前兩期中，我們分別介紹了Orbitrap Exploris? 480的設計原則和硬件性能，卓越的定性能力，FAIMS Pro可選組件以及對TMT定量的改進。本期，飛飛將為您展示Orbitrap Exploris? 480最絢爛的一筆——
極致豐富的定量流程
BoxCar, SureQuant定量流程
隨著蛋白質組學的進一步發展，只適用于發現階段的數據依賴采集模式（Data
Dependent Acquisition, DDA; 例如非標記定量，SILAC, TMT,
穩定同位素二甲基標記等定量蛋白質組學方法都屬于這一范疇）已經不能完全跟上日益提高的分析需求，尤其是針對臨床大隊列的轉化醫學研究。而隨后發展的DIA?1?,
PRM?2?等靶向或者擬靶向技術則進一步填補了基礎研究和臨床應用的隔閡。
Orbitrap Exploris? 480對于上述涉及的所有定量方法都給出了非常完善的支持，除此之外Orbitrap Exploris? 480上的兩個新的定量方法也極大的豐富了現有的定量流程。
2018年Matthias實驗室在Nature Methods上發表了全新的BoxCar的采集方式（圖1）。
圖1.BoxCar采集方式示意
BoxCar采集方法的核心思想在于一級全掃時采用分段累積，合并掃描的multi-plexing full scan來規避在同一張full scan中高豐度肽段對于低豐度肽段的信號壓制，從而提升一級全掃的動態范圍和觸發二級的靈敏度。
并且借助MaxQuant軟件的“Match Between Runs”功能，還可以使用一級質譜feature的精確質核比和保留時間來進行不依賴于二級鑒定的定量模式。BoxCar的采集模式對于動態范圍大的樣本會有比較顯著的鑒定深度優勢。Orbitrap Exploris? 480對于BoxCar的采集模式提供了更好的兼容性，例如將Spectral Multiplexing從10提升至了20, 以支持更為密集的BoxCar隔離窗口。通過對未進行高豐度蛋白去除的血漿樣品的分析我們可以看到，采用BoxCar的集采模式相較于傳統DDA顯著增加了肽段和蛋白的鑒定數量（圖2-(a,b,c,d)）。
圖2-(a,b,c,d) Orbitrap Exploris? 480上使用BoxCar DDA模式對血漿樣品進行分析
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