X射線晶體學之常見問題蛋白糖基化修飾影響蛋白結晶？

　　1. 蛋白質修飾如糖基化會不會影響蛋白結晶？

　　在蛋白結晶過程中，糖基化一般被認為會影響蛋白的均一性和表面熵，從而阻礙蛋白結晶。但是也有實驗表明糖基化不會影響蛋白質結晶（10.1021/cg7006843），應該無差別對待。如果糖基化蛋白不能形成晶體，那么就應該嘗試將糖鏈給去掉。有好幾種方法可以去掉糖側鏈：1）先用PNGase去掉所有的N-連接的糖；2）然后再用內切糖苷酶，如Endo F1, F3, Endo H這些進行消化，它們會在Asn殘基上留下一個GlcNAc；3）如果內切糖苷酶不起作用，那么再試試用外切糖苷酶，如唾液酸酶，半乳糖苷酶，己糖胺酶和甘露糖苷酶這些。

　　2. 蛋白質變性/復性會不會影響蛋白結晶？

　　沒有證據表明包涵體蛋白通過變復性之后會增加蛋白結晶的難度。唯一的挑戰是蛋白的復性過程，特別是針對膜蛋白，期間可能要嘗試多種去垢劑（價格昂貴）。復性后得到的可溶蛋白需要滿足以下幾個條件，才有可能長出晶體：

　　蛋白的均一性要好（化學均一性、構象均一性），這個可以通過動態光散射進行測定（DLS）

　　溶解性要好，蛋白濃度盡量高（8-30mg/ml）

　　3. 大的融合標簽（如MBP,GST,TRX）會不會影響蛋白結晶和結構？

　　常用的幾種蛋白融合標簽如MBP,GST,TRX常常用來提高蛋白表達量，提高蛋白可溶性，防止蛋白降解，促進蛋白折疊及便于蛋白親和純化。但是這些標簽的引入常常會導致蛋白不均一，從而阻礙晶體形成。但是也有文獻表明，這些融合標簽的存在會促進晶體形成。所以通常情況下，會把融合標簽去掉；如果去掉之后不能形成結晶，可以嘗試帶上融合標簽。至于融合標簽會不會影響蛋白結構，這個因蛋白/標簽不同而異。最簡單的方式是對融合蛋白進行功能/活性測定，如果功能和活性保留，那么可以認為融合標簽對結構的影響不是十分顯著，畢竟我們研究蛋白結構的目的主要還是為了從結構上解釋功能。