Cell：轉移性前列腺癌的磷酸化蛋白質組學研究

　　癌癥基因組學有望通過揭示驅動個體患者腫瘤細胞的遺傳突變來實現個體化癌癥治療。但解讀這一基因組數據仍然是個挑戰。一些突變和其他遺傳改變對癌細胞的影響，呈現在與細胞生長、增殖和其他癌癥生物學標志相關的復雜分子互作（信號通路）網絡中。通過繪制在前列腺癌細胞中活化的一些關鍵信號通路，研究人員能夠確定可以采用藥物靶向來破壞這一疾病的這些信號通路中的“主控開關”。

　　來自加州大學洛杉磯分校等處的研究人員采集了惡性轉移前列腺癌患者尸體的臨床組織樣本，通過一系列復雜的分析確定了來自每位患者的癌細胞特征。而且他們也對生成的數據集進行一種新穎的計算分析，繪制出了每位患者癌細胞中信號通路的個體化圖表，其中的一些細節表明了潛在的治療靶點。

　　這一研究成果公布在Cell雜志上，文章的通訊作者，加州大學基因組學研究所癌癥與干細胞基因組學主任Josh Stuart說，“這就像擁有了每個腫瘤的藍圖。這是我們對個體化癌癥治療的夢想，因此我們不只是猜測哪些藥物將會起作用，而能夠根據是什么驅動了患者的癌癥來選擇藥物靶點。”

　　磷酸化蛋白質的酶稱作為激酶，許多的新型癌癥藥物都是激酶抑制劑。全面分析前列腺癌腫瘤和細胞的“磷酸化蛋白質組”，揭示細胞蛋白的磷酸化狀態改變，是這項研究一個重要的組成部分。領導這項研究中磷酸化蛋白質組學研究的Justin Drake表示，“在傳統的基因組學和轉錄組學之外擁有了磷酸化蛋白質組學數據，使得我們能夠更全面地認識這一疾病中的異常信號。我們開發了一種方法整合多個這些大型數據集了解了在個體患者中是什么驅動了這一疾病。”

　　這項研究揭示出了抗雄激素治療耐藥背后的一些機制。在許多病理中一個突變導致了雄激素受體蛋白發生了改變。在其他情況下，一些替代激酶信號通路使得癌細胞能夠維持生長，即便雄激素受體信號被阻斷。

　　在分析每位患者腫瘤細胞基礎上獲得的個體概況，揭示出了可用來優先排列最有可能在這些病例中發揮療效的藥物的一些臨床相關信息。用來生成這些個體概況的工具縮寫是pCHIPS，研究人員建立了一個在線的pCHIPS資源，允許用戶根據自身的數據預測患者特異性的網絡及利用pCHIPS方法顯示這些結果。

　　將這些方法用于前列腺癌細胞系，研究人員發現采用基因組學數據或磷酸化蛋白質組數據都可以精確地預測藥物敏感性。這非常的重要，因為在這項研究中對臨床樣本完成的一套全面的分析不太可能用于大多數的患者。而基因組學的臨床應用正在增長。