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  • 發布時間:2019-03-26 17:16 原文鏈接: 隨機引物法

    此法系可用于從低熔點瓊脂糖凝膠中回收 DNA 的放射性標記 ( Feinberg 和 Vogelstein 1983,1984)。本實驗來源「分子克隆實驗指南第三版」黃培堂等譯。


    實驗方法原理此法系可用于從低熔點瓊脂糖凝膠中回收 DNA 的放射性標記 ( Feinberg 和 Vogelstein 1983,1984)。
    實驗材料

    大腸桿菌 DNA 聚合酶Ⅰ Klenow 片段模板 DNA

    試劑、試劑盒

    醋酸氨牛血清白蛋白乙醇溴化乙啶NA 終止 貯存緩沖液隨機引物緩沖液

    儀器、耗材

    堿性瓊脂糖凝膠或變性聚丙烯酰胺凝膠沸水浴Sephadex G-50 離心柱

    實驗步驟

    一、材料

    1. 緩沖液和溶液

    醋酸氨(10 mol/L)

    牛血清白蛋白(10 mg/ml)

    乙醇

    溴化乙啶(10 mg/ml)或 SYBR Gold 染液

    NA 終止/貯存緩沖液(50 mmol/L Tris-Cl (pH 7.5),50 mmol/L NaCl,5 mmol/L EDTA (pH8.0),0.5% (m/V) SDS)

    5X 隨機引物緩沖液(250 mmol/L Tris (pH 8.0),25 mmol/L MgCl2,20 mmol/L DTT,未標記的 dNTP 各 2 mmol/L,1 mol/L HEPES ( 用 4 mol/L NaOH 調至pH 6.6),1 mg/ml 長度為 6 個堿基的隨機脫氧寡核苷酸引物)

    2. 酶和緩沖液

    大腸桿菌 DNA 聚合酶Ⅰ Klenow 片段

    3. 凝膠

    堿性瓊脂糖凝膠或變性聚丙烯酰胺凝膠

    4. 核酸和寡核苷酸

    長度為 6 或 7 個堿基的隨機脫氧核苷酸引物(125 ng/μl TE,pH 7.6 )

    模板 DNA

    5. 放射性復合物

    [α-32P] dNTP ( 10 mCi/ml,比活性 >3000 Ci/mmol)

    6. 專用設備

    沸水浴

    Sephadex G-50 離心柱,用 TE ( pH 7.6) 平衡

    二、方法

    1. 電泳后用溴化乙錠(終濃度 0.5 μg/ml)或 SYBR Gold 染膠,切下所需條帶,盡可能切去多余的凝膠。

    2. 將切下的條帶放入預先稱過重量的微量離心管中,稱出帶的重量。每克瓊脂糖凝膠加水 3 ml。

    3. 將微量離心管放在沸水浴中煮 7 min 以使凝膠融化,同時也使 DNA 變性。

    如立即進行標記,可將離心管置于 37℃,直至需要加入模板;否則可貯存于 -20℃。但每次從 -20℃ 取出后,含 DNA 的凝膠團要在 100℃ 加熱 3~5 min,然后置于 37℃ 直至放射性標記反應開始。

    4. 將一個新的微量離心管置于 37℃ 水浴或加熱板上,按下列次序加入:

    5X 寡核苷酸標記緩沖液            10 μl

    10 mg/ml 牛血清白蛋白溶液      2 μl

    DNA ( 體積不超過 32 μl)         20~50 ng

    10 mCi/ml [α-32P] dNTP           5 μl

    ( 比活性 >3000 Ci/mmol)

    Klenow 片段(5 單位)            1 μl

    水                                           加至 50 μl

    用微量加樣器徹底混合各組分,于室溫溫育 2~3 h 或 37℃ 溫育 60 min。

    5. 在反應液中加入 10 μl NA 終止/貯存緩沖液,可根據需要進行以下步驟。

    貯存放射性標記的探針于 -20℃ 以備雜交用。

    或

    通過離心柱層析分離放射性標記的探針與未結合的 dNTP 或以乙酸銨和乙醇選擇性地沉淀放射性標記的 DNA。如果 >50% 的放射 性 dNTP 已在反應中摻入,可不進行該步驟。




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