2025蛋白質組學大會之蛋白質組動態

　　2025年10月14日14點在廣州白云國際會議中心國際會堂珠水廳，第12屆AOHUPO大會暨第8屆AOAPO大會暨π-HuB國際大科學計劃第三屆全球峰會暨第13屆CNHUPO大會“Proteome Dynamics”分論壇順利拉開帷幕。本論壇由中國科學院大連化學物理研究所張麗華研究員、南京大學劉震教授和四川大學戴倫治研究員共同組織；莫納什大學Pouya Faridi教授和耶魯大學醫學院Yansheng Liu教授共同主持。來自新加坡科技研究局、莫納什大學、耶魯大學、南洋理工大學、南京大學、中國科學院大連化學物理研究所、四川大學和國立臺灣大學的頂尖學者，圍繞動態蛋白質組學的技術前沿、基礎科研和臨床轉化展開了熱烈的研討，旨在揭示在衰老、疾病等發生發展過程中蛋白質的含量、翻譯后修飾和相互作用的動態變化，以期為生物標志物的發現和精準治療策略的發展提供新思路。

分會報告

Dr. Wei Wu

Agency for Science, Technology and Research, Singapore

Going “Beyond Personal” in the Quest for Neoantigens

　　Wei Wu教授聚焦新抗原發現的策略創新，旨在突破個性化醫療的局限，解決低腫瘤突變負荷癌癥中新抗原稀缺的臨床難題。通過整合基因組注釋優化、非經典翻譯事件挖掘及蛋白降解技術，系統探索了超越點突變來源的新抗原資源，從癌癥特異性翻譯產物中鑒定隱藏表位。同時利用質譜和免疫學方法，驗證新抗原的可呈遞性與免疫原性，證實其可激發特異性T細胞反應，為低突變負荷腫瘤（如部分實體瘤）的免疫治療提供了新靶點。此外還針對新抗原呈遞效率低的瓶頸，開發了PROTAC介導的選擇性蛋白降解策略。通過誘導癌蛋白（如Stat3）的靶向降解，增強新抗原的MHC-I類分子呈遞，從而提升免疫識別效能。這一突破有望擴大免疫治療受益人群，推動新抗原療法從個性化向通用化邁進。

Dr. Pouya Faridi

Monash University

The Trans Effect of Driver Mutations on the Tumour Antigenic Landscape

　　Pouya Faridi教授聚焦于驅動突變對腫瘤抗原景觀的"跨效應"調控機制研究。以兒童彌漫性中線膠質瘤為模型，發現組蛋白突變H3K27M不僅直接產生新抗原，更通過表觀遺傳重編程激活沉默基因組區域，顯著擴展了腫瘤抗原庫。利用CRISPR/Cas9構建H3K27M同基因細胞系模型，通過深度覆蓋的免疫肽組學技術（SAPrIm方法）在臨床微量樣本中鑒定超過20,000個肽段，揭示了突變細胞中特異性呈現的腫瘤相關抗原。這些抗原不僅來源于經典蛋白編碼區，更涉及非經典開放閱讀框（如uORF、IncRNA-ORF）等"暗蛋白組"區域。建立了以驅動突變為中心的抗原發現新范式，證明單基因突變可通過"跨效應"重塑整體抗原呈遞格局，為低突變負荷腫瘤的免疫治療靶點開發提供了新方向。

Dr. Yansheng Liu

Yale School of Medicine

Proteome and Phosphoproteome Turnover Atlas: From In Vitro to In Vivo

　　Yansheng Liu教授長期專注于蛋白質組動力學、翻譯后修飾（如磷酸化）及其在癌癥與非整倍體中的調控機制研究。通過創新開發pSILAC-DIA技術平臺，實現了從體外細胞模型到活體動物組織的蛋白質組動態精準定量，并構建了迄今最全面的小鼠多組織蛋白質組與磷酸化蛋白質組動態圖譜。覆蓋了8個主要組織和多個腦區的11000個蛋白質及40000個磷酸化位點，揭示了組織特異性蛋白壽命規律、磷酸化修飾對蛋白質穩定性的長期調控作用，以及蛋白質復合物亞基間的協同周轉特征。這些發現為理解蛋白質穩態在衰老、癌癥等疾病中的失調機制提供了動態分子基礎，并為靶向蛋白質降解等治療策略的開發提供了新視角。

Dr. Nguan Soon Tan

Nanyang Technological University

A Muiti Organomics Map Reveals Complementary Metabolic Rewiring by GLP 1 and Dietary Reversion Using the MASLD Mouse Model

