蛋白質組學常用數據庫一覽

　　一蛋白質數據庫

　　1.UniProt (The Universal Protein Resource)

　　網址：http://www.uniprot.org/

　　http://www.ebi.ac.uk/uniprot/

　　簡介：由EBI(歐洲生物信息研究所)、PIR(蛋白信息資源)和SIB(瑞士生物信息研究所)合作建立而成，提供詳細的蛋白質序列、功能信息，如蛋白質功能描述、結構域結構、轉錄后修飾、修飾位點、變異度、二級結構、三級結構等，同時提供其他數據庫，包括序列數據庫、三維結構數據庫、2-D凝聚電泳數據庫、蛋白質家族數據庫的相應鏈接。

　　2.PIR(Protein Information Resource)

　　網址：http://pir.georgetown.edu/

　　簡介：致力于提供及時的、高質量、最廣泛的注釋，其下的數據庫有iProClass、PIRSF、PIR-PSD、PIR-NREF、UniPort，與90多個生物數據庫(蛋白家族、蛋白質功能、蛋白質網絡、蛋白質互作、基因組等數據庫)存在著交叉應用。

　　3.BRENDA(enzyme database)

　　網址：http://www.brenda-enzymes.org

　　簡介：酶數據庫，提供酶的分類、命名法、生化反應、專一性、結構、細胞定位、提取方法、文獻、應用與改造及相關疾病的數據。

　　4.CORUM(collection of experimentally verified mammalian protein complexes)

　　網址：http://mips.gsf.de/genre/proj/corum/index.html

　　簡介：哺乳動物蛋白復合物數據庫，提供的數據包括蛋白復合物名稱、亞基、功能、相關文獻等。

　　5.CyBase(cyclic protein database)

　　網址：http://research1t.imb.uq.edu.au/cybase

　　簡介：環狀蛋白數據庫，提供環狀蛋白的序列、結構等數據，提供環化蛋白預測服務。

　　6.DB-PABP

　　網址：http://pabp.bcf.ku.edu/DB_PABP/

　　簡介：聚陰離子結合蛋白數據庫。聚陰離子結合蛋白與聚陰離子的互作在胞內定位、運輸、蛋白質折疊等生命過程中起重要作用，此外許多與神經衰退疾病相關的蛋白質均為聚陰離子結合蛋白。該數據庫提供已被鑒定的聚陰離子結合蛋白的數據，與NCBI蛋白數據庫存在交叉應用。

　　7.IUPHAR-DB

　　網址：http://www.iuphar-db.org

　　簡介：G蛋白偶聯受體、離子通道數據庫。提供這些蛋白的基因、功能、結構、配體、表達圖譜、信號轉導機制、多樣性等數據。

　　8.GLIDA

　　網址：http://pharminfo.pharm.kyoto-u.ac.jp/services/glida/

　　簡介：G蛋白偶聯受體-配體數據庫，提供G蛋白偶聯受體-配體互作數據、配體數據、G蛋白偶聯受體數據、同源受體關系網、保守識別區，為新藥發現提供了支持。

　　9.LOCATE

　　網址：http://locate.imb.uq.edu.au/

　　簡介：哺乳動物蛋白質亞細胞定位數據庫

　　10.InterPro

　　網址：http://www.ebi.ac.uk/interpro/

　　簡介：蛋白質綜合數據庫，從大量的數據庫中整合而成的包括蛋白質結構域、蛋白質家族、功能位點等信息的數據庫。

　　11.OKCAM

　　網址：http://okcam.cbi.pku.edu.cn

　　簡介：人體細胞粘附分子數據庫。

　　二蛋白質組數據庫

　　1.GELBANK

　　網址：http://gelbank.anl.gov

　　簡介：提供全基因組的二維凝膠電泳圖譜，搜集了已知基因組信息生物的蛋白質組二維凝膠電泳圖。可通過描述相對分子質量、等電點和蛋白質序列信息進行快速檢索。

　　2.SWISS-2DPAGE

　　網址：http://www.expasy.org/ch2d/

　　簡介：提供人類、小鼠、大腸桿菌、釀酒酵母、盤基網柄菌的2D-PAGE參考圖。

　　3.SysPIMP(Systematical Platform for Identifying Mutated Proteins)

