PNAS：下一代測序助力張啟發研究“轉基因水稻”
水稻是世界上最重要的糧食作物之一，與玉米、小麥、土豆被稱為“世界四大主糧”。在過去的50年里水稻尤其是秈稻（indica ）的改良取得了一些里程碑式的成果。其中一項重大的突破是在上世紀的五六十年代中國及國際水稻研究所（IRRI）開發出了一系列半矮桿水稻品種，促成了水稻的“綠色革命”。 此后，半矮桿成為了幾乎所有現代水稻品種的一個基本特征。基于半矮桿品種，科學家們進而又改良了其他的一些性狀，例如非生物脅迫抗性、廣泛的生物脅迫抗性及更好的稻米品質。另一個重要的突破是利用雜種優勢，促成了自上世紀70年代以來大規模地采用雜交水稻。中國科學院院士，美國科學院外籍院士、第三世界科學院院士、華中農業大學生命科學技術學院教授張啟發院士曾經一度因為“黃金大米”事件而被公眾針砭不一。作為國際著名的植物遺傳和分子生物學家，他長期致力于水稻基因組研究，旨在通過植物基因組分析、重要基因的分離克隆、雜種優勢的遺傳和分子基礎、作物品種資源的分子評估及應......閱讀全文
煙草和水稻cpDNA基因組成及特點
煙草和水稻（Oryza sativa）葉綠體全序列分析表明cpDNA基因組成有以下特點：1.基因組由兩個反向重復序列（IR）和一個短單拷貝序列（short single copy sequence, SSC）及一個長單拷貝序列（long single copy sequence, LSC）組成；2.
煙草和水稻葉綠體cpDNA基因組成特點
1.基因組由兩個反向重復序列（IR）和一個短單拷貝序列（short single copy sequence, SSC）及一個長單拷貝序列（long single copy sequence, LSC）組成；2.IRA和IRB長各10-24Kb，編碼相同，方向相反。3.cpDNA啟動子和原核生物的相
基因組研究讓水稻育種走向精準設計
由中國主導的國際間科研大協作項目“3000份水稻基因組研究”26日結出碩果——北京時間當日凌晨1時，國際頂級學術期刊《自然》正式發表《3010份亞洲栽培稻基因組研究》。該研究針對水稻起源、分類和馴化規律進行了深入探討，揭示了亞洲栽培稻的起源和群體基因組變異結構，剖析了水稻核心種質資源的基因組遺傳
我國科研團隊發布水稻完整參考基因組
水稻是重要的糧食作物，其基因組組裝對水稻育種意義重大。23日，記者從中國農業科學院深圳農業基因組研究所獲悉，該所聯合崖州灣實驗室、中國水稻研究所、中國農科院作物科學研究所和揚州大學等多個單位發布完整的水稻參考基因組，實現了全基因組所有染色體端粒到端粒無缺口組裝，為水稻育種研究提供了新的有力工具和重要
無缺口組裝！水稻完整參考基因組發布
近日，中國農業科學院深圳農業基因組研究所聯合海南崖州灣實驗室、中國水稻研究所、中國農科院作物科學研究所和揚州大學等多個單位發布完整的水稻參考基因組，實現了全基因組所有染色體端粒到端粒無缺口組裝，為水稻育種研究提供了新的有力工具和重要大數據基礎。相關研究成果發表在《分子植物》（Molecular
水稻RGA基因組規模的鑒定與分析
實驗概要本實驗對粳稻蛋白質數據庫進行BLASTP，獲得所有粳稻的RGA序列，對RGA進行分類，分別統計了各類RGA在不同染色體上的分布情況，對兩個亞種間RGA多態性進行了鑒定和開發。實驗步驟1. 水稻RGA的搜索搜集已報道的45個R基因，然后用它們對粳稻蛋白質數據庫進行BLASTP (參數取E
水稻LEA基因組規模的鑒定與分析
實驗概要本實驗鑒定了OsLEA基因，將基因定位到水稻染色上，進行了序列對比和基因轉變分析，LEA基因的表達分析及啟動子基序分析。實驗材料基因組及蛋白質序列的來源：分別從TIGR (http://www.tigr.org)和BGI (http://rise.genomics.org.cn/rice
研究揭示水稻基因組－“垃圾－DNA”－的真相
對于動植物的 DNA 來說，僅有不到 5% 能夠翻譯成蛋白質，進行生命活動。而大部分 DNA 轉錄成 RNA 之后，便不再繼續翻譯，這些非編碼 RNA 一度被認為是轉錄中的 “噪音”“暗物質”， 甚至有人認為這是 “垃圾 DNA”。 近十年來，隨著探索未知的技術的進步，這些所謂 “垃圾 DNA
研究揭示水稻基因組“垃圾DNA”的真相
