《Cell》重磅！全轉錄組測序技術揭示circRNA新的調控機制
2月7日，加拿大多倫多大學的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授團隊對144例前列腺癌樣本進行全轉錄組測序，結合后續的功能機制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的調控機制！該研究成果以題為“Widespread and Functional RNA Circularization in Localized Prostate Cancer”發表在著名學術期刊《Cell》(IF 31.4)上。接下來，就一起來看下研究人員是如何利用高通量測序技術RNA-seq和大規模shRNA文庫技術揭示circRNA在局限性前列腺癌中表達特征和生物功能的。 文章導讀： 前列腺癌是人類特有的疾病，在歐美是男性最常見的惡性腫瘤之一，在美國前列腺癌發病率占第1位，死亡率僅次于肺癌。加拿大多倫多大學的研究者首先選取了144例有詳細臨床信息的前列腺癌樣本，進行全轉錄組測序（RNA-seq），共識別鑒定......閱讀全文
Cell》重磅！全轉錄組測序技術揭示circRNA新的調控機制！
2月7日，加拿大多倫多大學的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授團隊對144例前列腺癌樣本進行全轉錄組測序，結合后續的功能機制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的調控機制！該研究成果以題為“Widespread and Functional RNA Ci
《Cell》重磅！全轉錄組測序技術揭示circRNA新的調控機制
2月7日，加拿大多倫多大學的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授團隊對144例前列腺癌樣本進行全轉錄組測序，結合后續的功能機制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的調控機制！該研究成果以題為“Widespread and Functional RNA Ci
全轉錄組測序技術揭示circRNA新的調控機制（二）
3. 環狀RNA的差異表達與前列腺癌的進展有關研究者對144個前列腺癌進行了聚類分析，與線性RNA相比，環狀RNA最強模式與它們在每個樣本中的總體豐度相一致。另外，極端circRNA分布的患者的預后明顯較circRNA分布穩定的患者差，同時極端circRNA index組也與更高的轉移發生率
全轉錄組測序技術揭示circRNA新的調控機制（一）
2月7日，加拿大多倫多大學的Paul C. Boutros教授和Housheng Hansen He教授團隊對144例前列腺癌樣本進行全轉錄組測序，結合后續的功能機制研究，揭示了前列腺癌circRNA新的調控機制！該研究成果以題為“Widespread and Functional RNA Circ
全轉錄組測序的“一箭三雕”：circRNA，lncRNA，mRNA
1. 文章主題：環狀RNA通過靶向miRNA調控的信號傳導促進結直腸癌的轉移發表期刊：Journal of pathology影響因子：5.942發表時間：201906實驗方法：全轉錄組測序實驗樣本：結直腸癌組織肝轉移是結直腸癌（CRC）患者的主要死亡原因。作者使用全轉錄組測序在CRC肝轉移的小鼠模
轉錄組測序和全轉錄組測序的區別
全轉錄組廣義上是指細胞在特定狀態下所能轉錄出來的?所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA?。借助高通量測序技術，可以全面獲取樣本中轉錄產物信息，結合競爭性內源RNA ( ceRNA)機制， 進行聯合分析，深入挖掘轉錄水平調控網絡。轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有
全轉錄組測序文章
研究背景? ? ?? 長鏈非編碼RNA（Long noncoding RNA，lncRNA）普遍被認為是一類不能編碼蛋白的長鏈RNA。由于其序列較長，所以可以有較大的潛力形成多種復雜構象，從而通過不同生物學途徑發揮其作用。此外，由于其不具備蛋白編碼能力，因此此類RNA也主要由其堿基序列形成的高級
又傳喜訊云序客戶一次測序兩項成果影響因子合計10分！
