昆明動物所等開發完成犬類SNP數據庫DoGSD

　　家犬作為人類生活和工作中的伙伴，其進化研究一直是遺傳學研究中的一個熱點。然而目前使用的家犬參考SNP數據集，不僅數量少，采樣地不夠廣泛，而且測序覆蓋度差異大，SNP數據主要只來源于兩個品種的兩個犬只，并不利于家犬的群體遺傳研究。

　　目前，二代測序產生了大量高質量的家犬和其祖先物種灰狼的全基因數據。為了彌補參考SNP數據集的不足及滿足大數據復用的需求，在中國科學院昆明動物研究所張亞平院士和王國棟博士的指導下，云南大學白冰博士聯合中國科學院北京基因組研究所趙文明老師和唐碧霞博士，建立了第一個犬類SNP數據庫——DoGSD。該數據庫中包含了參考SNP數據集，69個家犬及8個灰狼的全基因組SNP數據, 所包含的SNP數量是原參考數據集的7倍。DoGSD彌補了原數據集采樣地少，覆蓋度差異大的問題，并且第一次在SNP數據集加入了中國土狗的數據。DoGSD為用戶提供了友好的檢索、查詢及下載頁面, 其中的同義/非同義SNP檢索頁面，比較查詢功能將為用戶檢索基因相關SNP及觀察個體間SNP的差異提供很大的方便。此外，DoGSD第一次在數據庫中提供了重要的群體遺傳學參數的計算結果：Fst和等位基因頻率，方便用戶篩選和進一步分析有選擇信號的SNP。

　　該研究結果（DoGSD: the dog and wolf genome SNP database）近期在Nucleic Acids Research 在線發表。白冰、趙文明和唐碧霞為并列第一作者，張亞平院士與王國棟博士為共同通訊作者。