利用納米孔測序技術揭示基因表達的染色質調控基礎
作為染色質的基本單元，核小體由大約147 bp的DNA和組蛋白八聚體（H2A, H2B, H3和H4）組成。核小體的動態定位和折疊組織會產生兩種不同的染色質狀態：“開放”（open）和“閉合”（closed）。核小體的定位和染色質狀態的動態變化對以DNA為模板的生物學過程（比如，轉錄、DNA復制和修復）具有關鍵的調控作用。 基于第二代“短讀長”測序技術（比如，Illumina測序）的方法（比如，MNase-seq、DNase-seq、ATAC-seq、NOMe-seq、MPE-seq、ChIP-seq和FAIRE-seq）已經被廣泛地應用于核小體位置和染色質狀態的測定。然而，這些方法只能測定“細胞群體水平、短距離”的核小體占據和染色質狀態。盡管最近單細胞測序技術已經被整合到這些方法中，并且揭示了細胞群體中染色質狀態的異質性，但由于單細胞測序的低基因組覆蓋度以及第二代測序長度的限制，目前我們仍舊對細胞群體中染色質狀態異質性以......閱讀全文
利用納米孔測序技術揭示基因表達的染色質調控基礎
作為染色質的基本單元，核小體由大約147 bp的DNA和組蛋白八聚體（H2A, H2B, H3和H4）組成。核小體的動態定位和折疊組織會產生兩種不同的染色質狀態：“開放”（open）和“閉合”（closed）。核小體的定位和染色質狀態的動態變化對以DNA為模板的生物學過程（比如，轉錄、DNA復制
納米孔測序技術
測序長度和準確率的快速提升使得納米孔測序有望顛覆DNA測序市場。紐約威爾康奈爾醫學院的計算生物學家Christopher Mason喜歡在會議上表演一個“絕活”：他和同事先從志愿者手機上收集DNA樣本，然后就能在一個小時內現場進行譜系分析，甚至敘述志愿者一天的生活細節。“我們能從留在手機上的DNA信
納米孔測序搞定超級難搞的基因
Brenton Graveley是在2014年4月收到他的第一臺MinION測序儀的。他所在的康涅狄格大學實驗室是首批獲得Oxford Nanopore Technologies測序儀的客戶。盡管準確性不穩定，通量也不高，但Graveley和他的同事決定立刻就試試。 對于MinION，眾多討論
納米孔測序搞定超級難搞的基因
Brenton Graveley是在2014年4月收到他的第一臺MinION測序儀的。他所在的康涅狄格大學實驗室是首批獲得Oxford Nanopore Technologies測序儀的客戶。盡管準確性不穩定，通量也不高，但Graveley和他的同事決定立刻就試試。 對于MinION，眾多討論
調控基因表達的“染色質環”新因子篩選獲進展
? 中國科學院廣州生物醫藥與健康研究院、生物島實驗室研究員姚紅杰課題組通過系統性篩選在基因組上與CTCF共定位的轉錄因子，鑒定出大量與CTCF存在高共定位率的新轉錄因子，并選取了轉錄因子BHLHE40進行后續的功能驗證，發現BHLHE40可以調控CTCF在基因組上的結合，進而影響其介導的遠距離染色質
研究揭示染色質修飾調控植物基因表達新機制
8月6日，中國科學院分子植物科學卓越創新中心/植物生理生態研究所植物逆境生物學研究中心植物分子遺傳國家重點實驗室何躍輝研究組（與劉仁義研究組合作）和杜嘉木研究組（與美國威斯康辛大學鐘雪花研究組合作）在《自然-遺傳學》背靠背分別發表題為Polycomb-mediated gene silencin
詳解牛津納米孔測序儀
?牛津納米孔測序儀在美國人類遺傳學學會年會上公布技術參數 2014年的ASHG年會于10月18日開始在圣地亞哥舉行，有幸親眼目睹了牛津納米孔公司MinIon的現場演示，技術之創新，令人震驚!21日下午，牛津納米孔公司特地在旁邊的Hardrockho舉行了一個小型的封閉式的技術說明會，講解了納米孔的
詳解牛津納米孔測序儀
2014年的ASHG年會于10月18日開始在圣地亞哥舉行，有幸親眼目睹了牛津納米孔公司MinIon的現場演示，技術之創新，令人震驚!21日下午，牛津納米孔公司特地在旁邊的Hardrockho舉行了一個小型的封閉式的技術說明會，講解了納米孔的測試結果。 尺寸 MinION的尺寸之小，大大出乎我的
