三次飛躍！半年攻克千個細胞HiC建庫大關！
降低建庫起始量一直都是安諾Hi-C產品的研發重點之一，2019年以來，安諾三維基因組學研發團隊披荊斬棘、堅持不懈，用半年的時間攻克了千個細胞Hi-C建庫大關，實現了降低Hi-C建庫起始量的三次飛躍，成功將Hi-C建庫起始量由500萬個細胞逐漸降低至1千個細胞，率先實現了微量細胞樣本Hi-C建庫的產業化服務。 樣本要求 樣本類型：細胞（人、鼠或其他物種） 建庫起始量：1千個交聯細胞樣本/文庫 測序平臺：Illumina HiSeq X Ten，PE150 文庫質控 對10多例人和小鼠的細胞樣本進行了穩定性測試，評估結果顯示，人細胞樣本的文庫Interaction Rate均在85%以上，小鼠細胞樣本的文庫Interaction Rate均在80%以上，部分樣本文庫質控結果如下（小數據測試結果）。 人細胞樣本Hi-C文庫質控結果： 小鼠細胞樣本Hi-C文庫質控結果： cis/trans interaction比......閱讀全文
三次飛躍！半年攻克千個細胞HiC建庫大關！
降低建庫起始量一直都是安諾Hi-C產品的研發重點之一，2019年以來，安諾三維基因組學研發團隊披荊斬棘、堅持不懈，用半年的時間攻克了千個細胞Hi-C建庫大關，實現了降低Hi-C建庫起始量的三次飛躍，成功將Hi-C建庫起始量由500萬個細胞逐漸降低至1千個細胞，率先實現了微量細胞樣本Hi-C建庫的
解析腫瘤HiC多組學研究策略
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整個細胞核為研究對象，利用高通量測序技術，結合生物信息分析方法，研究全基因組范圍內整個染色質DNA在空間位置上的關系，獲得高分辨率的染色質調控元件相互作用圖譜。Hi-C可以與RNA-S
僅需10萬個細胞！“升級版”HiC技術，大大降低建庫門檻
作為遺傳物質的載體，染色體在細胞中并不是隨機分布的。近年來，越來越多的研究開始關注染色體的空間結構。大量證據表明，染色體構象與基因表達、DNA復制、DNA損傷修復以及基因組的穩定性密切相關。 Hi-C是近年發展起來的三維基因組學研究利器，由高通量測序技術（High-throughput seq
三維基因組（HiC）技術解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整個細胞核為研究對象，利用高通量測序技術，結合生物信息分析方法，研究全基因組范圍內整個染色質DNA在空間位置上的關系，獲得高分辨率的染色質調控元件相互作用圖譜。Hi-C可以與RNA-Seq
三維基因組（HiC）技術解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整個細胞核為研究對象，利用高通量測序技術，結合生物信息分析方法，研究全基因組范圍內整個染色質DNA在空間位置上的關系，獲得高分辨率的染色質調控元件相互作用圖譜。Hi-C可以與RNA-S
三維基因組（HiC）技術解析
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整個細胞核為研究對象，利用高通量測序技術，結合生物信息分析方法，研究全基因組范圍內整個染色質DNA在空間位置上的關系，獲得高分辨率的染色質調控元件相互作用圖譜。Hi-C可以與RNA-Seq
Nature－Genetics：GWAS和HiC技術解密全新癌癥相關基因
睪丸癌是最常見的年輕男性癌癥。鉑類化療是較為成功的治療手段，但仍有少部分男性對其缺乏反應。一般患者的初次確診年齡在二三十歲，這意味著他們今后的人生不得不忍受長期化療帶來的副作用。 倫敦癌癥研究所（ICR）的科學家們調查了3萬名男性DNA，發現了19種與睪丸癌有關的新基因變異。結合先前鑒定的遺傳
解析腫瘤HiC多組學研究策略，IF≥10+文章不是夢！
Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整個細胞核為研究對象，利用高通量測序技術，結合生物信息分析方法，研究全基因組范圍內整個染色質DNA在空間位置上的關系，獲得高分辨率的染色質調控元件相互作用圖譜。Hi-C可以與RNA-Se
北京基因組所單細胞中識別染色質類染色質拓撲的算法