感恩有你，一路同行，新年快樂！ 感恩有你，一路同行！2019年伊始，云序生物攜全體員工對一直以來關心和支持公司發展的廣大新老客戶致以最誠摯的問候！一元復始，萬象更新！轉眼間我們迎來了2019年，站在新時代新的歷史起點，回望剛剛過去的2018年，不斷創新收獲碩果豐盈；展望2019，任重道遠卻
Nature子刊發布重磅測序技術：基因組和轉錄組平行測序
四月二十七日的Nature Methods雜志上發布了一項引人注目的測序技術，G&T-seq（Genome and Transcriptome Sequencing）。該技術能夠實現大規模的DNA和RNA平行測序，同時展現單個細胞的基因組序列和基因活性。 研究人員用G&T-seq對220個小鼠
Cell新突破：CRISPR技術助力轉錄調控研究
CRISPRs 技術成為了最近的新寵兒，這種基因組編輯技術更易于操作，也具有更強的擴展性，近期來自加州大學舊金山分校，伯克利分校等處的研究人員發表了題為 “CRISPR-Mediated Modular RNA-Guided Regulation of Transcription in
新研究揭示動物斷腿再生的轉錄調控機制
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/3/518620.shtm
新研究揭示動物斷腿再生的轉錄調控機制
近日，華南師范大學生命科學學院教授李勝和研究員任充華合作，以美洲大蠊為研究對象對其肢體再生的轉錄調控機制進行解析，找到了兩條（BMP/JAK-STAT-zfh-2-B-H2和Notch-drm/bowl-bab1）在再生過程中分別控制著前期基芽細胞增殖和中后期形態建成的轉錄級聯通路。相關成果以長文（
circRNA_104075在促進肝癌發生和進展的機制研究
在全球范圍內原發性肝癌是造成癌癥相關死亡的三大原因之一。肝細胞癌(HCC)是最常見的原發性肝臟癌癥。由于缺乏高特異性和敏感性的早期診斷生物標志物，HCC患者往往得不到及時有效的治療。相比于長鏈非編碼RNA和miRNA，circRNA作為一種新型環狀RNA，具有共價閉合環狀結構，在組織和血液中具有
馮銀剛課題組揭示新細菌轉錄調控因子的結構功能機制
近年來，在一些梭菌和桿菌中發現一類廣泛存在的σ因子及其共轉錄的抗σ因子——SigI和RsgI，它們的一些結構域和已知蛋白沒有同源性，代表了一類新的特殊的細菌σ/抗σ因子。熱纖梭菌等一些產纖維小體細菌具有8-16對的SigI/RsgI因子，這在其他已知類型的σ/抗σ因子中比較少見。已有的研究表明這
RNA測序技術如何繪制全基因組轉錄終止？
近日，南方科技大學生命科學學院翟繼先團隊利用納米孔單分子RNA測序技術繪制了擬南芥全基因組水平轉錄終止圖譜。該方法能同時捕獲包括已轉錄過polyA位點的 readthrough轉錄本、完成3’末端切割的5’或3’切割產物、以及已完成或正在進行多腺苷酸化（polyadenylation）的轉錄本在
Nature－Aging:揭示調控靈長類器官衰老的表觀轉錄組機制
m6A是目前已知的真核細胞mRNA上最常見的一類化學修飾，其建立、讀取和擦除分別受到相應甲基化酶（writer）、結合蛋白（reader）以及去甲基化酶（eraser）的動態可逆調控。研究表明，m6A能夠通過調節mRNA的剪接、出核、穩定性以及翻譯等生命周期活動，參與調控機體的諸多生理或病理進程，包
全基因組及轉錄組測序案例分析
案例：應用全基因組測序和 RNA 測序來描繪常見的變異型免疫缺陷綜合癥（CVIDs）的基因圖譜 背景：常見的變異型免疫缺陷綜合癥（CVIDs）是機體免疫應答反應中不能產生抗體的最主要原因。CVIDs 變異度很高，大概 5% 的病人是由基因改變引起的。 目的：利用 Illumina HiSeq25
Cell揭示節律活動調控機制
賓夕法尼亞大學Perelman醫學院神經科學教授Amita Sehgal博士，在《細胞》(Cell)雜志上的一篇論文中描述了控制果蠅日常節律性作息行為的一個大腦回路。新研究還發現，人類大腦蛋白CRF的果蠅版本是這一回路中的一個重要協調分子。 果蠅中的CRF叫做DH44為休息/活動周期循
Cell揭示重要發育調控機制
魯汶大學VIB研究所的Bassem Hassan研究小組發現了從前未知的一種機制，這一機制在物種間高度保守，通過精確地時間控制對大腦發育至關重要的一個蛋白質家族：proneural蛋白的活性調控了神經發生。這一機制——一種簡單的可逆的化學修飾對于生成充足數量的神經元、它們的分化及中樞神經系統的發
