常見問題 |
具體情況 |
可能的原因 |
處理辦法 |
備注 |
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樣品準備問題 |
菌培養不好或失敗 |
抗性不對或菌已死 |
核對抗性,盡可能提供載體信息。 |
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或菌培養條件特殊 |
重新提供菌液,或提供2μg純化質粒。 |
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質粒提不出 |
質粒拷貝數極低或 |
客戶自己采取大量提取的方法提供2μg純化質粒。 |
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培養方式不當 |
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質粒產量很低 |
低拷貝數質粒或 |
客戶自己采取大量提取的方法提供2μg純化質粒。 |
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培養方式不當 |
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自帶質粒或已純化PCR產物量極低 |
是否為電泳法定量, |
質粒:電泳檢測濃度大于100ng/ul,體積大于20ul。 |
測OD值法不可靠,電泳檢測 |
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總量是否足夠 |
已純化PCR產物:根據片段長度提供足夠量的模板,一般要求是100ng/反應/Kb,進行多個反應的應相應增加量。 |
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測序出現雙峰或信號中斷 |
雙峰 |
重復序列,如polyT、polyA或幾個堿基重復 |
用反向引物測互補鏈。 |
此類問題主要與樣品有關 |
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質粒測序在插入序列中出現套峰 |
可能是樣品非單克隆,挑其他測序。 |
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PCR產物測序中,某一點后序列變亂 |
可能是存在移碼突變,這是正常的,也可以后測序。 |
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PCR產物中一個或多個位置有套峰 |
序列中存在突變,這是正常的,也可以后進行測序。 |
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PCR產物測序前部分雙峰 |
引物二聚體污染或產物不純,后測序。 |
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質粒測序時整個結果雙峰 |
引物特異性不好,序列中存在通用引物的同源序列;改用其他引物測序。 |
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質粒和PCR產物測序出現雙峰 |
引物不純,測序時只要單一引物,請不要將雙向PCR引物混合;合成的引物沒有純化,或純化不好。重新合成引物測序。 |
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信號迅速衰減或中斷 |
模板GC二級結構區后 |
難以得到好的測序結果,亞成較小的片段進行測序 |
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模板GT二級結構區后 |
測反向互補序列,AC結構不影響測序 |
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嚴重的重復結構 |
測反向互補序列 |
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模板特性決定的 |
根據具體情況決定 |
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信號極弱或無信號 |
模板質量差 |
重新提供菌液或純化PCR產物 |
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質粒樣品:引物不符 |
盡量提供載體詳細信息,核查引物 |
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引物不適宜測序 |
測序引物比PCR引物要求高,隨機引物和簡并引物不能用于測序,較長的PCR引物也不能用于測序。重新設計引物測序,對PCR產物而言建議到載體上用通用引物進行測序 |
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質粒產量極低 |
客戶自己提供2μg純化好的質粒 |
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PCR產物定量極低 |
重新電泳檢測已純化的PCR產物,確認有足夠的量,或提供PCR原液由公司進行純化 |
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測序結果正常,與預期不符 |
找不到引物 |
質粒模板 |
檢測是否為空載體,從其互補鏈上尋找,位點離測序引物太近,長插入片段未測通。 |
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PCR模板 |
不可能找到所用的測序引物,短片段可以從互補鏈上找到另一段的引物,長片段由于測不通,無法找到相應序列想得到全序列,短片段可以從兩端進行測序,長片段需要經后進行測序。 |
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結果完全不對 |
請提供詳細資料我們會根據結果具體分析。 |
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