基因組DNA和組蛋白以特定的形式高度折疊在細胞核中，這一高級結構即三維基因組學，對細胞核內的諸多生命活動至關重要。基于染色質構象捕獲（3C），尤其是高通量技術（Hi-C，ChIA-PET）的發展推動了三維基因組的研究，發現了包括染色質拓撲相關結構域（TAD），染色質環等一系列層次化的結構特征。近
Nature子刊：癌癥基因組三維結構和拷貝數變異關系
來自北京大學生命科學學院，清華-北大生命科學聯合中心等處的研究人員發表了題為“3D genome of multiple myeloma reveals spatial genome disorganization associated with copy number variations”的
英國劍橋大學首次報道DNA真實3D結構
劍橋大學和醫學研究委員會劍橋分子生物學實驗室的研究人員通過單細胞基因組成像技術，將小鼠胚胎干細胞放大了10萬倍，得到了其不同部位DNA組合圖像。 運用單細胞Hi-C 技術（Single-cell Chromosome conformation capture），以整個細胞核為研究對象，利用高通
我國學者利用SMRT、HiC等技術破解大豆Gmax_ZH13基因組
大豆是重要的糧食經濟作物，為人類提供了主要的油料和蛋白資源。大豆起源于中國，古稱“菽”，約在5000年前由其野生種馴化而來，隨后廣泛傳播于世界各地。大豆在引種和改良過程中產生了遺傳瓶頸效應，使來自不同主產區的大豆品種間具有顯著的遺傳變異。目前，我們廣泛采用的大豆參考基因組來源于美國品種“Will
Cell：新技術揭開基因遠距離調控與疾病關系
來自英國Babraham研究所的科學家發現了我們基因組中的結構與常見疾病的內在聯系。利用Babraham研究所開創性的技術，研究結果能夠解釋大量遺傳數據的生物學意義，將DNA序列的微小變化和疾病風險連接起來。發現這些未知的聯系，將為設計新的藥物和未來治療包括類風濕關節炎和其他類型的自身免疫性疾病
Nature－Methods－|－鄭曄開發三維基因組數據高保真模擬新工具
染色體構象捕獲3C（chromosome conformation capture【1】）和Hi-C（high-throughput chromosomeconformation capture【2,3】）測序技術已經逐漸成熟，成為研究遠距離基因調控機制的重要方法。越來越多的學者提出分析Hi-C
Cell：基因組三維結構存在細胞異質性
美國國家癌癥研究所、哈佛大學、馬薩諸塞大學和麻省理工學院聯合開展的一項研究發現，不同細胞和不同等位基因之間的基因組組織結構存在很大差異。這項研究成果于本周發表在《Cell》雜志上。 研究人員利用高通量的染色質構象捕獲（Hi-C）和高通量的熒光原位雜交（hiFISH）光學圖譜繪制來分析人包皮成纖
－Nature：人成纖維細胞中的染色質相互作用
Hi-C是基于“染色體構形捕捉”(稱之為3C，因為三個單詞的首字母都是C)的一項基因組技術，能以沒有偏頗的方式在整個基因組中識別長距離成環相互作用。 Bing Ren及同事為Hi-C數據集建立了一個新穎的分析流程，其分辨率大大提高，使得順式調控元素如增強子和啟動子之間的相互作用可以被確定。
Nature：哺乳動物著床前胚胎染色體三維結構重編程
2017年7月13日，清華大學-北京大學生命科學聯合中心頡偉研究組在《自然》雜志（Nature）上發表了題為《哺乳動物早期胚胎發育過程中染色體三維結構的親本特異重編程》（Allelic reprogramming of 3D chromatin architecture during earl
構建詳細全面的染色體互作圖
染色體構象捕獲（3C）技術正在改變我們對于基因組空間組織構架的理解。然而目前推測染色質相互作用，卻受限于兩個方面的困難：其一是生成高分辨率信號，其二是從多個背景來源中分辨信號。 近期兩項最新的研究報道了這些方面的技術進展，第一篇文章描述了一種高分辨率4C-seq 新型工作流程和計算通道，
兩篇Nature技術文章介紹基因組組織
【摘要】近期兩項最新的研究報道了染色體構象捕獲領域的技術進展，第一篇文章描述了一種高分辨率4C-seq 新型工作流程和計算通道，第二篇則報告一種新策略，能同時消除Hi-C數據中多個背景來源。 染色體構象捕獲（3C）技術正在改變我們對于基因組空間組織構架的理解。然而目前推測染色質相互作用，卻
