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  • 發布時間:2022-04-26 23:41 原文鏈接: 諾唯贊與真邁生物聯合發布DNA甲基化文庫測評數據

    DNA甲基化是指DNA序列上特定的堿基在DNA甲基化轉移酶的作用下,通過共價鍵結合的方式獲得一個甲基基團的化學修飾過程,是DNA化學修飾的一種形式,能夠在不改變DNA序列的前提下,改變遺傳表現。DNA甲基化的修飾類型包括5-甲基胞嘧啶(5mC)、6-甲基腺嘌呤(6mA)等等,而5mC這種甲基化修飾方式廣泛存在于植物、動物等真核生物基因組中,是目前研究最多的一種甲基化修飾形式。 

    5mC是一個非常重要的表觀遺傳修飾事件,可以調節基因活性,并影響許多關鍵過程,如基因組印記、細胞分化、轉錄調控和染色質重塑。分析整個基因組的DNA甲基化對于理解甲基化在正常生物學和癌癥等疾病中的影響至關重要。
    諾唯贊重磅推出DNA甲基化建庫試劑盒(EpiArt DNA Methylation Library Kit for Illumina V3),基于單鏈接頭連接原理,兼容低至10 pg甲基化建庫,助力DNA甲基化相關研究。

    產品介紹

    EpiArt DNA Methylation Library Kit for illumina V3是一款適用于高通量測序的甲基化文庫構建試劑盒。該試劑盒基于高效單鏈連接技術,可兼容10 pg-250 ng經甲基化轉化的DNA,且兼容短至40 bp的DNA樣本。經過優化的建庫流程,使得建庫可在2 h內完成,手動操作時間小于30 min,適用于自動化建庫,并兼容捕獲流程。建庫流程及原理如下圖1所示:

    圖1.EpiArt DNA Methylation Library Kit for illumina V3建庫原理

    產品亮點

    操作便捷:單個樣本建庫時長僅需2 h

    兼容范圍廣:可兼容10 pg~250 ng甲基化轉化后產物

    數據質量佳:在不同樣本類型及投入量條件下均表現出優異的測序數據質量

    本次測試較為全面的評估甲基化文庫在兩個測序平臺上測序質量、數據覆蓋度、甲基化C堿基分布等方面的表現。測試結果顯示,諾唯贊提供的甲基化文庫在真邁生物高通量測序平臺GenoLab M及illumina NovaSeq測序平臺均表現優異,且一致性較好。

    測試方案

    諾唯贊生物基于EpiArt DNA Methylation Library Kit for Illumina V3(Vazyme#NE103)構建2個以293細胞為樣本的甲基化文庫(下文簡稱“293文庫”),構建好的文庫采用GenoLab M(真邁生物團隊完成)、NovaSeq測序平臺上機測序。

    測試結果

    1.測序數據質量表現優異、基因組覆蓋度高、Duplication rate低



    圖2.數據質量基本指標

    2.甲基化類型和水平分析


    數據分析表明,GL與NV甲基化結果一致性高,如不同甲基化類型的比例(圖3A)、全基因組CG位點甲基化水平分布(圖3B)、各功能元件和各染色體CG位點的覆蓋度(圖3C~D)、各功能元件和各染色體CG位點的平均甲基化水平(圖3E~F)。 

    圖3.甲基化類型和水平分布

    對基于Vazyme#NE103構建出的DNA甲基化文庫在GenoLab M及NovaSeq測序平臺上測序獲得的數據進行分析,兩平臺測序結果均表現優異,測序質量高、數據覆蓋好,且兩平臺測序數據的甲基化類型和水平分布一致性高。

    關于GenoLab M高通量測序平臺:


    圖4.真邁生物GenoLab M高通量基因測序儀

    真邁生物GenoLab M高通量基因測序平臺采用基于芯片擴增的表面熒光測序技術SURF-seq對堿基的光學信號進行識別,具有準確率高,通量靈活的特點。GenoLab M擁有雙芯片平臺,可實現單/雙芯片同步測序模式和滾動測序模式,全面滿足客戶在不同應用場景下的檢測要求。

    未來,真邁生物和諾唯贊生物將繼續深化合作,雙方將發揮各自在生物技術領域的優勢,為臨床及科研用戶提供自主可控的測序平臺與生物試劑,拓寬更多的測序應用場景,賦能產業鏈生態建設,促進產業共同繁榮發展。

    訂購信息


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