　　Nguan Soon Tan教授聚焦代謝功能障礙相關脂肪肝病（MASLD）的精準治療策略研究。通過LIDPAD小鼠模型整合多組學技術，系統解析了GLP-1受體激動劑——司美格魯肽與飲食回歸干預的協同代謝重編程機制。揭示了semaglutide通過激活肝臟晝夜節律程序，特異性調控膽汁酸組成并抑制腸道脂質吸收基因，減少腸-肝脂質輸入；而飲食回歸則廣泛激活肝腺和脂肪組織的大營養素氧化途徑，通過微生物組依賴的膽汁酸解離增強肝外脂質氧化能力。他指出兩種干預雖均改善肝組織學和氧化應激，但分別作用于腸-肝樞紐脂質通量軸的不同節點——司美格魯肽側重輸入限制，飲食回歸強化氧化。這一“通量感知”框架為MASLD的分期精準治療提供了新范式，指出藥物與飲食策略的聯合應用可以突破疾病階段的代謝限制。

劉震 教授

南京大學

Cracking the Glyco-Code

　　劉震教授聚焦糖組學解碼的前沿挑戰，指出糖類作為生命體關鍵組分蘊含重要生物信息，但因其結構多樣性，破解“糖密碼”始終是一項艱巨挑戰。團隊創新性地開發了基于鈣鈦礦量子點@分子印跡聚合物探針的降維熒光標記技術，結合AI驅動的降維解碼技術，突破了傳統質譜法的精度與可操作性局限。通過該技術繪制了9種主要人類癌癥的糖基化圖譜，揭示了末端單糖的組合模式會形成“器官特異性特征”，且這些特征在癌癥中會發生系統性重編程。該策略在癌癥高精度分類、亞型分層及轉移源追蹤等關鍵臨床應用中展現出獨特的應用潛力。有望為精準病理診斷、腫瘤亞型發現、精準醫療及空間蛋白質組學提供關鍵技術支撐。

趙群 研究員

中國科學院大連化學物理研究所

Large-Scale Mapping of Dynamic Protein Complexes in Cells by in Vivo Crosslinking Mass Spectrometry

　　趙群研究員深耕于蛋白質原位動態構象變化與復合體組裝解析技術及在細胞活動調控中的關鍵作用研究。通過發展原位化學交聯質譜（XL?MS）技術，在活細胞微環境下系統研究了蛋白質相互作用的時空動態組裝。研制了高生物相容性、細胞可滲透且具同位素報告離子定量能力的多功能交聯試劑，并結合高效的生物正交富集與高可信度肽段鑒定策略，顯著提升了原位XL?MS分析的靈敏度、覆蓋度和準確性，實現了對活細胞及原代細胞中瞬態和低豐度蛋白互作的可靠檢測。通過靶向細胞器的富集策略，繪制了亞細胞尺度的蛋白質互作網絡，并以MG132誘導的PTEN核質轉運為模型，揭示了在從胞漿到胞核穿梭過程中互作組的動態變化。此外還解析了蛋白復合體在相分離過程中的重組機制。所發展的原位XL-MS技術不僅為解析細胞適應與應激響應的分子機制提供了有力工具，也為生命科學與精準醫學的縱深發展提供了新思路。

戴倫治 研究員

四川大學

Internal Standard-Assisted Profiling of Protein Modifications in Low-Input Samples

　　戴倫治研究員聚焦超微量蛋白質修飾組學技術開發與應用，針對微量樣本（如稀有細胞、活檢組織）中低豐度修飾多肽檢測難點，開發了微量蛋白質修飾組學新技術。通過引入TMT標記的乙酰化內標增強樣本中乙酰化肽段一級質譜信號并觸發二級碎裂，不依賴抗體親和富集，在1萬個細胞中鑒定到~1500個乙酰化位點，樣品用量降低至百分之一。利用該技術不僅繪制了衰老過程中關鍵修飾（如H4K77ac）的動態變化圖譜，還為衰老相關疾病（如肌少癥、腸癌）的生物標志物發現提供了高靈敏度工具。極大推動了微量樣本蛋白質修飾分析從方法創新到臨床轉化。

Dr. Miao-Hsia Lin

National Taiwan University

Layer-Resolved Proteomic Profiling of the Corea After Trigeminal Denervation

　　Miao-Hsia Lin教授團隊通過基于文庫的數據非依賴采集（DIA）策略，對神經性角膜病變中2,000個上皮細胞、角膜基質細胞及內皮細胞進行了蛋白質組學分析，系統解析了不同角膜細胞層在神經損傷下的分子響應。研究發現，盡管各細胞類型對損傷的應答具有特異性，但鐵死亡通路在所有細胞類型中均被一致激活，同時伴隨免疫相關蛋白上調和活性氧清除蛋白減少，與脂質過氧化增強現象相符。該研究揭示了鐵死亡與免疫調控在角膜退行性病變中的關鍵作用，為神經性角膜病變的機制解析提供了新視角。