一種全新腫瘤發生機制：增強子劫持
腫瘤細胞中有著大量的基因組結構變異（Structural Variation/SV），比如基因組的缺失、重復、倒位、異位等。一些很重要的結構變異已被證明和腫瘤的發生息息相關，并被用于腫瘤的分型與預后診斷，成為設計靶向治療藥物的重要依據。然而過去的研究大多數集中在SV介導的融合基因，比如由白血病中
最廣泛的人類基因組相互作用圖譜
最近，英國劍橋Babraham研究所和倫敦Francis Crick研究所的研究人員，開發并使用了一種新的技術，將基因組拼圖中的點連接起來。就像連接點拼圖，需要完成才能看到整幅圖片，研究者的這項分析把稱為啟動子和增強子的調控因子連接起來，并指出了它們在小鼠和人類基因組中長距離內的物理相互作用。確
10月3日《自然》雜志精選
能保持宏觀性質的馬氏體合金 馬氏體轉變是無擴散的、固體到固體的相變，以經常會是非常有用的晶體結構變化為特征。相關應用包括醫學傳感器、環保電冰箱和能量轉換設備。然而，重復的轉變周期會造成“熱滯變”，也會造成永久性損壞。Richard James及同事在本文中報告了由鋅、金和銅組成的一種馬
科學家提出深度學習框架用于發現癌癥中的新突變
全基因組染色質構象捕獲技術（Hi-C技術）已被證明是檢測人類基因組中結構變異（SVs）的一種有效方法。然而，目前能夠使用Hi-C數據進行全范圍檢測SVs的算法一直缺乏。目前的方法只能在不太理想的分辨率下，識別染色體間易位和長距離染色體內SVs（>1 Mb）。美國西北大學范伯格醫學院研究人員基于深
Nature子刊發布最全面的基因組“通訊錄”
啟動子是控制基因開或關的關鍵DNA片段，它們的功能異常與多種疾病有關。科學家們在人類基因組中全面分析了啟動子和增強子的遠距離互作，繪制了迄今為止最全面的啟動子互作圖譜，有助于進一步理解疾病的遺傳學基礎。 這份圖譜記錄了上百萬的啟動子互作。“這就像是一本通訊錄，現在我們知道通訊錄中誰和誰在通話，
基因組的三維結構
摘要： 闡明染色質復雜結構的技術有染色質構象捕獲(chromatin conformation capture, 3C)及更高通量的衍生技術4C、5C，這些提供了長距離的染色質相互作用，但不能擴展到整個染色質相互反應組。在2009年末，兩種新方法的迸發，有望繪出全基因組范圍的相互作用圖譜。
Cell發布突破性染色質檢測技術
來自美國麻省大學醫學院的研究人員開發出了一項新技術，可以提供真核生物基因組的詳細三維（3-D）圖像，這有可能幫助科學家們解答一些有關染色質結構的關鍵問題。在發表于《細胞》（Cell）雜志上的研究論文中，這一稱作為Micro-C的新技術使得研究人員能夠以核小體分辨率來分析染色體折疊，填補了以往一些
彌補ChIPseq缺陷的新工具
來自美國麻省大學醫學院的研究人員開發出了一項新技術，可以提供真核生物基因組的詳細三維（3-D）圖像，這有可能幫助科學家們解答一些有關染色質結構的關鍵問題。在發表于《細胞》（Cell）雜志上的研究論文中，這一稱作為Micro-C的新技術使得研究人員能夠以核小體分辨率來分析染色體折疊，填補了以往一些
Cell發布突破性基因組研究技術
來自美國麻省大學醫學院的研究人員開發出了一項新技術，可以提供真核生物基因組的詳細三維（3-D）圖像，這有可能幫助科學家們解答一些有關染色質結構的關鍵問題。在發表于《細胞》（Cell）雜志上的研究論文中，這一稱作為Micro-C的新技術使得研究人員能夠以核小體分辨率來分析染色體折疊，填補了以往一些
任兵教授Cell－Res:開發新的ChIPseq分析遠程染色質相互作用
生物通報道：近日，加州大學圣地亞哥分校任兵教授帶領的研究小組，在國際知名學術期刊《Cell Research》以Letter to the Editor的形式，在線發表了題為“Mapping of long-range chromatin interactions by proximity li
繪制基因組的“谷歌地圖”
染色體的功能遠不止保持DNA整齊有序。這種基因組DNA和蛋白質組成的復合物有許多不同的結構和構象。這些結構和構象可能會影響周圍基因的表達。在某些構象中，線性DNA中相距較遠的兩個序列可能實際上非常靠近，并影響彼此的活性；而在其他形式中，這兩個序列又可能相距甚遠。 美國麻省理工學院研究生Erez