農科院研究揭示水稻全基因組功能單倍型自然變異特征
近日，中國農業科學院作物科學研究所（以下簡稱作科所）水稻分子設計技術與應用創新團隊構建了一個全基因組基因功能單倍型（gcHap）數據集，全面揭示了亞洲栽培稻基因功能單倍型自然變異特征，提出亞洲栽培稻多起源（馴化）假說，并開發了適用于功能單倍型數據全基因組關聯分析和全基因組預測的軟件包“HAPS”。相關研究成果在《分子植物》在線發表。日本晴 徐建龍供圖 作科所研究員徐建龍介紹，加速育種進程、提升高產潛力和穩產性、兼顧品質改良等是目前水稻生產的迫切需求。為了加快水稻功能基因組研究與水稻分子育種工作的融合，該團隊于2018年牽頭完成了“3000份水稻基因組計劃”，從三個主要方面揭示了水稻核心種質的基因組多樣性：（1）超過3200萬個高質量SNP；（2）3萬多個水稻編碼基因上的存在-缺失變異；（3）超過9.3萬個結構變異。然而，作為水稻種內遺傳多樣性的另一個重要方面，基因編碼區的功能單倍型（功能等位基因）在水稻種質資源中的變異特征......閱讀全文
中國誕生全球首張水稻全基因組育種芯片
中國中化集團公司下屬中國種子集團有限公司聯合華中農業大學、北京大學近日共同研制出全球首張水稻全基因組育種芯片，將大幅提高種子真實性檢測準確性，有助提高育種效率，杜絕假種子危害。 中種公司生命科技中心喻輝輝博士表示，目前業內判斷水稻種子真實性通常采用國標推薦的24個SSR標記檢測結果，
美國科學家開發全基因組測序水稻變體
水稻不僅是全球一半人口的主食，也為研究能源作物提供了模型。為優化生物燃料作物，科學家正尋找決定水稻產量、抗病性和灌溉效率等性狀的基因。 最近在《植物細胞》雜志刊登的一篇論文中，美國加州大學戴維斯分校的研究團隊與來自能源部聯合基因組研究所的合作者，宣布開發出粳稻Kitaake的第一個全基因組測
新研究可大幅提高雜交水稻全基因組選擇預測精度
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/7/505572.shtm水稻是人類重要的糧食作物之一，水稻雜交種的產量高于常規自交系品種，但由于雜交稻存在顯性等非加性效應，稻米品質的遺傳改良比自交稻更具挑戰性。湖南農業大學植物保護學院副教授李蘭芝團隊聯合美
農科院研究揭示水稻全基因組功能單倍型自然變異特征
近日，中國農業科學院作物科學研究所（以下簡稱作科所）水稻分子設計技術與應用創新團隊構建了一個全基因組基因功能單倍型（gcHap）數據集，全面揭示了亞洲栽培稻基因功能單倍型自然變異特征，提出亞洲栽培稻多起源（馴化）假說，并開發了適用于功能單倍型數據全基因組關聯分析和全基因組預測的軟件包“HAPS”
OPGEN全基因組圖譜應用系列——鞭蟲全基因組測序
鞭蟲是一種常見的土壤傳播寄生蟲，地理分布廣，感染率高，寄生于人體盲腸，導致人體慢性感染，對人類危害巨大。鞭蟲的全基因組測序研究由著名的桑格研究院（Wellcome Trust Sanger Institute）完成，發表在世界頂級期刊《Nature Genetics》上。該研究通過對2種不同
水稻地方品種農藝性狀相關基因的全基因組關聯分析獲進展
水稻地方品種重要農藝性狀相關基因的全基因組關聯分析取得進展 近日，中國科學院北京基因組研究所/中科院上海生科院植生生態所韓斌研究員課題組，通過與中國水稻所、中科院遺傳與發育研究所、美國密歇根州立大學、華中農業大學和美國康奈爾大學等單位的研究人員合作，結合第二代測序技術和自主開發的基因
煙草和水稻cpDNA基因組成及特點
煙草和水稻（Oryza sativa）葉綠體全序列分析表明cpDNA基因組成有以下特點：1.基因組由兩個反向重復序列（IR）和一個短單拷貝序列（short single copy sequence, SSC）及一個長單拷貝序列（long single copy sequence, LSC）組成；2.
