首個草魚腸道微生物基因目錄構建
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/515836.shtm10日，記者從中國農業科學院獲悉，該院飼料研究所水產微生物與飼料創新團隊成功構建了首個草魚腸道微生物基因目錄。該成果日前發表于國際期刊《微生物組》。腸道菌群在魚類的新陳代謝過程和免疫系統運作中扮演著關鍵角色，但目前對于魚類腸道微生物基因組的認知仍然相當有限。 “研究團隊運用了宏基因組學技術，成功構建了包含57.6萬個基因的非冗余草魚腸道微生物基因目錄，并對這些基因進行了詳盡分類與功能注解。這一成果為我們深入理解魚類腸道微生物的復雜生態系統提供了工具。”論文共同通訊作者、中國農業科學院飼料研究所研究員周志剛告訴科技日報記者。 草魚的微生物基因目錄注釋和腸道微生物群的結構及功能特征。研究進一步解析了草魚腸道微生物組的主要互作模式和功能特征。“我們發現草魚腸道微生物存在兩個功能群。這兩個功能群在生態學上呈......閱讀全文
首個草魚腸道微生物基因目錄構建
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/515836.shtm10日，記者從中國農業科學院獲悉，該院飼料研究所水產微生物與飼料創新團隊成功構建了首個草魚腸道微生物基因目錄。該成果日前發表于國際期刊《微生物組》。腸道菌群在魚類的新陳代謝過程和免疫系
首個草魚腸道微生物基因目錄構建成功
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516186.shtm近日，中國農業科學院飼料研究所水產微生物與飼料創新團隊構建了首個草魚腸道微生物基因目錄，并解析了草魚腸道微生物組的主要互作模式和功能特征，為魚類腸道菌群調控提供了理論基礎。相關研究成果
草魚全基因組序列圖譜繪制完成
近日，記者從中國科學院水生生物研究所獲悉，該所魚類功能基因組學學科組負責的草魚全基因組序列圖譜繪制完成。該成果由水生生物研究所、中國科學院國家基因研究中心和中山大學等機構合作完成，相關研究成果于5月4日在線發表于《自然—遺傳學》雜志。 據該所研究員汪亞平介紹，該研究采用鳥槍法測序策略，分別對一
迄今最久微生物基因組草圖出爐
英國《自然》雜志日前在線發表的一項演化學研究報告，近乎完整地構建出了一種口腔細菌的基因組，這個有48000年歷史的微生物的基因組，是迄今為止歷史最悠久的微生物基因組草圖，研究同時揭示了尼安德特人的飲食結構。 尼安德特人的DNA序列和現代人類的DNA序列非常相似。他們是現代歐洲人祖先的近親，從1
華大基因完成腸道微生物基因組關聯分析
從物種、功能及生態群落上展示腸道微生物與結直腸腺瘤及結直腸癌的關聯特征，這是深圳華大基因研究院、奧地利因斯布魯克醫科大學、奧本多夫醫院、丹麥哥本哈根大學、華南理工大學等多家單位最新的聯合取得的科研進展。3月11日，國際學術期刊《自然通訊》雜志發表了這項研究成果。該研究對結直腸腺瘤、結直腸癌的早期
華大基因參與全球最大微生物基因組研究項目
華大基因3月22日宣布將參與全球最大微生物基因組研究項目EarthMicrobiomeProject(簡稱“EMP”)，將負責EMP亞洲地區所有樣本的收集和鑒定，并對整個項目提供DNA提取、擴增、建庫、宏基因組測序，以及研發生物信息學分析流程所需的計算資源。 EMP將對來自全球的20萬個樣本進
宏基因組如何指導微生物分離培養
近日，中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所奶產品質量與風險評估科技創新團隊受邀撰寫綜述文章，闡述了宏基因組指導未培養微生物分離培養的機遇與挑戰，系統總結了基于宏基因組分離培養未培養微生物的方法。相關綜述文章發表在《微生物》（Microbiome）。 隨著宏基因組測序技
宏基因組如何指導微生物分離培養
近日，中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所奶產品質量與風險評估科技創新團隊受邀撰寫綜述文章，闡述了宏基因組指導未培養微生物分離培養的機遇與挑戰，系統總結了基于宏基因組分離培養未培養微生物的方法。相關綜述文章發表在《微生物》（Microbiome）。 隨著宏基因組測序技
微生物所發表中國微生物組數據平臺
