新方法準確檢測Lynch綜合征相關突變

　　貝勒醫學院等機構的研究人員近日開發出一種更準確的方法，檢測PMS2基因中的突變。這個基因的突變與遺傳性非息肉結腸直腸癌（Lynch綜合征）和Turcot綜合征相關。研究結果在線發表于《the Journal of Molecular Diagnostics》上。

　　為了提高PMS2基因突變檢測的準確性，研究人員開展了多重連接依賴的探針擴增（MLPA）、靶向捕獲新一代測序以及長距離PCR（LR-PCR）。他們在32個臨床樣本和14個對照樣本（8個陽性對照和6個陰性對照）上使用了這種方法。

　　美國每年診斷出14萬例結腸直腸癌，但只有3-5%是由Lynch綜合征引起的。然而，研究人員認為，PMS2基因在Lynch綜合征中的作用被低估。同時，基因組區域中的高度同源序列，以及活性基因和假基因之間頻繁的序列交換阻礙了這個基因的準確分析。

　　之前，PMS2突變是利用Sanger測序以及編碼外顯子和側翼內含子區域的分析而檢測的，這不能提供拷貝數變異的信息。研究人員的新方法融合了LR-PCR和NGS，使其能夠檢測序列變異和拷貝數變異，并區分PMS2和假基因PMS2CL的突變。LR-PCR片段包含多個外顯子和內含子，對區分高度同源區域的CNV很重要。

　　研究人員在文中寫道：“LR-PCR/NGS和靶向捕獲NGS的組合解決了等位基因丟失和同源性的問題。因此，這種方法對檢測懷疑帶有PMS2突變的早發性癌癥是特別有利的。”

　　研究人員對每個樣本平行運行了三種檢測：MLPA、NGS和LR-PCR。MLPA是利用MRC-Holland的SALSA MLPA kit P008-C1開展的，它含有特異針對PMS2外顯子1-11、外顯子11-15，以及針對PMS2和PMS2CL外顯子11-15中的旁系同源序列變異的探針。對于靶向捕獲NGS，研究人員使用了羅氏NimbleGen的SeqCap探針庫，它富集所有編碼外顯子，以及197個遺傳性癌基因的50 bp側翼內含子區域。

　　在LR-PCR過程中，他們利用之前發表的引物來擴增PMS2基因和PMS2CL假基因的三個片段：E1-E5、E6-E10、E10-E15。PCR過程使用了Takara LA TaqDNA聚合酶的熱啟動版本，而PMS2基因的LR-PCR產物被片段化，并添加索引，在Illumina的HiSeq 2000平臺上進行高通量測序。

　　研究人員認為，這三種方法的結果可作為交叉驗證，從而提高準確性，減少周轉時間。準確檢測PMS2基因突變，將實現更好的結腸直腸癌預防、診斷和治療。此外，這種方法也能應用到其他含有多拷貝的高度同源序列的基因上。