2013年04月18日《自然》雜志精選
封面故事：非洲腔棘魚基因組已被測序 The African coelacanth genome provides insights into tetrapod evolution 本期封面照片是由Laurent Ballesta在南非的“索德瓦納灣”拍攝的一條非洲腔棘魚和一個潛水員。1938年在南非近海捕撈到一條非洲腔棘魚(Latimeria chalumnae)，當時它引起了國際關注，因為腔棘魚被認為在7000萬年前就滅絕了。現在，它的基因組已被測序。系統發育基因組分析解決了哪種肉鰭魚是陸地脊椎動物關系最近的現存親緣種的這個長期未能解決的問題——它是肺魚，而不是腔棘魚。腔棘魚的蛋白編碼基因在緩慢演化，這也許可以解釋今天的腔棘魚看起來與其3億年前的化石祖先何以相似。對基因和調控元素的變化所做研究，顯示了包括腦和鰭發育、免疫和氮排泄等在內的因素在脊椎動物對陸地生活適應過程中的重要性。 細菌鉀運輸蛋白得到表征 Gatin......閱讀全文
核蛋白基因組指紋技術
Fine Mapping of Genomic Targets of Nuclear Proteins in Cultured CellsAchim Breiling and Valerio OrlandoDulbecco Telethon Institute, Institute of Genet
《科學》：古老蛋白塑造細菌緊湊基因組
該發現可能有助于開發其它標靶Rho的抗生素 ?與人類相比，細菌不攜帶過多的“垃圾DNA”，它們的基因組要“整潔”得多。比如大腸桿菌大約90%的基因組都包含編碼蛋白質的DNA，而人類基因組的90%都是非編碼的“垃圾DNA”。?美國科學家近日研究發現，細菌基因組的這種“整潔”可能要歸功于一種名為R
利用－MS/MS－研究燕麥中表達球蛋白儲存蛋白的基因組鑒定
最近發表在《植物科學前沿》（1）上的一篇論文介紹了一整套表達的球蛋白基因，這些基因編碼燕麥中的主要儲存蛋白及其染色體位置。為了獲取這些信息，研究人員利用串聯質譜法 (MS/MS) 分析分離的球蛋白，以確認種子中的身份和表達。研究人員在燕麥基因組上確定了 32 個球蛋白基因序列；其中，可以確認 RNA
病毒蛋白與基因組RNA－構筑DNA蛋白復合結構多級可控構筑
生物大分子在自然進化中發展出一套獨特的“自下而上”自組裝方式進行各種復合結構的可控裝配，為多功能生物納米材料的加工制備提供了絕佳范例。其中，核酸-蛋白質納米復合體系的可控構筑，不僅將實現生物學上兩種基本組裝模式的有效結合，以提供愈加復雜的生物結構模板，還有助于體內生物大分子相互作用的深入理解，對
張強峰博士Nature解析全基因組蛋白互作
來自美國哥倫比亞大學，同濟大學等處的研究人員發表了題為“Structure-based prediction of proteinCprotein interactions on a genome-wide scale”的文章，提出了一種基于三維結構信息的全基因組蛋白質相互作用計算預測方
PNAS：特殊蛋白質可控制機體“基因組衛士”
近日，發表在國際雜志PNAS上的一篇研究報告中，來自蒙特利爾臨床研究學院的科學家通過研究鑒別出了免疫反應已知機制的一種新的作用亮點，研究人員發現了一種新型特殊蛋白，其可以控制“基因組衛士”—p53腫瘤抑制蛋白的活性。 文章中，研究者對T細胞和B細胞的發育也進行了深入研究，這兩種細胞均是保護機體
抑癌蛋白p53如何與基因組結合？
最近，來自比利時魯汶大學的遺傳學家表明，腫瘤蛋白TP53知道應該結合到我們DNA上的哪個確切位置，來防止癌癥。一旦與這個特定的DNA序列結合，這個蛋白質就可以激活正確的基因來修復受損的細胞。相關研究結果發表在國際著名期刊《Genome Research》。 體內所有的細胞都有相同的DNA，但是
Nat－Rev－Cancer綜述：腫瘤蛋白質基因組學
導 讀? ? ? ?腫瘤蛋白質基因組學（Cancer proteogenomics）是將基于質譜（MS）的蛋白質豐度和翻譯后修飾（PTM）信息與臨床前腫瘤模型和腫瘤樣本的基因組、表觀基因組和轉錄組數據相結合的組學技術。基因組學和表觀基因組學為解釋可能發生的生物過程提供了基礎知識，蛋白質組學是對已經發
