研究發現植物葉綠體基因組可以全部轉錄的新機制
葉綠體是地球上綠色植物把光能轉化為化學能、供給地球上的其它生物能量來源的重要細胞器，對葉綠體的功能和葉綠體基因組轉錄機制的研究一直以來是全球細胞生物學家、遺傳學家和分子生物學家孜孜以求的研究熱點。中國科學院昆明植物研究所研究員高立志帶領的研究團隊，歷時五年，通過對三種高等植物（水稻、玉米和擬南芥）及兩種藻類（衣藻、灰藻）的葉綠體轉錄組數據進行分析，驚奇地發現了整個葉綠體基因組都能夠發生轉錄。葉綠體基因組的全轉錄不僅發生在葉綠體基因組的編碼區，而且能發生在其所有非編碼區。鏈特異性轉錄組數據分析表明，葉綠體基因組的兩條單鏈都是全轉錄的。眾所周知，葉綠體起源于古代藍藻（藍細菌，cyanobacteria），研究人員用同樣的方法對藍藻基因組進行了分析，結果表明藍藻基因組也能全部轉錄，說明了光合真核生物葉綠體基因組全轉錄模式在植物進化的早期就已經存在，可以追溯到藍細菌。 結合其他學者對植物葉綠體基因組和藍藻基因組的多重轉錄起始（m......閱讀全文
細胞化學基礎藍藻和葉綠體基因組的比較研究
原核的藍藻和真核植物（包括其他藻類）中的葉綠體，都同樣進行放氧的光合作用，這為人類和整個生物界提供了賴以生存的食物、氧氣、能源和原料。對葉綠體和藍藻的細胞結構和分子生物學特性作分析，證明真核生物的葉綠體可能起源于藍藻祖先的內共生。這使藍藻在20多年來已成為光合作用研究的模式生物。藍藻基因組的作圖和測
葉綠體基因組遺傳信息獲取技術體系建立
記者日前從中科院昆明植物所獲悉，該所種質資源庫多年來致力于葉綠體基因組學研究，并建立了較為完善的葉綠體基因組遺傳信息獲取技術體系。該技術體系解決了葉綠體基因組獲取方法需要大量新鮮材料以及一些物種因個體微小須通過二代測序方法獲取葉綠體基因組的難題。 2012年以來，科研人員利用二代測序技術研究了
基因組所發布全轉錄組關聯研究知識庫
近日，中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）國家基因組科學數據中心（NGDC）開發的全轉錄組關聯研究知識庫正式上線。該研究成果以“TWAS Atlas: a curated knowledgebase of transcriptome-wide association studies”為題在
關于植物葉綠體基因組基因表達調控的研究的介紹
葉綠體基因組的特點是具相同或相關功能的基因組成復合操縱子結構。這一特點有利于葉綠體基因的表達與調控，例如rpoB-rpoC-rpoC 2操縱子是由編碼RNA聚合酶各個亞基的基因聚合在一起而形成的，而psbI-psbK-psbD-psbC操縱子則編碼PSⅡ的部分蛋白質。葉綠體基因組基因表達調控方式
葉綠體基因組樹優化森林大樣地群落構建獲揭示
群落構建是生態學家廣泛關注的核心問題之一。1月2日，記者從中國科學院華南植物園獲悉，該園分子生態學團隊及其合作者，基于中國森林監測網絡（CForBio）平臺，揭示了葉綠體基因組樹優化我國森林大樣地群落構建認知。相關研究發表于《分子生態資源》。 據悉，系統發育群落生
細胞化學基礎植物葉綠體基因組基因表達調控的研究
葉綠體基因組的特點是具相同或相關功能的基因組成復合操縱子結構。這一特點有利于葉綠體基因的表達與調控，例如rpoB-rpoC-rpoC 2操縱子是由編碼RNA聚合酶各個亞基的基因聚合在一起而形成的，而psbI-psbK-psbD-psbC操縱子則編碼PSⅡ的部分蛋白質。葉綠體基因組基因表達調控方式。轉
葉綠體基因組樹優化森林大樣地群落構建獲揭示
群落構建是生態學家廣泛關注的核心問題之一。1月2日，記者從中國科學院華南植物園獲悉，該園分子生態學團隊及其合作者，基于中國森林監測網絡（CForBio）平臺，揭示了葉綠體基因組樹優化我國森林大樣地群落構建認知。相關研究發表于《分子生態資源》。 據悉，系統發育群落生
花葉芋葉片關聯分析和葉綠體基因組研究獲進展
廣東省農業科學院環境園藝研究所特色花卉研究室在花葉芋葉片重要觀賞性狀關聯分析和葉綠體基因組研究方面取得新進展。相關研究分別發表于Physiologia Plantarum和Genes。 花葉芋（Caladium）是天南星科花葉芋屬多年生草本植物，被譽為“觀葉皇后”。花葉芋資源豐富，表型性狀變異豐
我國學者闡述重樓葉綠體基因組結構特征與進化
