空間轉錄組測序樣本準備指南
現有空間轉錄組研究平臺是基于冰凍樣本進行研究，所以在樣本凍存前至少10分鐘，將異戊烷和液氮浴準備好（之所以用異戊烷而不直接用液氮進行速凍，是因為液氮沸點比較低，直接液氮處理可能在沸騰過程中使組織周圍形成空穴，導致不同區域降溫不同步而改變內部形態，甚至組織碎裂）。然后用鑷子或者刮刀將新鮮組織轉移到異戊烷中，使組織完全浸沒且浸泡至少1分鐘。冷凍后，可用鑷子或者刮刀將組織轉移到密封的預冷容器或者凍存管中，-80℃儲存，或者進行OCT包埋。1.組織樣本選擇空間轉錄組研究的特點是基于空間物理位置的轉錄組學研究，所以組織樣本的選擇是該研究的前提條件。由于空間轉錄組捕獲芯片的限制（6.5mmX6.5mm），組織樣本最后上芯片的切片不能超過該面積范圍。因此，在選擇實驗樣本前，需要對進行研究的樣本進行預實驗。通過前期組織學檢測，確認好樣本的最佳取材位置，最合理組織大小。如果本身樣本使較大的組織，可以在后續OCT包埋、切片過程中被分割（1mm切口的......閱讀全文
空間轉錄組測序樣本準備指南
現有空間轉錄組研究平臺是基于冰凍樣本進行研究，所以在樣本凍存前至少10分鐘，將異戊烷和液氮浴準備好（之所以用異戊烷而不直接用液氮進行速凍，是因為液氮沸點比較低，直接液氮處理可能在沸騰過程中使組織周圍形成空穴，導致不同區域降溫不同步而改變內部形態，甚至組織碎裂）。然后用鑷子或者刮刀將新鮮組織轉移到
空間轉錄組測序樣本準備指南
一、外泌體研究熱度持續攀升 外泌體（exosome）是活細胞分泌的30-200nm的囊泡，在電鏡下具有非常明顯單層膜結構，通常為茶托型或一側凹陷的半球形。其主要來源于細胞內溶酶體微粒內陷形成的多囊泡體，經多囊泡體外膜與細胞膜融合后釋放到胞外基質中。多種細胞在正常及病理狀態下均可分泌外泌體，
空間轉錄組測序樣本準備指南
現有空間轉錄組研究平臺是基于冰凍樣本進行研究，所以在樣本凍存前至少10分鐘，將異戊烷和液氮浴準備好（之所以用異戊烷而不直接用液氮進行速凍，是因為液氮沸點比較低，直接液氮處理可能在沸騰過程中使組織周圍形成空穴，導致不同區域降溫不同步而改變內部形態，甚至組織碎裂）。然后用鑷子或者刮刀將新鮮組織轉移到異戊
空間轉錄組和單細胞轉錄組測序聯合應用的典型案例
單細胞轉錄組測序技術的如火如荼，伴隨著空間轉錄組測序技術的蓬勃發展，可以看到，在現有的高通量檢測技術領域，這兩種技術已為科學研究的發展提供了前所未有的技術支撐。從2019年單細胞多組學被評為《Nature Methods》年度技術進展，到2020年空間轉錄組技術也被評為年度技術進展，相信在接
如何讀懂空間轉錄組測序數據結果
空間轉錄組學研究是很多老師非常感興趣的一種最新組學研究技術。做完空間轉錄組測序后，能拿到哪些結果，是不是存在買家秀和賣家秀的差距？本期，生物芯片生物信息團隊利用已發表數據的實操分析，為大家展示空間轉錄組測序數據結果。 我們分析了來自10x Genomics 的Visium技術生成的某腫瘤生
如何讀懂空間轉錄組測序數據結果
空間轉錄組學研究是很多老師非常感興趣的一種最新組學研究技術。做完空間轉錄組測序后，能拿到哪些結果，是不是存在買家秀和賣家秀的差距？本期，生物芯片生物信息團隊利用已發表數據的實操分析，為大家展示空間轉錄組測序數據結果。 我們分析了來自10x Genomics 的Visium技術生成的某腫瘤生
如何讀懂空間轉錄組測序數據結果
空間轉錄組學研究是很多老師非常感興趣的一種最新組學研究技術。做完空間轉錄組測序后，能拿到哪些結果，是不是存在買家秀和賣家秀的差距？本期，生物芯片生物信息團隊利用已發表數據的實操分析，為大家展示空間轉錄組測序數據結果。我們分析了來自10x Genomics 的Visium技術生成的某腫瘤生物學數據集，
【技術前沿】空間轉錄組測序技術的展望
對生命過程的理解不光限于對組成個體的單個細胞的研究，更需要對細胞和細胞之間怎么樣的互作協調來完成一個整體的生物學功能的研究。空間組學技術的興起，使得在保留樣本空間位置信息的同時，檢測細胞中的基因表達等分子信息來勾勒出空間中的細胞表達特征。在2019年《Nature Reviews Genetic
技術前沿空間轉錄組測序技術的展望
