萃取的目的是從共溶的樣品介質中分離出被分析的組分，或者，減少損壞柱的物質(如，蛋白質等)和干擾物。一般采用有機溶劑萃取，要求萃取用的溶劑毒性低、揮發性好、雜質少、對待測樣品有良好的溶解度且又與水不相混溶。
常用的有乙醚、醋酸乙酯、二氯甲烷、氯仿、苯或者兩種以上的混合溶劑。萃取后一般可直接進樣，有時需要濃縮或吹干濃縮，再用定體積的液體或流動相溶解進樣。這樣增加了樣品濃度，提高了靈敏度，同時，避免了溶劑峰對樣品峰的干擾。在萃取是要考慮樣品分子的溶解能力。除了脂溶性和水溶性組分外，還有用脂溶性的組分制成水溶性的鹽，萃取方法如下：
水溶性樣品：
1、酸性組分及生成的鹽萃取方法：
有機溶劑萃取雜質后調成酸性，再加有機溶劑萃取或進樣，或在N2流下吹干，用適當的溶劑解后進樣。
2、堿性組分及生成的鹽萃取方法：
有機溶劑萃取雜質后調成堿性，再加有機溶劑萃取或進樣，或在N2流下吹干，用適當的溶劑溶解后進樣。
3、中性組分萃取方法：
①有機溶劑萃取雜質后，直接用反相色譜法分析；
②脂溶性組分萃取方法:有機溶劑萃取或進樣，或在N2流下吹干，用適當的溶劑溶解后進樣；
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