　　網址：http://pimp.starflr.info/

　　簡介：通過質譜技術建立的蛋白質突變數據庫。當蛋白質某一氨基酸殘基發生改變時，其質譜圖也會發生改變，通過蛋白質質譜圖的改變，檢測與疾病相關的突變。

　　4.Sys-BodyFluid

　　網址：http://www.biosino.org/bodyfluid/

　　簡介：人體體液蛋白組研究數據庫。提供人體各種體液的蛋白質組數據，包括血漿/血清、尿液、乳汁、淚、汗液、唾液、骨髓液、腦脊液、胃液等。

　　5.BloodExpress

　　網址：http://hscl.cimr.cam.ac.uk/bloodexpress/

　　簡介：小鼠造血過程基因表達數據庫

　　6.CentrosomeDB(human centrosomal proteins database)

　　網址：http://centrosome.dacya.ucm.es

　　簡介：人體中心體蛋白數據庫

　　7.ConsensusPathDB

　　網址：http://cpdb.molgen.mpg.de

　　簡介：人類功能作用網絡數據庫，與多個數據庫有交叉應用，提供蛋白質互作、生化反應、基因調控等作用網數據。

　　8.Proteome Analysis Database

　　網址：http://www.ebiac.uk.proteome/

　　簡介：蛋白質組分析數據庫

　　9.HPRD(Human Protein Reference Database)

　　網址：http://www.hprd.org/

　　簡介：人體蛋白文獻數據庫

　　10.NOPdb

　　網址：http://www.lamondlab.com/NOPdb3.0/

　　簡介：核仁蛋白組數據庫

　　11.EndoNet

　　網址：http://endonet.bioinf.med.uni-goettingen.de/

　　簡介：細胞通訊網絡數據庫，提供激素、激素受體相關信息

　　三蛋白質互作、蛋白質網絡數據庫

　　1.3DID(3D interacting domains)

　　網址：http://3did.irbbarcelona.org

　　http://gatealoy.pcb.ub.es/3did/

　　簡介：搜集3D結構已知的蛋白質的互作信息，可通過結構域名稱、基序名稱、蛋白質序列、GO編碼、PDB ID、Pfam編碼進行檢索。

　　2.DOMINE

　　網址：http://domine.utdallas.edu

　　簡介：結構域互作數據庫。

　　3.PiSite(Database of Protein interaction sites)

　　網址：http://pisite.hgc.jp

　　簡介：以PDB為基礎，在蛋白質序列中搜尋互作位點。

　　4.Binding MOAD

　　網址：http://www.BindingMOAD.org

　　簡介：致力于提供蛋白質-配體晶體結構數據信息。提供結構已知的蛋白質的相關配體，并附有詳細注釋，同時提供由實驗而得的親和力數據。

　　5.Phospho.ELM

　　網址：http://phospho.elm.eu.org

　　簡介：蛋白質磷酸化位點數據庫

　　6.SuperSite

　　網址：http://bioinformatics.charite.de/supersite

　　簡介：蛋白質中代謝物、藥物結合位點數據庫，提供結合機制、識別機制、保守結合位點等信息。

　　7.STITCH

　　網址：http://stitch.embl.de/

　　簡介：蛋白質-化合物作用網數據庫

　　8.Reactome

　　網址：http://www.reactome.org

　　簡介：人體生命活動路徑與過程數據庫，提供生化過程網絡圖，并對參與其中的蛋白質分子有詳細注解，與其他數據庫如UniPort、KEGG、OMIM等建立了廣泛的交叉應用。

　　9.PID(Pathway Interaction Database)

　　網址：http://pid.nci.nih.gov

　　簡介：由NCI和Nature共同創立，提供已知的人體細胞信號轉導、調節活動及主要細胞生命過的蛋白質路徑網，可通過輸入某個分子名或代謝過程名稱進行查詢。

　　10.UniHI(Unified Human Interactome database)