《科學》雜志精選：人類基因組蛋白產物仍是謎
幾近完成的普通小麥基因組測序 研究人員已經展示了普通小麥基因組的序列草圖，從而在通往創制世界上種植最廣泛谷物作物之一的完整參考序列的道路上到達了一個主要的里程碑。他們的工作給了科學家們一個可在小麥個體染色體上快速定位特定基因的工具，這一資源可幫助他們改良小麥育種以滿足從未有過的對食物的更高需求
蛋白質組學之逆襲，深度注釋基因組
申請課題缺創新點？撰寫論文沒思路？急著畢業時間緊？別怕，對于吉凱，一切都是套路！更有甚者，對于宇宙終極難題：“屌絲如何逆襲白富美？”老司機黃博也有一套經典案例分享給大家。 從前，在生物學研究領域，有一個白富美叫基因組學（Genomics），她有一項強大的技能：DNA測序，憑借這項技能，她完
蛋白質、基因組與人類疾病有了關聯圖
據《科學》雜志近日發表的一項最新研究，研究人員將人體血液中的數千種蛋白質數據與遺傳數據相結合，繪出了蛋白質、基因組與人類疾病的網絡關系圖，顯示了影響這些蛋白質的遺傳差異如何將多種多樣的相關疾病聯系在一起。通過創建基因組蛋白質組圖，科學家們發現了不同人類疾病之間的數百種新聯系。 蛋白質故障會導
蛋白基因組學研究揭示肝癌發生和發展機制
慢性乙肝病毒（hepatitis B virus，HBV）感染是導致我國肝癌發生的最主要原因，約85%的肝癌患者攜帶HBV感染標志。肝癌的發生發展是一個非常復雜的生物學過程，受到機體的系統性調控，基因突變會對HBV相關肝癌的表型產生怎樣的影響，目前這方面的研究報道較少，亟待深入探究。同時，新藥研
蛋白質、基因組與人類疾病有了關聯圖
據《科學》雜志近日發表的一項最新研究，研究人員將人體血液中的數千種蛋白質數據與遺傳數據相結合，繪出了蛋白質、基因組與人類疾病的網絡關系圖，顯示了影響這些蛋白質的遺傳差異如何將多種多樣的相關疾病聯系在一起。 通過創建基因組蛋白質組圖，科學家們發現了不同人類疾病之間的數百種新聯系。 蛋白質故障會
蛋白基因組學助力挖掘結腸癌治療新思路
原文： Proteogenomic Analysis of Human Colon Cancer Reveals New Therapeutic Opportunities 原文鏈接： https://www.sciencedirect.com/science/article/
蛋白質組學不能被基因組和轉錄組取代
基因和蛋白并不存在嚴格的線性關系ORF并不預示一定存在相應的功能性基因mRNA水平并非與蛋白質的表達水平對應翻譯后修飾及同工蛋白質（isforms)等現象在基因水平無從表現
蛋白質組學之逆襲：深度注釋基因組（三）
人類尚未充分認識復雜的癌癥基因組是如何轉化為導致復發和死亡的驅動生物學的，將蛋白質組學與基因組學結合在一起能夠讓我們獲得對癌癥的新認識，同時提供一種有價值的資源以便科學界能夠用來提出關于這些疾病的新假設，以及治療它的手段。蛋白質基因組學終有一天會被證明是一種強大的臨床工具，使得人類能夠橫跨癌癥基因組
研究揭示核纖層蛋白塑造三維基因組空間秩序機制
核纖層是緊貼內核膜內側的蛋白網狀結構，主要由核纖層蛋白（lamins）及其結合蛋白構成。人類的lamins在發育、衰老及疾病過程中扮演關鍵角色，分為由LMNA基因編碼的A型和分別由LMNB1和LMNB2編碼的B型。目前，在LMNA基因中已鑒定出超600種致病突變，這些突變可導致兒童早衰癥、擴張型心肌
Science：利用宏基因組數據預測之前未知的蛋白結構
根據一項新的研究，從多種環境中收集的DNA序列數據有助研究人員構建出600多種蛋白家族的三維結構模型，而在此之前，它們的結構是未知的。這些宏基因組數據能夠讓人們在多種物種之間進行蛋白序列比較，從而允許利用統計學力量預測這些之前不可能預測的蛋白結構。相關研究結果發表在2017年1月20日那期Sci
蛋白質組學之逆襲：深度注釋基因組（二）
針對一些乳腺癌亞型和攜帶常見突變如PIK3CA和TP53突變的腫瘤，分析結果揭示出了一些新的蛋白質標記物和信號通路。另外將一些基因中的拷貝數改變與蛋白質水平聯系一起，從而鑒別出了10個新的候選調控因子。其中兩個候選基因SKP1和 CETN3可能與癌基因EGFR有關聯。EGFR是一種特別具有侵
科學家繪制小細胞肺癌蛋白基因組學圖譜
