計在今年秋天發布第一批重復結果，全部的重復結果要到2017年底才能完成。

　　盡管Errington反復表示，很多實驗室對重現性計劃非常感興趣，也非常樂于參與。但《科學》（Science）雜志采訪了四分之一被挑中的研究者，他們的態度可沒這么正面。很多人表示，重現性項目占用了他們大量的時間：每個月超過二三十封郵件，一個研究生需要花上整整兩周的工作時間來提供完整的實驗方案和與共同作者們溝通。Erington無奈承認，部分實驗室拒絕合作，至少一度終止過聯系。

　　對很多科學家來說，最大的擔憂是這些承擔重復實驗工作的實驗室的專業程度。他們認為，外包實驗室很難獲得與高度專業化的實驗室獲得相同的結果。Young強調，通常一個研究生需要花費數年的時間來學習和完善新技術。Young還指出，他們團隊由基因控制和腫瘤學領域最具天賦的年輕科學家來做這些基因組的研究。如果僅僅把實驗方案寄給外包實驗室就能搞定，他們肯定也這么干了，何必浪費這么多時間和精力。

　　5年前離開學界，現就職于Calico Life Sciences公司的Jeff Settleman非常贊同Young的觀點。“你不能指望給我和Julia Child（大名鼎鼎的廚神）一樣的菜譜，我們就能做出一樣的佳肴。這不現實。”Settleman有兩篇論文被重現性項目選中。

　　學界采取不同的辦法來重復實驗。哈佛大學（Harvard University）的Levi Garraway也有兩篇論文被重現性項目挑中。他指出，如果另一個實驗室無法重復實驗，他們可能會派一個人到發表論文的實驗室，和原作者一起做實驗。但Erington表示，重現性項目不打算參觀原實驗室，他們只要保證實驗方案相同。伯翰桑福德醫學研究所（Sanford-Burnham Medical Research Institute）的ErkkiRuoslahti擔憂的是：重復實驗的實驗室可能只做一次動物實驗，但是他做了兩三次。

　　重現性項目組也承認這些問題的存在。Iorns表示，這些承擔實驗的實驗室都是非常專業的，甚至比原作者經驗更豐富。她認為，如果一份菜譜足夠詳細，兩個不同的廚師應當能做出一模一樣的菜肴。

　　她還補充道，重現性項目會產生一個巨大的數據集，那些對重復實驗感興趣的學者可以利用這個數據集查看所有能夠影響實驗能否重復的變量。她還強調，之所以會花那些原作者那么多時間和精力，是因為這些作者的論文里缺乏很多關鍵信息。研究者們發表論文時，應當寫明各個實驗細節，包括試劑的公司和貨號等——如果無法在論文里寫明，也應該加上相應的鏈接。她說道，“目前最大的教訓是，發表論文的方式需要改變（即論文里需要寫明實驗細節）。”

　　但很多癌癥生物學家認為，即使公開了不可重復的論文的標題和通訊作者，一篇披露很多癌癥研究無法重復的報告作用不大。Settleman表示，更有效的辦法是：雜志的編輯和審稿人提高對實驗設計細節的要求，以及有充足的數據支持關鍵結論。很多雜志在不斷提高身高標準，美國國立衛生研究院（National Institutes of Health）也在采取措施加強重復性，例如要求專門人員審查實驗設計。

　　Iorns也同意這些措施很必要，但她認為高影響因子的論文更需要仔細的審查。因為這些論文決定了制藥公司癌癥治療的研發方向。與其擔心名聲受損和基金縮減，學界更應該擔心論文可重復性差的問題——制藥公司無法重復任何關鍵的癌癥論文！正如Iorns所說，“其他實驗室有可能無法重復實驗，這很正常，并沒有什么需要遮掩的。遮掩本身才是最大的錯誤。”