對于動植物的DNA來說，僅有不到5%能夠翻譯成蛋白質，進行生命活動。而大部分DNA轉錄成RNA之后，便不再繼續翻譯，這些非編碼RNA一度被認為是轉錄中的“噪音”“暗物質”， 甚至有人認為這是“垃圾DNA”。 近十年來，隨著探索未知的技術的進步，這些所謂“垃圾DNA”的重要性才開始為人們所了解。
水稻基因組編輯工具盒再添新成員
近日，中國農業科學院植物保護研究所周煥斌課題組、周雪平課題組和四川大學生命科學學院林宏輝課題組合作開發了一系列基于Cas9-NG的各種水稻基因組定點編輯工具，并成功用于水稻單基因敲除、多基因敲除、單堿基編輯（堿基對G·C和A·T的互換）以及靶基因轉錄激活調控。相關研究成果在線發表于《分子植物》（
構建水稻基因組倒位變異圖譜
近日，中國農業科學院深圳農業基因組研究所聯合國內多家單位發布了迄今為止最大的水稻群體水平倒位變異圖譜，并挖掘獲得了新的水稻耐熱優異等位基因，該研究對水稻育種改良具有重要意義。相關研究成果發表在《科學通報（Science Bulletin）》上。 水稻中的基因組倒位變異是指染色體上的DNA序列發
水稻基因組編輯工具盒再添新成員
據中國農科院最新消息，該院植物保護研究所周煥斌課題組、周雪平課題組和四川大學生命科學學院林宏輝課題組合作開發了一系列基于Cas9-NG的各種水稻基因組定點編輯工具，并成功用于水稻單基因敲除、多基因敲除、單堿基編輯（堿基對G·C和A·T的互換）以及靶基因轉錄激活調控。該成果對于水稻基因功能解析和
玉米和水稻基因組引導編輯效率提高3倍
科技日報北京12月29日電 （記者馬愛平）近日，北京市農林科學院玉米DNA指紋及分子育種北京市重點實驗室基因組編輯團隊與北京大學等單位合作，發現了新策略協同效應，在植物引導編輯技術研發方面取得了新突破，實現了玉米和水稻引導編輯效率平均可提高3倍以上，在多個低效靶點上甚至可提高10倍以上，并在人細胞中
水稻泛基因組研究方面取得突破性進展
近日，廣東省農業科學院水稻研究所分子育種團隊在水稻泛基因組研究方面取得突破性進展。相關研究發表于基因組學研究知名雜志Genome Biology。該論文第一單位為廣東省農業科學院水稻研究所，王健博士為第一作者，楊武副研究員為共同第一作者，胡海飛博士和趙均良副研究員為通訊作者，澳大利亞莫道克大學教
中國誕生全球首張水稻全基因組育種芯片
中國中化集團公司下屬中國種子集團有限公司聯合華中農業大學、北京大學近日共同研制出全球首張水稻全基因組育種芯片，將大幅提高種子真實性檢測準確性，有助提高育種效率，杜絕假種子危害。 中種公司生命科技中心喻輝輝博士表示，目前業內判斷水稻種子真實性通常采用國標推薦的24個SSR標記檢測結果，
張啟發院士Nature子刊發表水稻基因組成果
9月13日，在Nature旗下的開放獲取雜志《Scientific Data》發表的一項研究中，來自華中農業大學和美國亞利桑那州大學的研究人員，用PacBio的long read測序數據和Illumina雙末端測序數據，構建了兩個秈稻參考基因組。 我國著名的植物遺傳和分子生物學家，華中農業大學
水稻功能基因組研究：我國要繼續保持領先優勢
以“水稻功能基因組研究的現狀和未來”為主題的第520次香山科學會議學術討論會近日在北京召開。與會專家就水稻基因組測序及注釋、水稻重要性狀的調控網絡、水稻多組學（表觀組、蛋白組、代謝組、表型組等）研究，以及水稻基因組解析等方面展開了深入的討論。 此次會議由中國科學院院士、華中農業大學教授張啟發
中國科學家完成水稻5個“近親”基因組測序
中國科學家３日說，他們完成了亞洲栽培稻（一般稱為水稻）５個“近親”的全基因組測序，獲得了高質量的基因組參考序列。這有望進一步推動水稻品種的改良。 中國科學家在美國《國家科學院學報》上報告說，他們從２００７年至今，自主完成了尼瓦拉野生稻、非洲栽培稻、短舌野生稻、展穎野生稻和南方野生
日媒：日本首次收獲運用基因組編輯技術的水稻
據日媒報道，本月31日，日本農業和食品產業技術綜合研究機構（茨城縣筑波市）公開了運用“基因組編輯”技術改變基因并在室外栽培的水稻的收獲情形。 據該機構稱，室外栽培經基因組編輯的植物在日本國內尚屬首次。改變了控制水稻穗數和顆粒大小的基因，預計可以增加產量。 該機構將對收獲的水稻進行分析，確認
水稻基因組學與農業應用研討會召開