10月26日，《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在線發表中國科學院微生物研究所微生物資源與大數據中心、世界微生物數據中心馬俊才團隊題為gcMeta: a Global Catalogueof Metagenomics platform to support the ar
全球微生物模式基因組測序計劃獲進展
近日，《核酸研究》（Nucleic AcidsResearch）在線發表了國家微生物科學數據中心（中國科學院微生物研究所微生物資源與大數據中心、世界微生物數據中心）關于全球模式微生物基因組數據庫gcType的論文。gcType是由我國牽頭的全球模式微生物基因組測序計劃的重要成果。 模式菌株（t
微生物所等發表植物基因組編輯研究綜述
序列特異性核酸酶使得基因組編輯成為可能，快速推動了基礎和應用生物學的發展。CRISPR-Cas9系統自出現以來，作為可轉化植物的基因組編輯工具已得到廣泛應用。CRISPR-Cas9對基因組靶位點進行定向切割，造成DNA雙鏈斷裂。DNA雙鏈斷裂主要通過兩種高度保守的機制進行修復，即非同源末端連接(
研究人員構建人類陰道微生物基因組庫
6月21日，深圳市寶安中醫院（集團）副院長黃鏈莎、轉化醫學中心助理研究員孫文與大連醫科大學副教授鄢秋龍等課題組的最新合作成果發表于《自然—微生物學》。人類女性陰道是一個包括細菌、真菌和病毒在內的復雜微生態系統，各微生物之間是相互制約、相互作用、相互依賴、對立統一的關系，其間的平衡關乎女性生殖健康及胎
宏基因組學：查明微生物身份新手段
背景 《美國醫學會雜志》(JAMA)近期刊發了一篇題為《利用不需培養的宏基因組學測序技術研究產志賀毒素大腸桿菌O104∶H4暴發株》的研究論文，引起了學界和社會的廣泛關注。這篇論文中應用了一種稱為“宏基因組學”的技術方法，不通過培養，直接從病人樣品中檢測分析其攜帶的病原微生物，甚至可以
口腔、腸道微生物菌群元基因組關聯分析
2015年7月28日，北京協和醫院和華大基因等機構的研究人員共同合作完成了類風濕關節炎（RA）口腔和腸道微生物元基因組研究。本項研究揭示口腔和腸道微生物菌群異常是RA病理生理和疾控的重要環節，并且為元基因組學輔助的RA個性化診療方案提供基礎。研究成果于今日發表在《自然醫學》雜志。 RA是一種致
“萬種微生物基因組計劃”在深圳啟動
由深圳華大基因研究院聯合中國微生物領域頂尖研究機構、院校和企業組成的“萬種微生物基因計劃”，八月一日在深圳啟動。 據悉，該計劃是深圳華大基因研究院在“國際千人基因組計劃”后啟動的又一重大基因組計劃，目前該計劃的地位為亞洲第一、世界第三。 該計劃預計在三年內完成一萬種微生物物種全基因組
微生物宏基因組測序可以解釋地球氮循環？
微生物（細菌和古細等）是全球生物地球化學循環的重要驅動者。闡明微生物生物地理分布及其驅動過程對于預測環境變化將如何影響生物地球化學循環非常重要。以往微生物生物地理學的研究常常聚焦在物種的層面。然而，越來越多的研究表明，由于微生物群落固有的功能冗余性，微生物群落的功能變化通常與其物種組成變化是解耦
Cell重磅發布15萬人體微生物基因組！－揭示微生物新物種
微生物宏基因組是當今世界最熱門的科研領域之一。越來越多的研究表明，人體微生物發揮著重要的健康作用，但大部分多樣性仍未得到充分探索，尤其是在除腸道以外的身體部位及非西方人群。 在今日發表在Cell期刊的一項研究中，由意大利特倫托大學Nicola Segata領導的研究團隊利用來自不同地理位置、生
青藏高原水生微生物基因組和基因目錄初步建立
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/2/517774.shtm 中國科研人員搜集來自青藏高原濕地、淡水湖、鹽水湖、河流、溫泉和冰川等六種水生生態系統的498個水體環境DNA樣本，并進行宏基因組測序，初步建立了青藏高原水生微生物基因組和基因目錄
趙立平專訪：人類微生物組研究，解密人體第二基因組
2007年12月美國《科學》雜志預測：人體共生微生物的研究將可能是國際科學研究在2008年取得突破的7個重要領域之一。就如何研究共生微生物與人體健康的關系等問題，4月剛剛出席了巴黎國際人類微生物組研究聯盟籌委會會議的上海交通大學生命科學技術學院教授趙立平接受了《科學時報》的采訪。 深圳華大基因
