10XGenomics的技術助力單細胞RNASeq方法的開發

　　生物通報道 10X Genomics和Fred Hutchinson癌癥研究中心的研究人員近日開發出一種新的單細胞RNA測序方法，可實現數千個免疫細胞的分析。這項成果于本周發表在《Nature Communications》上。

　　以往的群體分析掩蓋了單細胞的異質性，而單細胞RNA測序（scRNA-seq）能夠揭開轉錄異質性，有助于發現新的細胞類型，并深入了解發育過程中的調控網絡。然而，以往的scRNA-seq方法在通量或擴展性方面存在不足。

　　于是，10X Genomics和Fred Hutch的團隊利用基于液滴的方法，讓單細胞轉錄組學得以加速。他們使用了一種微流體平臺，這個平臺基于GemCode技術，將帶有條形碼、索引分子、引物及其他的凝膠珠與單細胞混合。每個液滴內開展逆轉錄反應，以產生測序所用的帶有條形碼的cDNA。

　　據研究人員介紹，這種細胞封裝大約有50%的捕獲效率，可在6分鐘內發生。它能夠分析來自29個不同樣品的250,000個單細胞，并根據SNV來區分單個細胞。

　　Fred Hutch癌癥研究中心的研究人員利用這種方法來分析兩名急性髓系白血病（AML）患者在接受造血干細胞移植前后的樣本。他們分析了大約17,000個骨髓單核細胞樣品。在治療前，這些樣本的獨特分子標識符大約是健康細胞的三至五倍。研究人員指出，這可能反映了白血病細胞的異常轉錄程序。

　　對于其中一名患者，研究人員指出移植后的樣本中存在兩種基因型，一種占13.8%，另一種占86.2%，這反映了宿主和供體的基因型。不過，對于另外一名患者，他們未檢測到宿主的基因型。這兩個結果都經過了臨床嵌合體實驗的驗證。

　　根據SNV分析，研究人員還比較了這些樣本的細胞亞群。對于第一名患者，他們發現移植前紅細胞水平高，這反映了患者的紅白血病診斷；而移植后未成熟的紅細胞水平高，這與患者的復發是一致的。他們補充說，常用的流式細胞分選（FACS）技術難以檢測到這一點，因為早期紅細胞的標志物數量有限。

　　研究人員表示：“我們能夠揭示細胞的身份，而不用在顯微鏡下觀察它們，或了解其表面的蛋白表達模式。這對尋找特定譜系的白血病細胞特別有用，因為它們幾乎沒有表面標志物。”