重樓屬植物主要生物活性物質為甾體皂苷，具有消炎、止血、抗腫瘤等功效，是云南白藥、宮血寧等86種著名中成藥的重要原料。重樓屬花葉組包括花葉重樓與祿勸花葉重樓兩種，與屬內其它植物相比，葉具斑塊，植株矮小，果實很小且產量低。花葉組重樓植物含有中國藥典規定的四種重樓皂苷。然而，花葉組重樓生長十分緩慢，對
類轉錄化學藥物誘導型基因組編輯和轉錄激活系統
生物學變化多受到高度動態的分子事件調控，為了更精確的理解并研究這些過程，應用條件性可誘導的技術手段是十分必要的。此前，得到廣泛應用的藥物誘導技術之一是通過配體結合激發雌激素受體蛋白（ER）從細胞質到細胞核的轉運。在沒有激素配體的情況下，ER與熱激蛋白（hsp90）結合定位于細胞質中；一旦與配體結
Nature－Genetics：基因組其實是這樣轉錄的
在人類基因組中大約儲存著兩萬個基因和數千個調控元件。基因編碼蛋白質合成的信息，其他基因組元件負責調節基因活性和執行其他功能。所有這些DNA編碼信息都需要被復雜的分子機器讀取，并轉換為細胞能使用的信息。 人們一般認為，讀取基因就和讀一個語句差不多。讀取機器被多種序列引導到基因的起始位置，然后從左
RNA測序技術如何繪制全基因組轉錄終止？
近日，南方科技大學生命科學學院翟繼先團隊利用納米孔單分子RNA測序技術繪制了擬南芥全基因組水平轉錄終止圖譜。該方法能同時捕獲包括已轉錄過polyA位點的 readthrough轉錄本、完成3’末端切割的5’或3’切割產物、以及已完成或正在進行多腺苷酸化（polyadenylation）的轉錄本在
版納植物園葉綠體比較基因組學研究取得進展
樟科油丹屬樹種木材質優，國際市場上的商品名為“medang”，和楠木樹種的親緣關系較近。以往的分子系統學研究表明油丹屬為復系類群，但與潤楠屬、鱷梨屬和楠屬等的系統關系尚不明晰。 近日，中國科學院西雙版納熱帶植物園生物多樣性研究組以分布于印度南部的油丹模式種Alseodaphne semecar
武漢植物園在淫羊藿葉綠體基因組研究中獲進展
淫羊藿為小檗科淫羊藿屬植物，是我國常用大宗中藥材，具有較多的藥用價值和廣闊的開發前景。當前淫羊藿藥材主要依靠野生資源，存在基原植物混亂、質量參差不齊等問題。葉綠體基因組信息可以用于植物的系統分類、品種鑒定，但目前還沒有對我國淫羊藿屬植物開展過葉綠體基因組的研究。 中國科學院武漢植物園副研究員張
擬南芥葉綠體基因組DNA雙鏈斷裂修復的全新分子機制
2021年6月16日，清華大學生命學院/清華-北大生命科學聯合中心孫前文實驗室在Nucleic Acids Research雜志在線發表題為“RNase H1C與單鏈DNA結合蛋白WHY1/3和重組酶RecA1在擬南芥葉綠體中協作完成DNA損傷修復 (RNaseH1C collaborates
綠潮藻葉綠體基因組進化機理研究取得新進展
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2023/6/503670.shtm石莼屬海藻是一類具有重要生態功能和開發潛力的經濟海藻，同時也是一類可以暴發性生長導致綠潮災害的大型綠藻，在全球范圍內廣泛分布。近日，中國科學院海洋研究所海洋生態環境基因組學團隊圍繞石莼
Nature子刊發布重磅測序技術：基因組和轉錄組平行測序
四月二十七日的Nature Methods雜志上發布了一項引人注目的測序技術，G&T-seq（Genome and Transcriptome Sequencing）。該技術能夠實現大規模的DNA和RNA平行測序，同時展現單個細胞的基因組序列和基因活性。 研究人員用G&T-seq對220個小鼠
版納園等自主開發出葉綠體全基因組分析比較基因組程序包
高通量測序(High-throughput sequencing)，又稱“下一代”測序(Next-generation sequencing)，是近年來在測序技術發展史中具有革命性改變的新突破，能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子同時測序，因此能對物種的轉錄組和基因組進行比以往較細致全貌的
昆明植物所建立葉綠體基因組遺傳信息獲取技術體系
在分子生物學和基因組時代，葉綠體基因組為植物分類、系統發育和物種鑒定等提供了不可或缺的遺傳信息。隨著新一代測序技術的快速發展，葉綠體基因組學已經成為植物系統基因組學和超級條形碼研究的熱點，也是中國科學院昆明植物研究所三個重大突破目標——iFlora 研究的重要內容。 昆明植物所種質資源庫多年來
基因組所等RNA甲基化表觀轉錄組學研究獲進展