肺癌是全球癌癥致死的首位原因，而小細胞肺癌約占肺癌總數的15%，是所有肺癌亞型中惡性程度最高、預后最差的亞型，5年生存率僅為5%。與非小細胞肺癌形成鮮明對比，小細胞肺癌的治療手段單一，患者總生存率低。分子表征與組學研究不足，限制了小細胞肺癌的基礎研究和臨床進展，迄今為止，僅有少量針對小細胞肺癌臨
蛋白質組學之逆襲：深度注釋基因組（一）
申請課題缺創新點？撰寫論文沒思路？急著畢業時間緊？別怕，對于吉凱，一切都是套路！更有甚者，對于宇宙終極難題：“屌絲如何逆襲白富美？”老司機黃博也有一套經典案例分享給大家。從前，在生物學研究領域，有一個白富美叫基因組學（Genomics），她有一項強大的技能：DNA測序，憑借這項技能，她完成了對多種物
蛋白基因組學助力挖掘結腸癌治療新思路
2019年5月2日，Cell雜志報道了美國休斯敦貝勒醫學院研究人員利用基因、轉錄、蛋白及翻譯后修飾等多組學技術，對結腸癌/癌旁組織進行了系統、全面的分析，整合多組學結果為后續癌癥治療方案提供了新思路，同時也為生物標志物篩選、藥物靶點、分子分型等研究工作奠定理論基礎。實驗背景結腸癌是世界上死亡率排名第
科學家繪制小細胞肺癌蛋白基因組學圖譜
肺癌是全球癌癥致死的首位原因，而小細胞肺癌約占肺癌總數的15%，是所有肺癌亞型中惡性程度最高、預后最差的亞型，5年生存率僅為5%。與非小細胞肺癌形成鮮明對比，小細胞肺癌的治療手段單一，患者總生存率低。分子表征與組學研究不足，限制了小細胞肺癌的基礎研究和臨床進展，迄今為止，僅有少量針對小細胞肺癌臨床樣
《基因組蛋白質組與生物信息學報》：蛋白質組學技術面臨
《基因組蛋白質組與生物信息學報》：蛋白質組學技術面臨挑戰 2003年4月人類基因組圖譜基本繪制完成，但對基因的調節與功能問題仍未能解讀。由于基因的功能主要是通過其編碼的蛋白質來實現，蛋白質才是生命活動真正的執行者，所以越來越多的科學家致力于蛋白質的研究，試圖找出人類疾病的致病機理，最終解決人類
日科學家發現可抑制基因組損傷的蛋白質
日本科學家發表于最新一期《自然》雜志網絡版的論文說，他們經動物實驗發現，人類以及許多動物體內都有的Zuc蛋白質在抑制轉位子造成的基因組損傷過程中發揮著重要作用，這項研究成果將有助于解開不孕癥發病的機制。 日本科學技術振興機構和東京大學15日聯合發表新聞公報介紹了上述成果。公報說，動物基因組
Cell子刊：人類基因組復制的蛋白全景圖
復制體是一種重要的蛋白復合體，是機體內的DNA復制機器。現在，科學家們利用新技術，對參與DNA復制的蛋白進行了綜合分析，解析了復制體的具體成分。文章發表在Cell旗下的Cell Reports雜志上。 DNA復制是細胞分裂前的必要步驟，也是絕大多數化療藥物的作用靶標，這些藥物通過破壞D
蛋白質結構在結構基因組學中的應用介紹
已經測定了釀酒酵母（Saccharomyces cereuisiae）、線蟲（Caenorhabditis elegans）、果蠅（Drosophilamelanogaster）、擬南芥（Arabidopsis thaliana）等模式生物的基因組序列.。特別值得一提的是，隨著人類基因310福建
真核基因組的中度重復順序—組蛋白基因的基本介紹
組蛋白基因在各種生物體內重復的次數不一樣，但都在中度重復的范圍內。通常每種組蛋白的基因在同一種生物中拷貝數是相同的。雞的基因組中組蛋白基因有10個拷貝，在哺乳動物中為20拷貝，非洲爪蟾為40拷貝，而海膽的每種組蛋白的基因達300-600拷貝。不同生物中組蛋白基因在基因組中的排列不一樣，組蛋白基因
Nature：通過全球宏基因組分析，將已知的蛋白家族數量翻倍
想象一下，科學家們用手電筒探索一個黑暗的房間，卻只能清楚地辨認出光束范圍內的東西。說到微生物群落，他們歷來無法看到光束之外的東西---更糟糕的是，他們甚至不知道這個房間有多大。 在一項新的研究中，來自美國勞倫斯伯克利國家實驗室和加州大學伯克利分校等研究機構的研究人員通過研究微生物群落中的蛋白功
我國科研人員繪制小細胞肺癌蛋白基因組學圖譜
肺癌是全球癌癥致死的首位原因，而小細胞肺癌約占肺癌總數的15%，是所有肺癌亞型中惡性程度最高、預后最差的亞型，5年生存率僅為5%。與非小細胞肺癌形成鮮明對比，小細胞肺癌的治療手段單一，患者總生存率低。分子表征與組學研究不足，限制了小細胞肺癌的基礎研究和臨床進展，迄今為止，僅有少量針對小細胞肺癌臨