對生命過程的理解不光限于對組成個體的單個細胞的研究，更需要對細胞和細胞之間怎么樣的互作協調來完成一個整體的生物學功能的研究。空間組學技術的興起，使得在保留樣本空間位置信息的同時，檢測細胞中的基因表達等分子信息來勾勒出空間中的細胞表達特征。在2019年《Nature Reviews G
技術前沿空間轉錄組測序技術的展望
對生命過程的理解不光限于對組成個體的單個細胞的研究，更需要對細胞和細胞之間怎么樣的互作協調來完成一個整體的生物學功能的研究。空間組學技術的興起，使得在保留樣本空間位置信息的同時，檢測細胞中的基因表達等分子信息來勾勒出空間中的細胞表達特征。在2019年《Nature Reviews Genetic
轉錄組測序和全轉錄組測序的區別
全轉錄組廣義上是指細胞在特定狀態下所能轉錄出來的?所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA?。借助高通量測序技術，可以全面獲取樣本中轉錄產物信息，結合競爭性內源RNA ( ceRNA)機制， 進行聯合分析，深入挖掘轉錄水平調控網絡。轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有
科學家構建空間轉錄組測序新方法
中科院生物化學與細胞生物學研究所景乃禾課題組新近創立了一種技術方法，可以獲得具有空間位置信息的少量細胞轉錄組圖譜。相關研究成果日前在線發表于《自然—實驗室指南》。 無論是體內組織還是體外細胞系，不同細胞之間都存在著差異性，即細胞的異質性。細胞的異質性對解釋腫瘤的發生、干細胞或前體細胞的多能性與
轉錄組測序原理
而轉錄組測序即是利用高通量測序技術，將細胞或組織中的全部或部分mRNA, miRNA, lnc RNA 進行測序分析的技術。通過RNA-seq，也就是轉錄組測序，可以幫助我們了解各種比較條件下所有基因的表達差異包括：正常組織與腫瘤組織；藥物治療前后的表達差異；發育過程中，不同發育階段，不同組織的表達
我國學者在空間轉錄組學測序方面取得進展
圖 空間轉錄組測序技術Decoder-Seq的示意圖 在國家自然科學基金項目（批準號：21927806）等資助下，廈門大學楊朝勇教授團隊在空間轉錄組測序技術與應用上取得進展，相關研究成果以“解碼測序提高空間轉錄組測序的轉錄本捕獲效率（Decoder-seq enhances mRNA captur
空間轉錄組測序技術在腫瘤研究進展的應用
空間轉錄組測序技術是一種基于組織空間結構進行高通量轉錄組測序的技術。通過該技術，可以得到組織空間位置的基因表達圖譜。因此，空間轉錄組技術是現階段可實現空間二維基因表達檢測的高通量技術。該技術為基于空間的發育研究和疾病異質性問題提供了一個解決方案。 空間轉錄組測序運用方向（Trends Bi
空間轉錄組測序技術在腫瘤研究進展的應用
空間轉錄組測序技術是一種基于組織空間結構進行高通量轉錄組測序的技術。通過該技術，可以得到組織空間位置的基因表達圖譜。因此，空間轉錄組技術是現階段可實現空間二維基因表達檢測的高通量技術。該技術為基于空間的發育研究和疾病異質性問題提供了一個解決方案。空間轉錄組測序運用方向（Trends Biotechn
中科院學者Nature－Protocols：空間轉錄組測序新技術
在真核細胞中，轉錄組的空間組織已經成為調節RNA轉錄后命運的一種有力手段，但是一般研究采用的是原位雜交或者原位的熒光染色，這項技術操作困難且通量低。近期來自中科院生物化學與細胞生物學研究所細胞生物學國家重點實驗室等處的研究人員作建立了一種可以獲得具有空間位置信息的少量細胞轉錄組圖譜的技術方法：G
轉錄組測序與轉錄表達譜測序的異同
轉錄組測序可以得到特定條件下所有mRNA轉錄本的豐度信息，從而發現新的轉錄本和可變剪接體基因表達譜(gene expression profile)：指通過構建處于某一特定狀態下的細胞或組織的非偏性cDNA文庫,大規模cDNA測序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群體組成,從而描繪該特
illumina測序是轉錄組測序嗎