煙草和水稻葉綠體cpDNA基因組成特點
1.基因組由兩個反向重復序列（IR）和一個短單拷貝序列（short single copy sequence, SSC）及一個長單拷貝序列（long single copy sequence, LSC）組成；2.IRA和IRB長各10-24Kb，編碼相同，方向相反。3.cpDNA啟動子和原核生物的相
全基因組擴增技術介紹
研究人員通常會在下游分析中遭遇DNA樣本量有限或不足的問題。QIAGEN的全基因組擴增技術通過以包括單細胞在內的小量樣本或珍貴樣本擴增獲得基因組DNA，解決此類難題。REPLI-g?Kit能夠準確地復制原始DNA樣本，不會造成偏差，擴增后的DNA可以直接應用于廣泛的遺傳學分析。什么是全基因組擴增(w
人類全基因組測序計劃
全基因組測序是對未知基因組序列的物種進行個體的基因組測序。 1986年， Renato Dulbecco是Z早提出人類基因組測序的科學家之一。他認為如果能夠知道所有人類基因的序列，對癌癥的研究將會很有幫助。美國能源部（DOE）與美國國家衛生研究院（NIH），分別在1986年與1987年加入人類基
虎尾海馬全基因組破譯
中科院南海海洋研究所、德國康斯坦茨大學、華大基因和新加坡A*STAR研究院聯合破譯了虎尾海馬的全基因組。有關研究成果日前以封面文章的形式發表在《自然》雜志上。 海馬隸屬于海龍科。與其他硬骨魚不同，海馬呈現高度特殊的形態，例如頭部前方具有管狀長嘴，無腹鰭和尾鰭，尾端卷曲，全身覆蓋硬骨骼，沒有鱗片
全基因組的比較基因組雜交技術介紹
Whole-Genome and Custom Fine-Tiling Array CGHComparative Genomic Hybridization (CGH) measures DNA copy number differences between a reference genome a
基因組研究讓水稻育種走向精準設計
由中國主導的國際間科研大協作項目“3000份水稻基因組研究”26日結出碩果——北京時間當日凌晨1時，國際頂級學術期刊《自然》正式發表《3010份亞洲栽培稻基因組研究》。該研究針對水稻起源、分類和馴化規律進行了深入探討，揭示了亞洲栽培稻的起源和群體基因組變異結構，剖析了水稻核心種質資源的基因組遺傳
無缺口組裝！水稻完整參考基因組發布
近日，中國農業科學院深圳農業基因組研究所聯合海南崖州灣實驗室、中國水稻研究所、中國農科院作物科學研究所和揚州大學等多個單位發布完整的水稻參考基因組，實現了全基因組所有染色體端粒到端粒無缺口組裝，為水稻育種研究提供了新的有力工具和重要大數據基礎。相關研究成果發表在《分子植物》（Molecular
水稻RGA基因組規模的鑒定與分析
實驗概要本實驗對粳稻蛋白質數據庫進行BLASTP，獲得所有粳稻的RGA序列，對RGA進行分類，分別統計了各類RGA在不同染色體上的分布情況，對兩個亞種間RGA多態性進行了鑒定和開發。實驗步驟1. 水稻RGA的搜索搜集已報道的45個R基因，然后用它們對粳稻蛋白質數據庫進行BLASTP (參數取E
研究揭示水稻基因組－“垃圾－DNA”－的真相
對于動植物的 DNA 來說，僅有不到 5% 能夠翻譯成蛋白質，進行生命活動。而大部分 DNA 轉錄成 RNA 之后，便不再繼續翻譯，這些非編碼 RNA 一度被認為是轉錄中的 “噪音”“暗物質”， 甚至有人認為這是 “垃圾 DNA”。 近十年來，隨著探索未知的技術的進步，這些所謂 “垃圾 DNA
研究揭示水稻基因組“垃圾DNA”的真相
對于動植物的DNA來說，僅有不到5%能夠翻譯成蛋白質，進行生命活動。而大部分DNA轉錄成RNA之后，便不再繼續翻譯，這些非編碼RNA一度被認為是轉錄中的“噪音”“暗物質”， 甚至有人認為這是“垃圾DNA”。 近十年來，隨著探索未知的技術的進步，這些所謂“垃圾DNA”的重要性才開始為人們所了解。
我國科研團隊發布水稻完整參考基因組
水稻是重要的糧食作物，其基因組組裝對水稻育種意義重大。23日，記者從中國農業科學院深圳農業基因組研究所獲悉，該所聯合崖州灣實驗室、中國水稻研究所、中國農科院作物科學研究所和揚州大學等多個單位發布完整的水稻參考基因組，實現了全基因組所有染色體端粒到端粒無缺口組裝，為水稻育種研究提供了新的有力工具和重要
水稻LEA基因組規模的鑒定與分析
