DNA凝膠電泳（DNAagarosegelelectrophoresis）

實驗原理
瓊脂糖凝膠電泳是常用的用于分離、鑒定DNA、RNA分子混合物的方法，這種電泳方法以瓊脂凝膠作為支持物，利用DNA分子在泳動時的電荷效應和分子篩效應，達到分離混合物的目的。DNA分子在高于其等電點的溶液中帶負電，在電場中向陽極移動。在一定的電場強度下，DNA分子的遷移速度取決于分子篩效應，即分子本身的大小和構型是主要的影響因素。DNA分子的遷移速度與其相對分子量成反比。不同構型的DNA分子的遷移速度不同。如環形DNA分子樣品，其中有三種構型的分子：共價閉合環狀的超螺旋分子（cccDNA）、開環分子(ocDNA)、和線形DNA分子(IDNA)。這三種不同構型分子進行電泳時的遷移速度大小順序為:cccDNA＞IDNA＞ocDNA
當用低濃度的熒光嵌入染料溴化乙啶(Ethidium bromide, EB)染色，在紫外光下至少可以檢出1-10ng的DNA條帶，從而可以確定DNA片段在凝膠中的位置。此外，還可以從電泳后的凝膠中回收特定的DNA條帶，用于以后的克隆操作。

實驗材料和試劑
實驗材料：質粒DNA等，購買或自行提取純化。
實驗試劑：
5×TBE電泳緩沖液：
6×電泳載樣緩沖液：0.25％ 溴粉藍，40％(w/v) 蔗糖水溶液，貯存于 4℃。
溴化乙錠(EB)溶液母液：將EB配制成10 mg/mL，用鋁箔或黑紙包裹容器,儲于室溫即可。
實驗步驟
取5×TBE緩沖液20mL加水至200mL，配制成0.5×TBE稀釋緩沖液，待用。
膠液的制備：稱取0.4g瓊脂糖，置于200mL錐形瓶中，加入50mL 0.5×TBE稀釋緩沖液，放入微波爐里加熱至瓊脂糖全部熔化，取出搖勻，此為0.8％瓊脂糖凝膠液。加熱過程中要不時搖動，使附于瓶壁上的瓊脂糖顆粒進入溶液。
膠板的制備：將有機玻璃膠槽兩端分別用橡皮膏緊密封住。將封好的膠槽置于水平支持物上，插上樣品梳子，注意觀察梳子齒下緣應與膠槽底面保持1mm左右的間隙。 向冷卻至50-60℃的瓊脂糖膠液中加入溴化乙錠(EB)溶液使其終濃度為0.5μg /mL。用移液器吸取少量融化的瓊脂糖凝膠封橡皮膏內側，待瓊脂糖溶液凝固后將剩余的瓊脂糖小心地倒入膠槽內，使膠液形成均勻的膠層。待膠完全凝固后撥出梳子，注意不要損傷梳底部的凝膠，然后向槽內加入0.5×TBE稀釋緩沖液至液面恰好沒過膠板上表面。
加樣：取10μL DNA樣品與2μL 6×上樣液混勻，用微量移液槍小心加入樣品槽中。若DNA含量偏低，則可依上述比例增加上樣量，但總體積不可超過樣品槽容量。每加完一個樣品要更換tip頭，以防止互相污染，注意上樣時要小心操作，避免損壞凝膠或將樣品槽底部凝膠刺穿。
電泳：加完樣后,合上電泳槽蓋，立即接通電源。控制電壓保持在60-80V，電流在40mA以上。當溴酚藍條帶移動到距凝膠前沿約2cm時，停止電泳。
染色：未加EB的膠板在電泳完畢后移入0.5μg/mL的EB溶液中，室溫下染色20-25min。
觀察和拍照：在波長為254nm的長波長紫外燈下觀察染色后的或已加有EB的電泳膠板。

瓊脂糖通常用水平裝置在強度和方向恒定的電場下電泳。瓊脂糖主要在DNA制備電泳中作為一種固體支持基質，其密度取決于瓊脂糖的濃度。在電場中，在中性pH值下帶負電荷的DNA向陽極遷移，其遷移速率由下列多種因素決定：
1、 DNA的分子大小
2、 瓊脂糖濃度
3、 DNA分子的構象
4、 電源電壓
5、嵌入染料的存在
6、 離子強度影響

DNA存在處顯示出肉眼可辨的桔紅色熒光條帶

實驗注意事項
EB是強誘變劑并有中等毒性，配制和使用時都應戴手套，并且不要把EB灑到桌面或地面上。凡是沾污了EB的容器或物品必須經專門處理后才能清洗。沾染了EB的垃圾要專門處理后才可丟棄。
當EB太多, 膠染色過深，DNA帶看不清時，可將膠放入蒸餾水沖泡，30min后再觀察。
制備凝膠時，倒膠的溫度不可太低，否則凝固不均勻：速度也不可太快，否則容易出現氣泡。