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  • 發布時間:2020-09-14 10:59 原文鏈接: DNA測序常見問題分析及解決辦法

    常見問題

    具體情況

    可能的原因

    處理辦法

    備注

    樣品準備問題

    菌培養不好或失敗

    抗性不對或菌已死

    核對抗性,盡可能提供載體信息。


    或菌培養條件特殊

    重新提供菌液,或提供2μg純化質粒。




    質粒提不出

    質粒拷貝數極低或

    客戶自己采取大量提取的方法提供2μg純化質粒。



    培養方式不當





    質粒產量很低

    低拷貝數質粒或

    客戶自己采取大量提取的方法提供2μg純化質粒。



    培養方式不當





    自帶質粒或已純化PCR產物量極低

    是否為電泳法定量,

    質粒:電泳檢測濃度大于100ng/ul,體積大于20ul。

    測OD值法不可靠,電泳檢測


    總量是否足夠

    已純化PCR產物:根據片段長度提供足夠量的模板,一般要求是100ng/反應/Kb,進行多個反應的應相應增加量。




    測序出現雙峰或信號中斷

    雙峰

    重復序列,如polyT、polyA或幾個堿基重復

    用反向引物測互補鏈。

    此類問題主要與樣品有關

    質粒測序在插入序列中出現套峰

    可能是樣品非單克隆,挑其他測序。




    PCR產物測序中,某一點后序列變亂

    可能是存在移碼突變,這是正常的,也可以后測序。




    PCR產物中一個或多個位置有套峰

    序列中存在突變,這是正常的,也可以后進行測序。




    PCR產物測序前部分雙峰

    引物二聚體污染或產物不純,后測序。




    質粒測序時整個結果雙峰

    引物特異性不好,序列中存在通用引物的同源序列;改用其他引物測序。




    質粒和PCR產物測序出現雙峰

    引物不純,測序時只要單一引物,請不要將雙向PCR引物混合;合成的引物沒有純化,或純化不好。重新合成引物測序。




    信號迅速衰減或中斷

    模板GC二級結構區后

    難以得到好的測序結果,亞成較小的片段進行測序



    模板GT二級結構區后

    測反向互補序列,AC結構不影響測序




    嚴重的重復結構

    測反向互補序列




    模板特性決定的

    根據具體情況決定




    信號極弱或無信號

    模板質量差

    重新提供菌液或純化PCR產物



    質粒樣品:引物不符

    盡量提供載體詳細信息,核查引物









    引物不適宜測序

    測序引物比PCR引物要求高,隨機引物和簡并引物不能用于測序,較長的PCR引物也不能用于測序。重新設計引物測序,對PCR產物而言建議到載體上用通用引物進行測序




    質粒產量極低

    客戶自己提供2μg純化好的質粒




    PCR產物定量極低

    重新電泳檢測已純化的PCR產物,確認有足夠的量,或提供PCR原液由公司進行純化




    測序結果正常,與預期不符

    找不到引物

    質粒模板

    檢測是否為空載體,從其互補鏈上尋找,位點離測序引物太近,長插入片段未測通。







    PCR模板

    不可能找到所用的測序引物,短片段可以從互補鏈上找到另一段的引物,長片段由于測不通,無法找到相應序列想得到全序列,短片段可以從兩端進行測序,長片段需要經后進行測序。









    結果完全不對

    請提供詳細資料我們會根據結果具體分析。





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