美國轉化基因組研究院(TGen)的研究人員通過全基因組測序,在轉移性三陰性乳腺癌(TNBC)中發現了之前未曾報道過的突變。這篇文章發表在近期的《Molecular Cancer Therapeutics》上。
三陰性乳腺癌是指雌激素受體(ER)、孕激素受體(PR)和人表皮生長因子受體(HER2)均呈陰性的一種特殊類型乳腺癌。在西方人群中,三陰性乳腺癌占全部乳腺癌的10%-15%,尤以非洲裔人群多見。來自亞洲的報告顯示,三陰性乳腺癌發病率為7%-19%,與白種人相差不多。這種疾病本身具有較高的侵襲性,術后復發轉移風險高,且缺乏內分泌治療,抗HER2靶向治療的機會。
領導這一研究的是TGen的高級研究員、綜合癌癥基因組學部主任John Carpten。近年來,Carpten博士領導的研究小組利用新一代測序技術,對多個腫瘤開展了深入的基因組學圖譜分析,包括前列腺癌、鼻咽癌、三陰性乳腺癌和結腸癌等。在這項研究中,Life Technologies公司也給予了支持。
研究小組利用Life Tech的SOLiD 4平臺對來自不同族裔的轉移性TNBC患者的14個腫瘤樣本進行了分析,在十幾個基因中發現了明顯的突變及其他改變。這些腫瘤中突變最頻繁的基因是 TP53腫瘤抑制基因,14個腫瘤中的7個有突變。而在兩名非洲裔美國人身上,也檢測到另一個腫瘤抑制基因CTNNA1的異常。ERBB4基因也有改變,此基因參與了懷孕和哺乳期間的乳腺腺體成熟,但之前從未與轉移性TNBC相關聯。
研究還包含了“異常值分析”,評估了每個腫瘤的表達模式,并與研究中的其他腫瘤進行比較。在研究的隊列人群中過表達的癌基因有:ALK, AR, ARAF, BRAF, FGFR2, GLI1, GLI2, HRAS, HSP90AA1, KRAS, MET, NOTCH2, NOTCH3和SHH。表達明顯降低的癌基因有:BRCA1, BRCA2, CDKN2A, CTNNA1, DKK1, FBXW7, NF1, PTEN和SFN。
每個腫瘤在基因組上都是獨特的,但在14個腫瘤中,有9個都包含了特定細胞通路的改變:RAS/RAF/MEK/ERK和PI3K/AKT/MTOR,有的是一條改變,有的是兩條都改變。
作者認為,轉移性TNBC的全基因組和轉錄組分析讓人們深入了解了這種癌癥的體細胞事件。這些基因組數據有望指導患者參與研究性的治療試驗,并為未來試驗提供假設。
Life Technologies公司的首席醫療官Paul Billings博士表示:“研究強調了基因組測序在改善癌癥治療上的潛在臨床價值。我們希望在不遠的將來,更多患者和醫生能夠用到測序。基因組測序最終將成為腫瘤科醫生的標準工具,讓他們能夠為每位患者度身定制療法。”
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