Nature新聞：基因組測序追蹤超級病菌

　　研究人員通過基因組測序最終了解了去年困擾英國劍橋一家新生兒特護病房達數月之久的超級細菌疫情。他們將這一案例報告在11月14日的《柳葉刀傳染病》(Lancet Infectious Disease)雜志上，標志著首次科學家們通過測序病原體基因組積極控制了一場持續爆發的疫情。

　　在兩天內Rosie醫院24-cot新生兒特護病房的3名嬰兒測試出耐甲氧西林金黃色葡萄球菌(MRSA)陽性，隨后劍橋大學臨床微生物學家Sharon Peacock和他的研究小組參與了此次疫情調查。

　　Peacock說從3名嬰兒處分離獲得的細菌對于幾乎相同的抗生素譜耐受，表明其具有共同的來源。醫護人員對該病房進行了徹底地清潔，管理人員期望能夠疫情能夠盡快結束。

　　在科學求知欲的驅動下，Peacock研究小組繼續研究了這三個病例，看是否與此前6個月Rosie醫院一連串的MRSA感染有關聯。實驗室測試表明那時至少還有8名兒童受到具有相似抗生素耐藥性的MRSA菌株感染。然而相隔數周不發生感染，表明細菌并不僅僅是在病房的嬰兒之間傳播。

　　將點連接起來

　　Peacock希望將這些點連接起來，于是他們開始測序來自病房的MRSA菌株以及來自其他醫院和醫生手術室的相似菌株的基因組。他們推測成人攜帶者或可解釋嬰兒病房中傳染之間的長時間間隔。

　　然而疫情并沒有結束。在對病房進行消毒數天后，另一個嬰兒也檢測出MRSA陽性。基因組測序證實其菌株與另一起疑似病例相匹配。

　　面對持續不斷的爆發，Peacock和醫院的流行病學家將網撒得更廣，他們調查了嬰兒病房154名工作人員的菌株。其中一人雖未顯示癥狀，卻測試出匹配MRSA菌株陽性。Peacock 說：“我們認為有可能這一個體參與建立了聯系。我們將此人帶離這一環境，即有效地阻止了疫情繼續爆發。”

　　研究人員進一步監控了這一群體成人間的感染，包括從嬰兒處接觸到MRSA的父母。總共有14人，包括6名嬰兒和8名成人形成了嚴重的感染，需要接受治療。最后一個病例，在疫情開始一年后一名父親從他的妻子那里獲得了MRSA。但無一人死亡。

　　消除秘密

　　Wellcome Trust Sanger研究所Julian Parkhill說微生物學家基因組測序可以提供用其他方式無法獲得的清晰度。在這篇Lancet論文中，基因組測序揭示了在疫情過程中發生的一系列小突變，流行病學家由此生成了一個進化樹，追蹤疫情逐步靠近可疑的源頭。進化分析表明受感染的工作人員也許是在病房的某個嬰兒那里獲得MRSA。

　　“許多的秘密解開了，現在我們真正了解了在這種情況下發生的事情，以及所有的關聯。并且這是一次極好的機會來改進醫院實習，”美國國家人類基因組研究所微生物學家Julie Segre說。