序列比對之Clustalx與Clustalw使用指南

這幾天實驗需要做多序列比對，很久不做了，一時之間不知道如何使用clustal這個工具了。在網上搜集了一些資料，做個整理，總結了Clustalx和Clustalw的使用，省得以后久不使用又生疏了，又要去整理了，在此分享給大家，希望有所幫助。

1.先提供下載地址：

Clustalx、Clustalw的各種最新版本都能下載到，包括linux、Win、Mac...

2.原理：序列同源性分析：

是將待研究序列加入到一組與之同源，但來自不同物種 的序列中進行多序列同時比較，以確定該序列與其它序列間的同源性大小。這是理論分析方法中最關鍵的一步。完成這一工作必須使用多序列比較算法。常用的程序包有CLUSTAL等;

Clustal是一個單機版的基于漸進比對的多序列比對工具，由Higgins D.G.等開發。有應用于多種操作系統平臺的版本，包括linux版，DOS版的clustlw，clustalx等。

CLUSTAL是一種漸進的比對方法，先將多個序列兩兩比對構建距離矩陣，反應序列之間兩兩關系;然后根據距離矩陣計算產生系統進化 指導樹，對關系密切的序列進行加權;然后從最緊密的兩條序列開始，逐步引入臨近的序列并不斷重新構建比對，直到所有序列都被加入為止。

3.操作

3.1 Clustalx的操作

第一步：輸入序列文件。

第二步：設定比對的一些參數。

參數設定窗口。

第三步：開始序列比對。

第四步：比對完成，選擇保存結果文件的格式

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3.2 Clustalw的使用(一)

第一步：按屏幕提示選擇1，輸入序列文件

注意：請把你需要比對的多條序列合并為一條，放在一個文件中

第二步：選擇保存文件的形式，按提示選擇，你會的!

第三步：參數設置好后，按Enter返回主界面，開始比對!