NIBS董夢秋組發表Nature子刊文章

　　2012年7月8日，北京生命科學研究所董夢秋實驗室與中科院計算技術研究所賀思敏教授領導的pFind研究團隊合作在《Nautre Methods》在線發表題為“Identification of Cross-linked Peptides from Complex Samples”的文章。

　　蛋白質化學交聯結合質譜鑒定技術(chemical cross-linking of proteins coupled with mass spectrometry analysis，CXMS)能夠提供豐富的蛋白質折疊與蛋白質相互作用的信息。該技術能夠幫助測定蛋白質的結構以及蛋白質復合物亞基之間相互作用的界面。

　　CXMS技術雖然只能提供鑒定到的交聯氨基酸之間的空間距離信息，但不需要蛋白質晶體，也不需要大量的高度純化的蛋白，是對現有的結構生物學技術的補充。CXMS還有望與蛋白質免疫共沉淀或pull-down 結合，辨識直接相互作用的蛋白。CXMS對蛋白樣品的量與純度要求較低，實驗周期短，具備廣泛的適用性。

　　在這篇論文中，研究人員報告了一套完整的基于高精度質譜鑒定化學交聯肽段的方法。他們優化了CXMS的各個實驗環節，并與中科院計算所合作開發了化學交聯多肽的鑒定軟件pLink。

　　pLink可以處理復雜樣品如全細胞裂解液的CXMS數據，能夠有效估算交聯多肽鑒定的假陽性率，并且對譜圖進行自動標注。研究人員用體外純化的簡單蛋白質樣品、大的蛋白質復合物、免疫共沉淀樣品、以及大腸桿菌和秀麗線蟲全細胞裂解液，充分證明了CXMS和pLink軟件的有效性。

　　北京生命科學研究所博士生楊兵、朱明以及中科院計算所的碩士生吳妍潔、博士生樊盛博為共同第一作者。參與研究工作的還有北京生命科學研究所葉克窮博士和陳涉博士，葉克窮實驗室的林金鐘、李爽、羅樹坤，董夢秋實驗室的丁曰和、李玉欣，計算所賀思敏研究組的張昆、遲浩、 秀麗蘊、陳海豐、王樂珩，以及Thermo公司的郝志奇博士。董夢秋博士與計算所賀思敏博士為共同通訊作者。此項研究由科技部和北京市政府資助。