2021年6月14日，JGG在線發表了華中農業大學陳振夏教授課題組題為“GenOrigin: A Comprehensive Protein-coding Gene Origination Database on the Evolutionary Timescale of Life”的研究論文。該研究開發的GenOrigin數據庫可系統追溯565個物種，9,102,113個基因起源，并根據包含時間刻度的物種樹推斷基因年齡。
DOI:10.1016/j.jgg.2021.03.018
基因起源的時間（即基因年齡）與其功能密切相關。例如，抑癌基因TP53等癌癥相關基因的起源時間與生物多細胞性出現的時間相對應。目前注釋同源基因的數據庫大多沒有提供推斷基因年齡的功能，即使有此功能，也僅針對少數核心物種。此外，由于不同研究之間所用注釋和方法存在差異，各數據集的基因年齡推斷之間也難以比較。
GenOrigin數據庫建立流程及提供的功能
該研究建立了一套系統的基因年齡推斷流程，利用Ensembl Compara提供的同源基因注釋與TimeTree提供的物種分歧時間，根據Wagner parsimony計算基因的獲得與丟失，推斷超過90萬個基因的年齡。在GenOrigin數據庫中，用戶可以用關鍵詞輕松查詢565個物種中所有蛋白質編碼基因的推斷年齡，觀察其在物種樹各分支的存在與缺失，并查看其演化軌跡。用戶也可以通過物種樹、基因年齡或者基因本體論來瀏覽相關的基因集。每一個頁面都提供了下載當前頁面表格選項以及每個物種的基因年齡推斷數據。該研究建立的GenOrigin數據庫可以為分子生物學、發育生物學、分子進化以及比較基因組學等多個學科提供有用的數據信息。
華中農業大學碩士生童奕博、博士生石夢威和錢勝為該論文的共同第一作者，陳振夏教授為該論文的通訊作者。相關工作得到國家自然科學基金、中國科學院水生生物研究所淡水生態與生物技術國家重點實驗室開放基金、中央高校基本科研基金、華中農業大學自主科技創新基金等資助。
圖文來源：JGG遺傳學報公眾號
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