1、HPLC分離、純化蛋白質的速度快。通常半小時左右可進行一次，大大縮短了純化蛋白質的時間；
2、分辯率高。一根長10cm的色譜柱可分離十幾種以上的物質；
3、適應面廣，靈活性強，幾乎所有的蛋白質根據它們的性質差別（等電點、疏水性、分子量、電荷分布等）都可以用不同HPLC方法進行分離提純；
4、靈敏度高。HPLC現已廣泛采用多種高靈敏度的檢測器，如紫外、熒光、電導等。熒光的靈敏度可達10-9g；
5、重復性好，在作分析蛋白質分析試驗時，誤差一般不超過5%。
因此，HPLC在蛋白質分離純化方面具有極其重要的位置。當然HPLC也有它的缺點，例如，儀器設備價格昂貴，雖然已有制備柱使用，但制備量還是受到限制，在某些方法中，由于使用有機溶劑，對蛋白質的活性會有一定影響。高效液相色譜儀是高效液相色譜的專用儀器，有很多種類，從類型看分為綜合型高效液相色譜儀和專用型儀器，從功能上分為分析型、制備型、分析和制備兼用型。