Cell：微生物組的確影響免疫
麻省總醫院MGH、Broad研究所與荷蘭的兩家醫學研究中心在Cell雜志上發表了人類功能基因組計劃（HFGP）的重要研究成果。他們通過三項研究揭示了基因、微生物組和環境對免疫應答的影響。 人類消化道中居住著大量的微生物，它們被統稱為腸道微生物組。腸道微生物組在人類代謝食物、抵御感染和應答藥物等
Nature：揭秘地球微生物組計劃
地球微生物組計劃（Earth Microbiome Project）的目標是盡可能多地對地球微生物群落進行取樣，以便促進人們對微生物及其與包括植物、動物和人類在內的環境之間的關系的理解。這一任務需要來自世界各地的科學家的幫助。到目前為止，這一計劃已覆蓋了從北極到南極的七大洲和43個國家，而且有超
Nature聚焦微生物組的家
人體內充滿了微小的微生物，這些成百上千的細菌物種被統稱為微生物組(microbiome)，人們認為它們有助于人體的健康與生存。胃腸道，尤其是結腸是最高密度和最高多樣性細菌物種的家園。然而由于食物和流體的通過，這一系統不斷發生變化，這些生物體是如何能夠存留于其中并旺盛生長的呢? 由加州理工大
國際人類微生物組聯盟啟動
經過近3年的醞釀和籌備，以解析人類共生微生物與健康關系為目標的國際人類微生物組聯盟(IHMC)近日在德國海德堡宣布成立。來自美國國立衛生研究院(NIH)、歐盟委員會，以及中國、日本等9個國家的科學家出席成立大會并交流了各自的計劃和進展。 基因與環境相互作用決定人體健康，目前大量的研究都集中在分析人
Cell：微生物組的確影響免疫
麻省總醫院MGH、Broad研究所與荷蘭的兩家醫學研究中心在Cell雜志上發表了人類功能基因組計劃（HFGP）的重要研究成果。他們通過三項研究揭示了基因、微生物組和環境對免疫應答的影響。人類消化道中居住著大量的微生物，它們被統稱為腸道微生物組。腸道微生物組在人類代謝食物、抵御感染和應答藥物等過程中起
只有基因組會決定你對藥物的反應嗎？微生物組也會
特殊微生物或酶的存在也許能夠解釋為什么某些治療對特定人群不奏效。 在追尋個性化治療的過程中，多數研究者關注的是個體的基因組如何控制機體對藥物的應答。然而，越來越多的證據表明個體獨特的微生物組，即存在于人體內的細菌及其他微生物種群，也許是決定藥物在個體條件下能否起效的關鍵。 抗癌藥對每個人的作
魚類腸道微生物群落調控機制研究上取得重要進展
日前，珠江水產研究所養殖與營養研究室謝駿研究員團隊在草魚腸道微生物群落調控機制上取得重要進展，研究成果發表系列SCI論文。 養殖魚類對營養物質消化吸收是以腸道微生物群落穩態為前提，腸道微生物群落失調將直接影響魚類對飼料的利用效率，急劇加重養殖水體污染負擔。魚類腸道微生物群落失調已成為影響魚類健
美推出國家微生物組計劃
美國政府日前發起一項新的努力，研究在人體和整個生態系統中茁壯成長的數量巨大且大部分不可見的微生物組，旨在推進對微生物世界的認知，從而在衛生保健、食品生產和環境恢復等領域有所應用。 白宮發表的一份聲明指出，多年來，美國政府一直在微生物組領域投資，且近年來力度不斷增加。2014財年的聯邦投資是20
人類微生物組影響健康機制揭秘
英國《自然》雜志8月31日發表的一篇生物學論文稱，美國科學家發現，腸道菌群會產生名為N-酰基酰胺的小型有機復合物，它們與受體相互作用，參與人體生理的包括免疫等各方面活動，而這正是人類微生物組影響生理健康的背后機制。 科學家已經意識到，人類基因組并不能完全解釋人類疾病與健康的關鍵問題，因為人類對
微生物組研究：關乎人類的未來
當人類第一次認識到微生物的存在時，并不知道這種個頭微小的生命體是地球生態系統的基石、關系人類健康的重要因素——它不僅將極大地幫助人類克服當今所面臨的生存挑戰，還能提供人類未來生存之道。如今，人類基因組的神秘面紗已漸漸揭開，微生物組又成為各國生命科學競爭的焦點，紛紛啟動微生物組研究計劃。科學家們呼吁，
Nat－Commun：微生物組的可靠“時鐘”
盡管人類微生物組在過去幾年中受到了人們的廣泛關注，但一直以來難以觀察其在各種刺激下隨時間變化的情況。最常見的分析方法是從糞便樣本中提取細菌，然后對它們的基因組進行測序，但是這種方法會丟失腸道中細菌的位置和時間等關鍵信息。 如今，來自哈佛大學的研究人員創建的一種新工具提供了解決此問題的方法，他們