什么是基因表達調控？基因表達調控有什么意義
意義：1.適應環境、維持生長和增殖：生物體賴以生存的外環境是在不斷變化的，為了生存，所有活細胞都必須對外環境變化作出適當反應，調節代謝，以適應環境變化。生物體適應環境、調節代謝的能力與蛋白質分子的生物學功能有關。而蛋白質的水平又受基因表達的調控。2.維持個體發育與分化：多細胞生物調節基因的表達除為適
國內首個菊花腦基因組測序納米孔測序再發高分論文
菊屬植物種類繁多，又含多種栽培種，兼具觀賞和藥用價值，且染色體組結構從2n=18到8n=72之間，十分復雜，多年來難以攻破。 中藥所所長陳士林研究員、副研究員宋馳博士等利用ONT平臺解析了可能代表栽培菊屬祖先基因組的二倍體菊花腦基因組，分析表明其演化受重復序列爆發和近期WGD事件的驅動，該基因
納米孔測序技術有望顛覆DNA測序市場？
Scott Tighe（左）等研究人員利用MinION設備在南極泰勒谷測序微生物DNA。 “我們能從手機上的殘留物預言誰剛吃了一個橘子或者誰吃了豬肉。”美國紐約威爾康奈爾醫學院計算生物學家Mason表示。你們相信嗎？Christopher Mason有一個喜歡在會議上展示的技巧。通過從志愿者手機
基因表達的調控
轉錄調控可分為三種主要途徑：1）遺傳調控（轉錄因子與靶標基因的直接相互作用）；2）調控轉錄因子與轉錄機制相互作用，3）表觀遺傳調控（影響轉錄的DNA結構的非序列變化）。通過轉錄因子直接調控靶標DNA表達是最簡單和最直接的轉錄調控改變轉錄水平的方法。基因的編碼區周圍通常都具有幾個蛋白質結合位點，具有調
超高分辨直接觀測基因表達的染色質時空調控
生命科學的一個基本問題是在個體發育中，單個細胞如何分化成各種類型的組織細胞。這個過程高度依賴于基因表達的精確時空調控，而這種細胞特異基因表達與染色質的調控密切相關。比如，不同的順式調控原件增強子能夠在不同細胞中選擇性地激活目標基因。每個基因經常由分布在千堿基(kb)甚至兆堿基(Mb)以外的多個增
納米孔測序技術發展簡介
隨著對DNA結構和序列的研究，DNA測序技術不斷發展，成為生命科學研究的核心領域，對生物、化學、電學、生命科學、醫學等領域的技術發展起到巨大的推動作用。利用納米孔研究出新型的快速、準確、低成本、高精度及高通量的DNA測序技術是后人類基因組計劃的熱點之一。 納米孔測序技術發展簡介 納米孔檢測技
納米孔測序聯合光學測繪揭示轉基因植物細節
索爾克的研究人員利用最新的DNA測序技術，在分子水平上研究植物插入新基因后會發生什么。 索爾克的研究人員繪制了具有最高分辨率的轉基因植物系基因組和表觀基因組圖，為了精確地揭示插入一段外源DNA后，在分子水平上會發生什么。他們的研究結果發表在2019年1月15日的PLOS Genetics，闡明
英一公司稱研發出納米孔基因測序技術
早上起來刷個牙，就能順便檢測自己有沒有患癌癥或者老年癡呆的危險。這種便利方式離我們不遠了。英國一家公司首席技術官克萊夫·布朗24日在一次醫學會議上說，借助納米孔基因測序技術，有望很快實現測序儀微型化，從而使它們“無處不在”，持續監測我們的健康狀況。 納米孔基因測序技術采用微
染色質修飾如何調控基因表達？－中國學者提出新見解
中科院分子植物科學卓越創新中心/植物生理生態研究所植物逆境生物學研究中心的研究人員最新發表兩篇Nature Genetics文章，利用生化、分子、遺傳、組學及結構生物學等研究方法，分別揭示了植物特有染色質凝縮蛋白EMF1與含BAH結構域的SHL和EBS形成BAH-EMF1復合體而介導植物基因沉默
基因表達調控主要表現
基因表達調控主要表現在以下幾個方面：①轉錄水平上的調控；②mRNA加工、成熟水平上的調控；③翻譯水平上的調控；
基因表達調控的概念
基因表達調控是生物體內基因表達的調節控制，使細胞中基因表達的過程在時間、空間上處于有序狀態，并對環境條件的變化作出反應的復雜過程。基因表達的調控可在多個層次上進行，包括基因水平、轉錄水平、轉錄后水平、翻譯水平和翻譯后水平的調控。基因表達調控是生物體內細胞分化、形態發生和個體發育的分子基礎。
