PNAS：探查癌癥基因組ncRNA“暗物質”

　　來自西奈山Icahn醫學院的研究人員在癌細胞中發現了一組可以激發免疫反應的非編碼RNA分子，它們具有與病原體相似的一些特征。由于這些分子在癌癥中表達并擴增，它們造成的免疫反應有可能影響了癌癥的生長。這項研究發布在《美國國家科學院院刊》（PNAS）上。

　　研究人員是通過探查基因組“暗物質”組成部分——稱作為衛星DNA的區域來獲得這一研究發現的。這一區域生成了大量有別于編碼基因和mRNA的非編碼RNA (ncRNA)。這些神秘的RNA分子大多不生成蛋白質，但具有重要的調控功能。

　　這項研究的高級研究員、Icahn醫學院Tisch癌癥研究所助理教授Benjamin Greenbaum博士說：“這些ncRNAs存在于人類和小鼠癌細胞中。過去這些區域被稱作為‘垃圾DNA’，在過去的5年里研究人員開始認識到這是許多功能重要ncRNAs的居所。”

　　共同高級研究員、Icahn醫學院Tisch癌癥研究所免疫療法主任、血液學與內科腫瘤學教授Nina Bhardwaj博士補充說：“盡管仍然不清楚這些ncRNAs的作用，癌癥似乎利用了它們來激發免疫反應，促進了腫瘤生長及生存。”

　　“如果進一步的研究確定這些分子幫助了癌癥生成，或許有可能可以靶向和抑制這些分子，或利用它們作為標志物來探究癌癥形成。另一方面，研究有可能表明了它們正在發動對癌癥的某種免疫斗爭。在這種情況下，我們可以嘗試去推動這種努力。”

　　該研究小組采用了一些來自理論物理學的數學工具來闡明ncRNA暗物質。

　　Greenbaum博士說：“我們搜索了一個ncRNA大數據庫來尋找不同尋常的核苷酸模式。將基因組的核苷酸序列視作為是單詞。在人類基因組中，一些單詞通常過表達及低表達。我們想知道在癌癥中由衛星DNA區域轉錄的RNA這些模式有何不同。我們所采用的方法使得我們能夠更快速地分析這個大數據集。”

　　研究小組發現在幾種癌癥中，一些稀奇古怪的RNAs被激活及轉錄，這些不同尋常的RNAs大大地擴增——相比于在正常細胞中多了許多的拷貝。

　　Bhardwaj博士說：“這些ncRNAs有著與某些病原體相似的不同尋常的模式，這使得它們能夠激發天然免疫反應。”

　　Greenbaum博士說：“總之，我們相信這些ncRNAs在介導抗癌免疫反應中發揮了重要的作用。要描述它們之間的明確互作仍有許多工作要做。”