AgilenteArray定制芯片應用案例

在生命科學的不同研究中，需要觀察的基因并不完全相同，因此許多研究者往往需要針對自己感興趣的一些基因進行表達分析。定制芯片服務的目的，就在于滿足不同研究者的需要。另外，有些物種尚沒有商品化的基因芯片可以提供，也需要通過定制芯片來制備。   上海伯豪生物技術有限公司/生物芯片上海國家工程研究中心（SBC）是Agilent公司在國內唯一認證的服務提供商，并被授予”Agilent公司亞太區最佳服務供應商“的稱號。利用Agilent公司的eArray芯片定制系統，上海伯豪將為您提供芯片設計、芯片合成、芯片雜交與掃描、數據分析等全方面服務。2011年，多位科學家利用上海伯豪Agilent  eArray定制芯片服務在國際知名期刊上發表了文章。   2011年SBC客戶發表的定制芯片文章舉例   應用案例1：表達譜芯片研究低氧濃度增強腺苷酸合成的分子機制  Yu WB, Gao SH, Yin CY, Zhou Y, Ye BC. Comparative Transcriptome  Analysis of Bacillus subtilis Responding to Dissolved Oxygen in  Adenosine Fermentation. PLoS One. 2011;6(5):e20092. （影響因子4.411）  

高氧濃度和低氧濃度條件下，表達譜芯片顯示影響的信號通路。

物種：枯草桿菌 案例介紹：溶解氧是腺苷酸生成過程中的關鍵因子。前期的研究表明，在生長過程中，較低濃度的溶解氧能增加腺苷酸的產量。在這篇文章中，研究者利用基因芯片等技術手段在轉錄組水平上系統地研究了溶解氧濃度影響腺苷酸產   量的分子機制。該基因芯片利用Agilent的eArray芯片定制系統合成，涵蓋4106個枯草桿菌基因。比較高溶解氧濃度和低溶解氧濃度的條件下枯草桿菌的基因表達差異，研究人員發現降低溶解氧濃度的主要影響有：（1）增強碳代謝；（2）抑制氮源的降解；（3）抑制嘌呤合成。黃嘌呤（xanthine）的降解受到抑制從而導致腺苷酸合成的增強。能量代謝、細胞分化和蛋白合成相關的基因也受到溶解氧濃度的影響。這樣的研究給我們提供了靶標，用以改造以提高腺苷酸的產量。   應用案例2：比較丙酮丁醇梭桿菌兩種菌株的基因組和表達譜 Hu S, Zheng H, Gu Y, Zhao J, Zhang W, Yang Y, Wang S, Zhao G, Yang  S, Jiang W. Comparative genomic and transcriptomic analysis revealed  genetic characteristics related to solvent formation and xylose  utilization in Clostridium acetobutylicum EA 2018. BMC Genomics. 2011 ,  12:93. （影響因子4.206） 物種： 丙酮丁醇梭桿菌 案例介紹：丙酮丁醇梭桿菌是一種革蘭氏陽性、孢子生殖的厭氧菌，它能生成丙酮、丁醇和乙醇。常見的丙酮丁醇梭桿菌菌株是ATCC  824。而前段時間發現的丙酮丁醇梭桿菌變種EA 2018不產生孢子，并且具有更強的有機溶劑生成能力。研究人員利用Roche 454對EA  2018進行了全基因組測序。比對EA 2018和ATCC  824的基因組序列發現了46個缺失和26個插入突變。利用Agilent的eArray定制芯片系統，研究人員比較了EA2018和ATCC  824的表達譜，發現spo0A、adhEII和CAC2613基因與有機溶劑合成能力有關。   應用案例3： Li L, Xu Z, Zhou Y, Li T, Sun L, Chen H,  Zhou R. Analysis on Actinobacillus pleuropneumoniae LuxS regulated genes  reveals pleiotropic roles of LuxS/AI-2 on biofilm formation, adhesion  ability and iron metabolism. Microb Pathog. 2011, 50(6):293-302.  （影響因子2.000） 物種：胸膜肺炎放線桿菌   應用案例4： Liang H, Zhao YT, Zhang JQ, Wang XJ, Fang  RX, Jia YT. Identification and functional characterization of small  non-coding RNAs in Xanthomonas oryzae pathovar oryzae. BMC Genomics.  2011, 12:87. （影響因子4.206） 物種：水稻白葉枯病菌

SBC已經完成的e-array物種清單: 動物：家蠶、地鼠、壁虎、青江魚、血吸蟲、渦蟲、雞。 植物：小麥、刺五加、西瓜、柑橘、月季、百脈根、茄科、玉米、牡丹。 微生物：阿維鏈霉菌、稻瘟菌、煙曲霉、結合分枝桿菌、乳酸桿菌、鏈霉菌、豬鏈球菌、馬爾尼菲青霉菌、丙酮丁醇梭菌、天藍色鏈霉菌、申克孢子絲菌、假單胞菌、布魯氏菌羊種、 胸膜肺炎放線桿菌、枯草桿菌、水稻白葉枯病菌。

應用案例5：Lu Y, He J, Zhu H, Yu Z, Wang R, Chen Y,  Dang F, Zhang W, Yang S, Jiang W. An orphan histidine kinase, OhkA,  regulates both secondary metabolism and morphological differentiation in  Streptomyces coelicolor. J Bacteriol. 2011 Apr 22. （影響因子3.726） 物種：鏈霉菌    應用案例6：Zhou Y, Yu WB, Ye BC.  Variation of gene expression in Bacillus subtilis samples of  fermentation replicates. Bioprocess Biosyst Eng. 2011 Jan 12.  （影響因子2.060） 物種：枯草桿菌