生物物理所等發布最新的非編碼RNA整合資源NONCODEV6

　　長非編碼RNA（long non-coding RNAs）是一類長度大于200 nt的非編碼RNA。已有研究表明，長非編碼RNA具有重要的調控功能，在植物和動物的生物學過程中發揮重要作用。此外，lncRNA還與人類一些疾病的發生發展密切相關。因此，對lncRNA的注釋、探索lncRNA的功能具有重要意義。近年來，一些研究集中于lncRNA功能的探索，但綜合全面的lncRNA的注釋仍需不斷更新維護。

　　NONCODE數據庫于2005年創建，受到Science專文推薦，由中國科學院計算技術研究所、生物物理研究所團隊長期維護；2013年，受邀以專家數據庫加入國際RNA聯盟RNAcentral，數據庫首次提出了非編碼基因的分類體系，建立了多項非編碼領域標準，推動了長非編碼RNA的研究發展。

　　近期，中科院院士、生物物理所研究員陳潤生課題組，生物物理所健康大數據研究中心研究員何順民課題組和計算所研究員趙屹課題組合作，在Nucleic Acids Research上，在線發表題為NONCODEV6: an updated database dedicated to long non-coding RNA annotation in both animals and plants的研究論文（圖1）。該工作NONCODEV6（http://www.noncode.org/）（圖2）是關于動植物多個物種的長非編碼RNA綜合注釋數據庫的升級，旨在提供關于動植物各個物種中lncRNA的注釋和分析。

　　在前期積累的NONCODE版本的基礎上，研究人員通過關鍵詞搜索近期發表文章并手工提取lncRNA及其在組織中的表達數據等信息；對其相應的植物物種、動物物種、組織表達數據進行了收集、整理；進入NONCODE數據庫更新的流程，進行數據的過濾、處理、注釋。NONCODEV6中總共記錄了644,510個lncRNA。此次新加入的植物物種數目達23種，包括常見植物擬南芥、水稻、小麥、玉米等。植物物種的lncRNA注釋包括基本位置信息、序列信息、長度、外顯子個數、組織的表達量、功能注釋等。同時，研究人員對人和小鼠的數據進行了更新，加入了lncRNA和腫瘤等疾病的關系注釋，整合了多個lncRNA和腫瘤的數據源，提供了一個關于腫瘤等疾病和NONCODE數據庫中lncRNA的綜合注釋。

　　此外，NONCODEV6數據庫提供了一個用戶友好的界面，可用于瀏覽各個物種的長非編碼RNA的具體情況，包括長度、序列、位置、功能注釋、保守性注釋等；其還提供了blast功能、功能注釋查詢、保守性查詢。總體來說，NONCODEV6是一個業內較認可的綜合性lncRNA注釋的知識庫，為研究基于lncRNA的在動物和植物的相關注釋提供了重要支撐。

　　陳潤生、何順民、趙屹為論文的共同通訊作者，計算所博士研究生趙連鶴、生物物理所健康大數據研究中心博士研究生王佳佳和李燕燕為論文的并列第一作者。研究工作得到國家重點研發項目、國家自然科學基金、中科院戰略重點研究項目等的支持。

　　論文鏈接 

圖1.NONCODEV6在線發表

圖2.NONCODEV6數據庫