　　網址：http://www.unihi.org

　　簡介：人體蛋白-蛋白相互作用數據庫，可根據蛋白質名稱、代謝路徑等進行查詢。

　　11.VirHostNet

　　網址：http://pbildb1.univ-lyon1.fr/virhostnet/index.php

　　簡介：病毒-宿主分子互作網數據庫，提供病毒-宿主蛋白質互作信息及這些蛋白質的相關注釋。可通過輸入基因、蛋白質、路徑等關鍵詞進行查詢。

　　12.Bionemo(molecular information on biodegradation metabolism)

　　網址：http://bionemo.bioinfo.cnio.es

　　簡介：搜集與生物降解代謝相關的蛋白質、基因數據，包括蛋白質序列、結構域、結構；基因序列、調控元件、轉錄單元等信息。除此之外還包括生物降解的代謝路徑圖、相關生化反應等。

　　13.PMAP

　　網址：http://www.proteolysis.org

　　簡介：蛋白質水解路徑數據庫

　　四蛋白質三維結構數據庫

　　1.PDB(Protein Data Bank)

　　網址：http://www.rcsb.org/pdb

　　簡介：生物大分子結構數據庫，提供蛋白質、核酸等生物大分子的三維結構數據、序列詳細信息、生化性質等。

　　2. SARST (Structural similarity search Aided by Ramachandran Sequential Transformation)

　　網址：http://sarst.life.nthu.edu.tw/

　　簡介：高效的蛋白質結構比對數據庫

　　五蛋白質基序數據庫

　　1. CDD(Conserved Domain Database)

　　網址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml

　　簡介：蛋白質的功能與其結構密切相關，一個蛋白質的保守結構域在一定程度上體現了該蛋白質的功能。CDD，蛋白質保守結構域數據庫，收集了大量保守結構域序列信息和蛋白質序列信息。檢索者通過CD-Search服務，可獲得蛋白質序列中所含的保守結構域信息，從而分析、預測該蛋白質的功能。

　　2.Blocks

　　網址：http://blocks.fhcrc.org

　　簡介：蛋白家族保守區對比數據庫

　　3.CPDB(database of circular permutation in proteins)

　　網址：http://sarst.life.nthu.edu.tw/cpdb

　　簡介：蛋白質環形序列重組基序數據庫。蛋白質的環形序列重組(Circular permutation, or CP)可看作是原來的N與C端被接在一起，然后在另一處產生新開口。 雖然當前已有很多知名的蛋白質家族被發現有CP成員，而且也有研究指出蛋白質結構資料庫中可能存在著不少CP實例，高效率的CP搜尋工具卻很罕見。CPSARST提供了一套有效的CP搜尋工具。

　　4.MegaMotifbase

　　網址：http://caps.ncbs.res.in/MegaMotifbase/index.html

　　簡介：蛋白質基序家族、超家族數據庫，提供已知基序的3D定位圖、轉角距等數據。

　　5.Minimotif Miner

　　網址：http://mnm.engr.uconn.edu

　　簡介：蛋白質基序檢測數據庫，提供在蛋白質序列中尋找基序的服務。

　　6.Pfam

　　網址：http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam

　　簡介：提供多序列比對服務和并提供共同的蛋白質結構域的隱馬爾可夫模型。

　　六預測類數據庫

　　1.InterPreTS(Interaction Prediction through Tertiary Structure)

　　網址：http://www.russell.embl.de/cgi-bin/interprets2

　　簡介：提供通過三級結構預測蛋白質相互作用的服務，可輸入兩個蛋白質的序列信息進行查詢。

　　2.Predictome

　　網址：http://predictome.bu.edu

　　簡介：預測蛋白質間功能關系的數據庫。這些蛋白質間的關系是基于將3種計算機預測法，即染色體相鄰法、系統發育譜法、結構域融合法應用與44個基因組上而得到的。