轉錄組測序屬于測序應用的一種，Illumina測序屬于測序技術的一種，兩者沒有包含于被包含關系，只能說Illumina測序可以做轉錄組測序。
轉錄組高通量測序
（第二代高通量測序技術-454） 轉錄組即特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。與基因組不同的是，轉錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環境下，其基因表達情況是不完全相同的。羅氏GS-FLX-Titaniu
轉錄組高通量測序
（第二代高通量測序技術-454） 轉錄組即特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。與基因組不同的是，轉錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環境下，其基因表達情況是不完全相同的。羅氏GS-FLX-Titaniu
轉錄組測序流程步驟
以真核轉錄組測序為例，實驗流程為總RNA提取-mRNA分離-建庫試劑-定量-文庫回收-橋式擴增-上機測序；項目分析流程為數據產出數據=數據去雜-轉錄組拼接-SSR分析及SNP分析-基因功能注釋-基因表達差異分析-差異基因表達模式聚類-差異基因富集分析。
轉錄組高通量測序
（第二代高通量測序技術-454） 轉錄組即特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。與基因組不同的是，轉錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環境下，其基因表達情況是不完全相同的。羅氏GS-FLX-Titanium第二代
轉錄組高通量測序
（第二代高通量測序技術-454） 轉錄組即特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。與基因組不同的是，轉錄組的定義中包含了時間和空間的限定。同一細胞在不同的生長時期及生長環境下，其基因表達情況是不完全相同的。羅氏GS-FLX-Titaniu
全轉錄組測序文章
研究背景? ? ?? 長鏈非編碼RNA（Long noncoding RNA，lncRNA）普遍被認為是一類不能編碼蛋白的長鏈RNA。由于其序列較長，所以可以有較大的潛力形成多種復雜構象，從而通過不同生物學途徑發揮其作用。此外，由于其不具備蛋白編碼能力，因此此類RNA也主要由其堿基序列形成的高級
針對稀有樣本——新方法提高單細胞轉錄組測序的效率
近日，中國科學院深圳先進技術研究院醫工所微納系統與仿生醫學研究中心研究員陳艷和南加州大學教授鐘江帆合作，在針對稀有細胞樣本的單細胞測序技術方面取得新進展。相關研究成果以Improving single-cell transcriptome sequencing efficiency with a
單細胞測序和轉錄組測序的區別
單細胞測序不同于傳統的高通量測序，它是對于一個細胞群中的某一個細胞進行測序分析。單細胞轉錄組測序就是對單個細胞轉錄組水平進行測序，它的優勢是準確地分析每一個細胞的基因表達，能準確區分細胞群體，并進行細胞分類間比較，以及能找到稀有的細胞的表達情況。
單細胞測序和轉錄組測序的區別
單細胞測序不同于傳統的高通量測序，它是對于一個細胞群中的某一個細胞進行測序分析。單細胞轉錄組測序就是對單個細胞轉錄組水平進行測序，它的優勢是準確地分析每一個細胞的基因表達，能準確區分細胞群體，并進行細胞分類間比較，以及能找到稀有的細胞的表達情況。
單細胞測序和轉錄組測序的區別
單細胞測序不同于傳統的高通量測序，它是對于一個細胞群中的某一個細胞進行測序分析。單細胞轉錄組測序就是對單個細胞轉錄組水平進行測序，它的優勢是準確地分析每一個細胞的基因表達，能準確區分細胞群體，并進行細胞分類間比較，以及能找到稀有的細胞的表達情況。
單細胞測序和轉錄組測序的區別
單細胞測序不同于傳統的高通量測序，它是對于一個細胞群中的某一個細胞進行測序分析。單細胞轉錄組測序就是對單個細胞轉錄組水平進行測序，它的優勢是準確地分析每一個細胞的基因表達，能準確區分細胞群體，并進行細胞分類間比較，以及能找到稀有的細胞的表達情況。