隨著新冠肺炎(COVID-19)疫情在全球蔓延,研究人員和臨床醫生的心中一直存在一些疑團。比如,新冠肺炎的死亡患者大多是老年人或患有基礎疾病的人,但也有一些中青年人發展成嚴重的疾病甚至死亡。

同時,隨著越來越多的個體接受檢測,研究人員驚訝地發現,更多新冠病毒(SARS-CoV-2)感染者有著輕微的癥狀、非典型癥狀,甚至完全沒有癥狀。這些看似健康的個體會在無意間傳播疾病。
盡管這背后也許有一些未知的生活方式或環境因素,導致這些感染的結果明顯不同,但我們似乎也有必要挖掘自身的生物學因素,從而全面解釋為什么有些人容易感染新冠病毒,以及眾多人感染后的癥狀為何有明顯差異。
這一認識促使基因組學領域的科學家在本地或跨國界開展合作,以尋找SARS-CoV-2易感性的宿主因素。他們希望找到COVID-19疾病發展的遺傳標志物,并獲得可能與藥物靶點相關的生物學線索。
COVID-19宿主遺傳學計劃
COVID-19宿主遺傳學計劃(COVID-19 Host Genetics Initiative)便是其中一個項目。來自歐洲、亞洲以及北美洲的研究人員正在分享數據和分析,以“自下而上”的方式對COVID-19患者進行研究。
他們將利用自己的專業知識和資源來評估感染的宿主遺傳因素,包括分析生物樣本庫參與者(剛好感染了SARS-CoV-2)的遺傳特征,以及從感染患者中采集樣本用于基因分型、基因組測序、RNA測序、免疫分析或其他研究。
赫爾辛基大學芬蘭分子醫學研究所(FIMM)的Andrea Ganna是該合作計劃的參與者之一,他本人來自意大利一個遭受COVID-19重創的地區。“從提出構想到推出網站,只用了三天的時間。我們已經吸引了很多人,速度非常快。”FIMM正計劃對SARS-CoV-2感染者的生殖系樣本進行基因分型,包括意大利幾所醫院內的患者。
據悉,意大利錫耶納大學的合作者已經獲得倫理學批準,同意從那里的COVID-19患者身上采集樣本,而意大利北部的其他醫院也在進行類似的審批工作。屆時,研究人員將從11家參與醫院的患者樣本中提取出DNA,然后將DNA運送至FIMM進行基因分型。這些實驗的結果有望為患者管理、診斷及藥物使用提供線索。
斯坦福大學也是首批加入COVID-19宿主遺傳學計劃的機構之一。群體遺傳學專家Carlos Bustamante解釋說,盡管更多細節仍在敲定中,但該團隊希望利用斯坦福大學即將開展的臨床基因組測序服務,對在那里接受治療的患者進行測序。
他指出,斯坦福的研究人員最想了解SARS-CoV-2病毒載量是否影響以及如何影響患者預后,因為中國的初步研究表明,最嚴重的COVID-19患者可能攜帶大量的病毒。基于之前群體和疾病基因組學研究的豐富經驗,他們還將尋找與個體易感性相關的其他遺傳因素,包括常見的多態性、保護性的突變等。
Bustamante表示:“通過(以往的)群體遺傳學研究,我們了解到人類的表型分布存在極端現象,病原體易感性也不例外。世上既有特別容易感染的人,也有抵抗力特別強的人。對于最初的多態性研究,低通量測序以及利用芯片開展基因分型都很有用。之后我們可以調高覆蓋度,獲得越來越稀少的變異。”
未來,他們打算利用RNA測序等工具來探索宿主的免疫反應和病毒序列的詳情。
TMPRSS2的表達
哥倫比亞大學基因組科學研究所主任David Goldstein長期以來一直在研究宿主遺傳因素對病毒(包括艾滋病毒、單純皰疹病毒及丙型肝炎病毒)感染的貢獻。他認為大規模的基因組研究將帶來一些線索,說明為什么某些人更容易感染。
他及其同事最近在預印本網站上發表了一篇論文1。他們挖掘了現有的宿主基因表達數據集、藥物反應研究以及其他數據,以尋找能夠降低TMPRSS2宿主表達的候選化合物。TMPRSS2基因編碼了一種絲氨酸蛋白酶,在冠狀病毒SARS-CoV-2和SARS-CoV感染中發揮重要作用。
Goldstein解釋說:“關于如何找到重要疾病基因的轉錄調控因子,我們已經建立了一個范例。”他表示,結果相當驚人,因為與雌激素和雄激素相關的藥物對TMPRSS2蛋白酶的表達具有一致的效果。這表明這些藥物作用的通路有望成為未來治療COVID-19的靶點,不過還需要進一步的研究。
他們還發現,TMPRSS2在人類中的表達具有高度可變性,跨越兩個數量級。某些個體具有極高的表達。文獻顯示,小鼠TMPRSS2功能缺失可保護其免受SARS病毒感染,而抗雌激素治療會增加TMPRSS2表達,從而加重感染。他們提出,TMPRSS2表達可能與COVID-19嚴重程度呈正相關。
O型血更安全?
隨著COVID-19病例信息的增加,人們也開始研究一些不太明顯的關聯。南方科技大學等機構的研究人員近日在預印本平臺medRxiv上發表論文,公布了首個新冠病毒的血型感染研究結果2。
他們收集了武漢市金銀潭醫院1775名、武漢大學人民醫院113名新冠病毒感染患者的ABO型血液樣本,以及深圳市第三人民醫院285名新冠病毒感染患者的ABO型血液樣本。在匯總多方數據后,研究團隊得出結論,A型血人群感染新冠病毒的風險比非A型血人群更高,而O型血人群感染新冠病毒的風險比其他人群更低。
對于SARS-CoV-2感染的宿主因素,盡管我們還有很多東西需要了解,但如今研究人員有了更多的工具,并以前所未有的速度分享數據,相信未來能看到更多的進展。不過,Bustamante認為,由于數據是在緊急情況下快速生成的,許多研究尚未經過同行評審,因此,“最好的規則是交叉驗證、交叉驗證和交叉驗證。”重要的事情說三遍。
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