由華大基因研究院舉辦的“水稻基因組學與農業應用研討會”近日在深圳召開。 作為世界上最早種植水稻的國家，水稻一直在我國糧食生產中起著舉足輕重的作用。華大基因等國內多家單位曾于2002年率先合作完成秈稻基因組框架圖與精細圖的繪制工作，并在美國《科學》雜志發表科學專論。
美國科學家開發全基因組測序水稻變體
水稻不僅是全球一半人口的主食，也為研究能源作物提供了模型。為優化生物燃料作物，科學家正尋找決定水稻產量、抗病性和灌溉效率等性狀的基因。 最近在《植物細胞》雜志刊登的一篇論文中，美國加州大學戴維斯分校的研究團隊與來自能源部聯合基因組研究所的合作者，宣布開發出粳稻Kitaake的第一個全基因組測
稻田稗草基因組及水稻—草競爭分子機制獲揭示
中國水稻研究所和浙江大學共同開展研究并取得重要進展，獲得了稻田稗草基因組，揭示了稗草通過基因簇合成防御性次生代謝化合物，用于與水稻競爭和抵御稻田病菌的遺傳機制，并為水稻C4育種提供了一個重要基因遺傳資源。近日，相關研究成果在線發表于《自然—通訊》。 該研究表明，稗草可以合成異羥肟酸類次生代謝產
新研究可大幅提高雜交水稻全基因組選擇預測精度
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/7/505572.shtm水稻是人類重要的糧食作物之一，水稻雜交種的產量高于常規自交系品種，但由于雜交稻存在顯性等非加性效應，稻米品質的遺傳改良比自交稻更具挑戰性。湖南農業大學植物保護學院副教授李蘭芝團隊聯合美
超級泛基因組助水稻種質資源遺傳變異挖掘利用
?水稻泛NLRs家族基因的共線性位點（左）；基于全基因組SNPs的水稻系統發生樹（右）。中國農科院供圖 近日，中國農業科學院深圳農業基因組研究所與國內多家高校、科研單位合作，組裝了251份高質量的水稻基因組，構建了目前植物中群體規模最大、基因組充分注釋、稻屬中最為系統的超級泛基因組。該圖譜
基因組所合作研究揭開兩種家養水稻起源進化“篇章”
6月9日，在最新一期的PLOS Genetics上，來自中國科學院北京基因組研究所的吳仲義研究員和中山大學施蘇華教授發表了合作研究文章《水稻基因組兩種進化歷史：馴化基因的角色》(Two Evolutionary Histories in the Genome of Rice: the R
水稻近緣種北美沼生菰首個近完整基因組組裝完成
近日，中國農業科學院煙草研究所煙草功能成分與生物合成創新團隊聯合院華東中心等單位，完成首個北美沼生菰接近完整基因組的組裝，為菰屬作物遺傳改良、功能基因解析和關鍵生物過程研究提供了寶貴的資源。相關研究成果發表在《作物學報》（The Crop Journal）上。作為栽培稻的重要野生近緣種，北美沼生菰是
中科院遺傳發育所水稻基因組編輯研究取得重要新進展
水稻突變體是進行水稻功能基因組學基礎研究和水稻分子設計育種的重要材料。常規的水稻突變體來源于自發突變或化學、物理及生物的誘變，具有很大的隨機性和局限性，不能滿足大規模的水稻功能基因組學研究和水稻分子設計育種的需求。利用高效便捷的CRISPR/Cas9基因組編輯技術和高通量的寡核苷酸芯片合成技術可
基于同源基因簇的水稻泛基因組綜合數據庫建成
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/4/498300.shtm近日，華中農業大學作物遺傳改良全國重點實驗室、湖北洪山實驗室教授張建偉課題組聯合國內外高校與科研機構在《自然—通訊》與《分子植物》連續發表兩篇研究論文。這兩項工作以代表亞洲稻群體結構的
浙大教授Nature子刊：水稻基因組重測序及群體遺傳學研究
浙江大學農業與生物技術學院作物科學研究所，中國水稻研究所的研究人員發表了題為“Genomic variation associated with local adaptation of weedy rice during de-domestication” 的文章，以雜草稻群體為材料，通過基因組
農科院研究揭示水稻全基因組功能單倍型自然變異特征
近日，中國農業科學院作物科學研究所（以下簡稱作科所）水稻分子設計技術與應用創新團隊構建了一個全基因組基因功能單倍型（gcHap）數據集，全面揭示了亞洲栽培稻基因功能單倍型自然變異特征，提出亞洲栽培稻多起源（馴化）假說，并開發了適用于功能單倍型數據全基因組關聯分析和全基因組預測的軟件包“HAPS”