什么是基因表達調控
分為轉錄水平上的基因表達調控和翻譯水平上的基因表達調控。1.轉錄水平的調控：包括DNA轉錄成RNA時的是否轉錄及轉錄頻率的調控，DNA的序列決定了DNA的空間構型，DNA的空間構型決定了轉錄因子是否可以順利的結合到DNA的調控序列上，比如結合到TATA等序列上。2.翻譯水平的調控：翻譯水平的調控又可
基因表達調控主要表現
基因表達調控主要表現在以下幾個方面:①轉錄水平上的調控;②mRNA加工、成熟水平上的調控;③翻譯水平上的調控;
什么是基因表達調控
意義：1.適應環境、維持生長和增殖：生物體賴以生存的外環境是在不斷變化的，為了生存，所有活細胞都必須對外環境變化作出適當反應，調節代謝，以適應環境變化。生物體適應環境、調節代謝的能力與蛋白質分子的生物學功能有關。而蛋白質的水平又受基因表達的調控。2.維持個體發育與分化：多細胞生物調節基因的表達除為適
納米孔技術有望顛覆DNA測序市場
Christopher Mason有一個喜歡在會議上展示的技巧。通過從志愿者手機上收集的化驗樣本獲取DNA，他和同事能在1個小時內現場進行譜系分析，甚至詳細描述出捐贈者一天的生活細節。“我們能從手機上的殘留物預言誰剛吃了一個橘子或者誰吃了豬肉。”美國紐約威爾康奈爾醫學院計算生物學家Mason表示
－Oxford－Nanopore：納米孔測序儀開放試用
在上個月的美國人類遺傳學協會年會上，英國Oxford Nanopore Technologies公司宣布將啟動MinION測序儀的試用計劃。這次，它果然沒有食言。MinION試用計劃于11月25日啟動，將延續到2014年初，具體截止日期未定。 根據這項試用計劃，參與者須支付1,000美
Nature－Methods：納米孔測序儀潛力無限
來自英國Oxford Nanopore公司的MinION是第一臺商業化的納米孔測序儀。它在帶來無限希望的同時，也承受著高錯誤率的質疑。英國伯明翰大學的Nicholas J. Loman和愛丁堡大學的Mick Watson在最新一期的《Nature Methods》上撰文，稱新開發的工具讓納米孔測
納米孔測序儀真機現身ASHG
英國Oxford Nanopore Technologies公司在年初的基因組生物學技術進展年會(AGBT)上發布了一款便攜式的基因組測序儀MinION，性能強勁，價格給力，引發市場轟動。然而，大半年過去了，納米孔測序儀卻遲遲不見蹤影，連更早發布的GridION也未上市。于是，生物界開始議論
納米孔測序的過去、現在和將來
縱觀測序技術的發展歷程，沒有哪一個技術像納米孔測序那樣慢熱，但也沒有哪一個技術像納米孔測序這么接近普羅大眾。將單鏈DNA拉過蛋白孔，檢測堿基穿過時電導的微小改變，納米孔測序的這一基礎理念已經有十幾年歷史了。 1996年哈佛大學的DanielBranton、加州大學的DavidDeamer及其同
擬南芥基因組加倍導致的三維染色質結構及基因表達調控
6月11日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）雜志在線發表了中國科學院分子植物科學卓越創新中心/植物生理生態研究所植物分子遺傳國家重點實驗室方玉達研究組題為The effects of Arabidopsis genome duplication on the chro
納米孔測序儀首次于失重環境下完成測序實驗
科學家們在失重環境下進行實驗，首次證實掌上測序儀MinION可以在太空中使用。 Johns Hopkins大學的遺傳學家Andrew Feinberg和Lindsay Rizzardi登上了NASA的低重力飛機，在模擬的失重環境下完成了遺傳學實驗。“我非常享受這種體驗，感覺就像置身天堂，”Fe
基因表達調控的主要表現
基因表達調控主要表現在以下幾個方面：①轉錄水平上的調控；②mRNA加工、成熟水平上的調控；③翻譯水平上的調控；