伯豪生物客戶全轉錄組測序文章在Nature－Cell－Biology發表
研究背景 長鏈非編碼RNA（Long noncoding RNA，lncRNA）普遍被認為是一類不能編碼蛋白的長鏈RNA。由于其序列較長，所以可以有較大的潛力形成多種復雜構象，從而通過不同生物學途徑發揮其作用。此外，由于其不具備蛋白編碼能力，因此此類RNA也主要由其堿基序列形成的高級結構來執行生
Cell：全基因組測序揭示人類遺傳多樣性
遺傳的歷史就書寫在現代非洲人的DNA中，但還需要一些調查工作來對其進行注釋。在即將出現在8月3號《細胞》(Cell)雜志封面上的一篇報道中，賓夕法尼亞大學的遺傳學家們和他們的同事對分屬三個不同狩獵者(hunter-gatherer)群體的15個非洲人的完全測序基因組進行了分析，并破解了一些必定涉
轉錄組測序揭示乳腺癌重排
即將在本周《美國科學院院刊》（PNAS）的網絡版上發表的一篇論文中，一個國際研究小組介紹了一項利用高通量的轉錄組測序來發現乳腺癌細胞系中的基因組重排的原理論證研究。美國克萊格凡特研究院（J.Craig Venter Institute）、Lugwig癌癥研究所的三個分所、以及紐約斯隆-凱特琳癌癥
circRNA在胃癌海綿調控機制的應用（一）
環狀RNA (circRNA)作為新型非編碼RNA,具有比線性RNA更加穩定的環狀結構，可通過多種機制調控靶基因。近年來，circRNA被發現在多種腫瘤組織和細胞中異常表達，作為腫瘤的診斷生物標志物或治療靶點，具有巨大的價值，受到廣泛的關注。癌癥新的證據表明，circRNAs在癌癥的發生發展中起
NAT－NEUROSCI轉錄組+蛋白組聯合揭示microRNA調控靶點功能機制
基因水平的研究發現miR-137與多種神經精神疾病存在相關性。同時，miR-137在正常的神經發生與神經發育過程中也具有重要作用。但是，miR-137的體內功能與作用機制仍然不清楚。為了揭示miR-137的功能，該研究構建了miR-137 KO動物，并對KO動物的突觸可塑性、學習能力等多種神經功
轉錄組+蛋白組聯合，揭示microRNA調控靶點與功能機制－一
基因水平的研究發現miR-137與多種神經精神疾病存在相關性。同時，miR-137在正常的神經發生與神經發育過程中也具有重要作用。但是，miR-137的體內功能與作用機制仍然不清楚。為了揭示miR-137的功能，該研究構建了miR-137 KO動物，并對KO動物的突觸可塑性、學習能力等多種神
轉錄組+蛋白組聯合，揭示microRNA調控靶點與功能機制－二
4．轉錄組、蛋白組揭示miR-137調控底物。蛋白組結果發現：Mir137–/–組versus Mir137+/+組, Mir137+/–組versus Mir137+/+組, and Mir137–/–組versus Mir137+/–組，分別篩選到417、94和76個差異表達蛋白。這些蛋白與
RIP測序解析RNA結合蛋白SORBS2在卵巢癌細胞轉移中作用機制
環狀RNA作為研究持續火熱的明星分子，不同于對其豐富的表達譜研究，環狀RNA功能機制研究還僅僅處在起步階段。環狀RNA研究多為miRNA海綿機制，部分circRNA可競爭性結合miRNA，解除miRNA對靶基因的抑制作用，上調靶基因的表達。其實，環狀RNA可以通過結合不同種類的功能蛋白，分別在轉
環狀RNA結合功能蛋白！找對方向20分文章水到渠成
環狀RNA作為研究持續火熱的明星分子，不同于對其豐富的表達譜研究，環狀RNA功能機制研究還僅僅處在起步階段。環狀RNA研究多為miRNA海綿機制，部分circRNA可競爭性結合miRNA，解除miRNA對靶基因的抑制作用，上調靶基因的表達。其實，環狀RNA可以通過結合不同種類的功能蛋白，分別在轉
科學家開發單細胞全轉錄組測序新技術
北京大學生物動態光學成像中心黃巖誼、湯富酬課題組在《美國科學院院刊》（PNAS）上發表題為“Microfluidic single-cell whole-transcriptome sequencing”的論文。該研究利用微流控芯片技術實現了高質量單細胞的全轉錄組測序樣品準備，全面提高了單細胞全
Cell－Reports－|－牟陽靈組揭示調控遺忘的新機制
學習記憶能力一般會隨年齡增長出現下降，甚至在成年早期就開始衰退。這可能是由于記憶越來越不容易形成，也可能是新獲取的、未經鞏固的記憶越來越容易被遺忘。目前，解釋遺忘發生的主要假說之一是干擾理論，其中干擾可以分為前攝干擾（proactive interference）和倒攝干擾（retroactiv