實驗概要本實驗鑒定了OsLEA基因，將基因定位到水稻染色上，進行了序列對比和基因轉變分析，LEA基因的表達分析及啟動子基序分析。實驗材料基因組及蛋白質序列的來源：分別從TIGR (http://www.tigr.org)和BGI (http://rise.genomics.org.cn/rice
全基因組研究解碼口吃根源
口吃跨越不同語言和血統，影響著全球約7000萬人。過去，許多人認為口吃能夠通過自主控制來改善。但數十年來的研究表明，口吃實際上是一種高度遺傳的不可控疾病，其原因復雜且模糊。而一項7月28日發表于《自然-遺傳學》上的研究讓口吃的部分原因變得清晰。 研究人員利用基因檢測服務公司23andMe的龐大
多國實施全基因組分析計劃
由于基因測序可以探查與特定疾病相關的基因，該療法正在成為日益受歡迎的診斷方法。 英國計劃到2017年對10萬人進行基因組測序。 美國加州一對龍鳳胎出生后，他們的父母非常憂慮：兩個嬰兒不僅發育緩慢，而且肌肉松軟無力。大腦掃描結果顯示，男嬰或存在大腦性麻痹；然而醫生對造成女嬰震顫和癲癇的原因卻不
昆蟲全基因組DNA的提取
實驗概要利用改進的CTAB 法提取昆蟲全基因組DNA。主要試劑1. 蛋白酶K[美國Merck公司]2. 三羥甲基氨基甲烷(Tris)[美國Amresco公司]3. Taq DNA聚合酶及dNTP[NEB公司]4. 瓊脂糖及溴化乙錠(EB)[美國Amresco公司生產]5. 乙二胺四乙酸鈉(Na2ED
全基因組測序各步驟工具
全基因組測序（WGS）是下一代測序技術，用于快速，低成本地確定生物體的完整基因組序列。基因組的深度測序對于臨床研究的意義重大，解讀WGS數據并了解基因組突變在健康和疾病中的重要性是精準醫療的基石。WGS分析流程能分為三大塊，數據處理、檢測變異和綜合分析，具體如下圖所示：由于WGS現在已經非常成熟了，
全血基因組提取操作步驟
操作步驟（（２００ul全血））* 第一次使用前請先在15ml漂洗液WB中加入60ml無水乙醇! 1. 取200ul新鮮、冷凍或加入各種抗凝劑的血液，放入1.5ml離心管。對如果全血起始量小于200μl，則用緩沖液BB補足到200μl。如果起始量介于200μl-300μl之間，則后續操作需要按照比例增
全基因組測序的診斷價值
根據《Nature Genetics》上發表的一項新成果，全基因組測序有望用于臨床上的遺傳病診斷。這項研究評估了影響全基因組測序在臨床診斷中取得成功的因素。 這個國際研究小組由英國的研究人員領導，對156個病例或家庭開展了臨床基因組測序。這些病例有著遺傳疾病的特征，但無法通過之前的篩查檢測來解
構建水稻基因組倒位變異圖譜
近日，中國農業科學院深圳農業基因組研究所聯合國內多家單位發布了迄今為止最大的水稻群體水平倒位變異圖譜，并挖掘獲得了新的水稻耐熱優異等位基因，該研究對水稻育種改良具有重要意義。相關研究成果發表在《科學通報（Science Bulletin）》上。 水稻中的基因組倒位變異是指染色體上的DNA序列發
水稻基因組編輯工具盒再添新成員
據中國農科院最新消息，該院植物保護研究所周煥斌課題組、周雪平課題組和四川大學生命科學學院林宏輝課題組合作開發了一系列基于Cas9-NG的各種水稻基因組定點編輯工具，并成功用于水稻單基因敲除、多基因敲除、單堿基編輯（堿基對G·C和A·T的互換）以及靶基因轉錄激活調控。該成果對于水稻基因功能解析和
水稻基因組編輯工具盒再添新成員
近日，中國農業科學院植物保護研究所周煥斌課題組、周雪平課題組和四川大學生命科學學院林宏輝課題組合作開發了一系列基于Cas9-NG的各種水稻基因組定點編輯工具，并成功用于水稻單基因敲除、多基因敲除、單堿基編輯（堿基對G·C和A·T的互換）以及靶基因轉錄激活調控。相關研究成果在線發表于《分子植物》（
小須鯨全基因組圖譜獲破譯
11月25日，韓國海洋科學技術研究所、深圳華大基因研究院等宣布成功破譯了小須鯨全基因組圖譜，并對鯨類獨特生理習性的遺傳學機制進行了分析。相關成果在線發表于《自然—遺傳學》雜志。 人們一直癡迷于海洋生物是如何演化為陸生生物的。鯨類的進化卻反其道而行之，由陸生向水生演化，和陸生偶蹄動物如牛、豬等
中國樹鼩全基因組解析完成
中科院昆明動物研究所張云研究員課題組與深圳華大基因研究院合作，解析了新型實驗動物中國樹鼩的全基因組，系統評估了樹鼩作為藥物研發實驗動物的特征和優勢。研究近日發表于《公共科學圖書館·綜合》。 研究不僅為中國樹鼩用于新藥研發的藥效學、藥理學和毒理學評價提供了系統的基礎信息數據和科學依據，而且揭示了