2014年1月，中國科學院北京基因組研究所基因組變異與精準生物醫學實驗室“百人計劃”研究員楊運桂研究組，與中國科學院動物研究所“百人計劃”研究員劉峰研究組合作開展的“m6A甲基轉移酶復合物鑒定”研究，發現了WTAP(wilms'tumour 1-associating protein)
轉錄組測序和全轉錄組測序的區別
全轉錄組廣義上是指細胞在特定狀態下所能轉錄出來的?所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA?。借助高通量測序技術，可以全面獲取樣本中轉錄產物信息，結合競爭性內源RNA ( ceRNA)機制， 進行聯合分析，深入挖掘轉錄水平調控網絡。轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有
Nat－Commun：揭秘轉錄因子“勘察”細胞基因組的分子機制
轉錄因子（TFs）是一種能調節基因表達的特殊蛋白，其能在完整的基因組中搜索并結合特殊區域來調節基因的表達；我們都知道，轉錄因子不僅能結合特殊的DNA序列，還能非特異性結合任何DNA鏈。這些非特異性的關聯就能夠明顯增加轉錄因子尋找特殊靶點的能力，然而目前研究人員并不清楚在掃描大量基因組、定位以及結
基因組所小鼠組織新轉錄本鑒定研究取得進展
近日，中國科學院北京基因組研究所胡松年項目組利用新一代測序數據，運用生物信息學方法，在小鼠的幾個組織中發現了幾千個新的轉錄本。該研究成果的完成拓寬了轉錄組數據分析的思路，有利于更全面地認識小鼠的轉錄組組成，并進一步補充了其基因組的注釋，相關成果論文在frontiers in genetics
武漢植物園發現蕨類植物葉綠體基因組進化的過渡形態
目前已知的蕨類植物葉綠體基因組在組織結構上表現為兩種基本類型：一是核心型，高等核心薄囊蕨類水龍骨目和樹蕨目具此類型;另一是基部型，見于其他蕨類基部類群。與基部型相比，核心型葉綠體基因組的反向重復區和大單拷貝區的rpoB-psbZ區(BZ區)發生過復雜的基因組重排，同時它們還丟失了5個相同的tRN
轉錄組測序原理
而轉錄組測序即是利用高通量測序技術，將細胞或組織中的全部或部分mRNA, miRNA, lnc RNA 進行測序分析的技術。通過RNA-seq，也就是轉錄組測序，可以幫助我們了解各種比較條件下所有基因的表達差異包括：正常組織與腫瘤組織；藥物治療前后的表達差異；發育過程中，不同發育階段，不同組織的表達
利用人工組合轉錄因子對人類基因組掃描
Scanning the human genome with combinatorial transcription factor librariesPublished online: 18 February 2003, doi:10.1038/nbt794March 2003 Volume 21
千年基因總部助力韓國人胃癌基因組及轉錄組研究
千年基因總部Macrogen助力研究者完成了韓國人胃癌基因組及轉錄組微衛星突變的研究，該研究的基因組和轉錄組測序于Macrogen通過ISO9001 & ISO13485 & CLIA認證的國際最高質量標準的大型基因組學實驗室完成，研究成果于6月4日發表于Genome Research。
昆明植物所山茶屬代表植物比較葉綠體基因組學研究獲進展
山茶屬是山茶科中包含許多舉世聞名經濟植物的一個重要類群，包括為人類提供天然保健飲料的茶（Camellia sinensis var. assamica 和C. sinensis var. sinensis），健康型高級食用植物油的油茶（C. oleifera）以及觀賞花卉云南山茶（C. reti
武漢植物園完成掌葉木和傘花木的葉綠體基因組解
掌葉木和傘花木是我國特有的無患子科植物，分別所屬的掌葉木屬和傘花木屬是無患子科的單種屬。近期，中國科學院武漢植物園研究人員通過淺層基因組測序技術組裝了這兩種植物的葉綠體基因組，為開展針對性種群遺傳學研究和保護工作等提供重要的理論數據。在2021年公布的《國家重點保護野生植物名錄》中，掌葉木和傘花木均
武漢植物園在裸子植物葉綠體基因組學研究方面獲進展
篦子三尖杉(Cephalotaxus oliveri)是我國特有珍稀瀕危植物，屬裸子植物三尖杉科(Cephalotaxaceae)三尖杉屬(Cephalotaxus)。它在三尖杉屬中的地位特殊，形態、解剖、胚胎發育、孢粉、核型及分子系統學的研究均支持將其獨立成篦子三尖杉組。 松杉類植物