蛋白質組學樣品前處理的方法

要回答這個問題，首先需要理解樣品前處理需要達到的目的：減少人為降解和修飾，并且盡量多的釋放肽段。

整個過程可以分為以下流程：先從組織、體液或細胞中提取蛋白質，拿到蛋白混合溶液（根據你的研究目的，可以對蛋白先做分離，或者不分離），接下來還原烷基化（還原的過程是將蛋白的二硫鍵打開，然后烷基化可以修飾巰基，防止游離的巰基再生成二硫鍵）處理，并酶解成肽段。

1，樣品的收集與保存

組織樣品

1) 對于人體手術切除的組織，有條件的話，最好用PBS（磷酸緩沖鹽溶液，作為溶劑，起溶解保護試劑的作用）取完之后直接去血。如果沒有去血，可以-80℃液氮保存，干冰運輸。

2）對于小鼠、大鼠、兔子之類的組織樣品，建議用灌流的方式來去血，尤其是像肝臟、胃、心臟這類大的組織，可以直接用灌流的方式去血，去得最干凈。其次的方案是在后期剪碎的時候去血。

細胞樣品

常規實驗，建議收到5*1E6~1E7個細胞以上的樣品量（有些實驗需要的樣品量會少一些，后面會詳細講）。細胞取好后，首先用PBS清洗一下細胞表面，因為大部分培養基里面都含有血清，這部分血清得洗干凈了先~

如果是做分泌蛋白研究的話，首先用PBS清洗樣品幾次，再用條件培養基（不含有血清的培養基）進行培養，根據細胞情況，大概12個小時以后，離心，去掉細胞碎片，取上清，就能提取到分泌蛋白了。

血清樣品

1）血漿樣品：可以通過醫院常用的EDTA抗凝管進行收集，收集到的血漿會呈懸浮狀態，離心去掉血細胞。

2）血清樣品：現在大部分研究都直接針對血清樣品，它的成份更簡單，沒有凝集素，沒有大量的血細胞，針對性會更強。收集血清樣品時，直接把血清吸到管子里，室溫靜置讓它凝結，上清黃色部分就是血清樣品啦。
2，研磨或超聲破碎樣品，為了減少人為操作引入的修飾，通常會準備大量的冰，進行冰上的操作。同時還需要加入蛋白酶抑制劑，防止在操作過程中蛋白被樣品中自帶的蛋白酶降解掉。

3，充分熔接蛋白質，如果蛋白沒有充分溶解，能提取到的蛋白就會很少，達不到研究目的。

4，充分解旋蛋白質，通常，蛋白質都是成球狀的穩定狀態，解旋蛋白質就是將球狀蛋白中的二硫鍵打開，讓它形成鏈狀結構，以便進行下一步酶切。

5，酶解蛋白質，一般會用多種酶對蛋白質進行酶解。

6，去除雜質，我們要知道，質譜是一個非常靈敏的儀器，它檢測的是多肽的質荷比。所有的鹽類，以及所有會進行離子化的雜質，都會干擾到肽段的檢測。所以我們會要求進入質譜之前的蛋白樣品非常干凈。在蛋白水平及肽段水平都會進行去除雜質的步驟。