陳玲玲研究員CellRes解析癌相關lncRNA

　　報道 來自中科院上海生命科學研究院、第二軍醫大學的研究人員在新研究中證實，人類結直腸癌特異性的CCAT1-L lncRNA調控了MYC基因位點的遠程染色質相互作用。這一研究發現在線發表在3月25日的《細胞研究》(Cell Research)雜志上。

　　論文的通訊作者是中科院上海生命科學院生物化學與細胞生物學研究所陳玲玲(Ling-Ling Chen)研究員。其主要研究方向為長非編碼RNA和干細胞。

　　長鏈非編碼RNA(lncRNA)是一類轉錄本長度超過200nt的RNA分子，它們并不編碼蛋白，因此起初被認為是基因組轉錄的“噪音”，不具有生物學功能。然而，近年來的研究發現，實際上lncRNA以RNA的形式在多種層面上(表觀遺傳調控、轉錄調控以及轉錄后調控等)影響了各種重要的生物過程，且與癌癥的發生存在密切的關系。盡管這些研究的結果表明，lncRNAs有可能在腫瘤形成中充當了重要的調控因子，對于lncRNAs在特定人類腫瘤中的表達調控以及它們參與腫瘤形成的機制還有待進一步闡明。

　　增強子是一類可以激活基因表達的DNA調控元件，且這一效應與它們和靶基因之間的距離及定向無關。增強子往往會與它們的靶基因形成遠程染色質環，控制短時及組織特異性的基因表達，它們發生錯誤調控會促成許多的人類疾病。

　　人類MYC癌基因的表達非常復雜，在包括增強子、啟動子、轉錄因子及染色質狀態在內的多個水平上受到調控。近來的研究發現，在人類8q24區域的基因沙漠(gene desert)中有多個增強子與MYC啟動子形成了染色質環。但目前對于MYC基因位點的染色質環調控機制仍知之甚少。

　　在這篇文章中研究人員證實，在人類結直腸癌中MYC基因上游515 kb位點特異性地轉錄生成了一種長鏈非編碼RNA：CCAT1-L。這一lncRNA在MYC的轉錄調控中起作用，促進了遠程染色質環形成。研究人員發現，這一CCAT1-L基因座定位在一個強有力的超級增強子中，空間上接近MYC。抑制CCAT1-L可以下調MYC啟動子與增強子之間的遠程相互作用。此外，CCAT1-L還與CTCF相互作用，在這些染色質環區域調控了染色質的構象。

　　這些研究結果揭示出了在人類結直腸癌中lncRNA調控的染色質組織與MYC表達之間的一種新聯系。