轉錄因子(transcription factor，TF)在真核生物的基因表達過程中發揮著重要作用，或調節基因表達的強度，或控制目的基因的時空特異性表達，或應答外界刺激和環境脅迫。近年來，隨著干細胞研究的不斷升溫，人們對轉錄因子的興趣也日益濃厚。同一個基因組，為何最終分化成不同的表型，這正是轉錄因子讓人著迷的地方。
過去，對于轉錄因子的活性檢測，人們常常采用電泳遷移率改變分析(EMSA)。這是一種經典技術，過去通常采用32P放射性同位素標記的DNA顯現實驗結果，需要數天。當然，現在也采用化學發光檢測來取代同位素。不過，EMSA 操作相當繁瑣，整個過程包括了核蛋白的抽提、定量，探針的標記與純化，探針與蛋白質的結合，電泳與顯影等若干步，且每次只能檢測一個轉錄因子。
然而，一種特定的細胞信號通道通常可同時激活多種轉錄因子，一個特定基因的表達在多種轉錄因子的控制之下，因此同時檢測多種轉錄因子的活性對理解細胞調控的分子機制至關重要。這時，EMSA就無能為力了。
為此，美國Signosis 公司推出了TF活性檢測微孔板陣列試劑，可同時檢測多種轉錄因子的活性。該試劑包括I和II，分別可檢測48種和96種不同的轉錄因子，包括NFkB、AP1、HIF1和p53等。
分析的原理如下圖。首先根據轉錄因子DNA，制備一系列針對不同轉錄因子的生物素標記探針。然后將探針混合物與核抽提物混合。各探針與其相應的轉錄因子結合，形成轉錄因子/探針復合物。通過簡單的柱離心純化，保留與轉錄因子結合的探針，去除游離探針。之后洗脫結合的探針，通過板雜交方法確定結合探針的序列以進一步確定對應的轉錄因子。捕獲的DNA探針用鏈酶親和素-HRP檢測。最后利用化學發光檢測儀測定發光強度(RLUs)。
這種方法步驟簡單，無需Luminex等貴重儀器，即可同時測定48或96種轉錄因子的活性，是高通量分析的理想選擇。此外，這種方法還能定量分析和比較兩個樣本的差異。
干細胞的轉錄因子分析
近年來，因醫療方面的前景廣闊，無論是胚胎干細胞，還是誘導多能干細胞，都成為研究的熱點。干細胞能夠自我更新或者分化成多種類型的細胞，這種能力是由細胞信號傳導和轉錄調控所控制的，因此轉錄調控在細胞識別和功能實現過程中起決定作用。干細胞逐步成熟，形成終末分化細胞，需要由重要的轉錄因子適時地激活級聯轉錄程序。
據報道，多種轉錄因子與干細胞的自我更新和多能性有關。分析這些轉錄因子的活性可為干細胞的研究和應用提供有價值的線索。 Signosis公司也專門開發出一種干細胞轉錄因子活性多重檢測陣列試劑，可同時分析哺乳動物樣本中16種干細胞特異的轉錄因子，包括EGR1、 OCT4、FOXD3、FOXO1、Nanog、SOX2、SOX18、ETS、GLI、KLF4、MEF2、Myc、RNUX1、Pax6、 TCF/LEF和GATA。這種方法的原理同上，可利用1000-10000個細胞的全細胞裂解物開展。
啟動子結合的轉錄因子分析
以上介紹的轉錄因子活性檢測方法還可用來確定某一啟動子結合的轉錄因子。傳統上，若要確定與特定啟動子結合的轉錄因子，或通過上游啟動子來調控特定基因表達的轉錄因子，一般采用兩種方法。第一種，也就是上文提到的EMSA。第二種，敲除某個轉錄因子的結合位點，以測定與啟動子連接的報告載體的表達是增加還是減少，這通常需要構建一系列啟動子缺失或突變的報告體，因為一個或多個轉錄因子在啟動子上有多個結合位點。
Signosis公司通過改進的TF檢測微孔板陣列方法來實現啟動子的鑒定。這種方法可檢測48種轉錄因子是否與啟動子結合。
這種試劑其實就是上面介紹的轉錄因子活性檢測微孔板陣列試劑I的競爭法。在結合啟動子的TF微孔板陣列檢測試劑中，將含有感興趣啟動子的PCR片段與一套 48種生物素標記的探針混合，48種探針與待測標本中的48種轉錄因子相對應。如果DNA片段含有轉錄因子結合序列，那么它就與生物素標記的探針競爭與樣本中的轉錄因子結合，不形成或少形成復合物，也就檢測不到或少檢測到轉錄因子。通過競爭質粒或DNA片段存在與否時的比較，即可確定啟動子結合的轉錄因子。
另外，Signosis還提供了一種基于報告基因的多重轉錄因子檢測。它可同時定量檢測24種轉錄因子的活性。該技術構建一系列報告載體，每一種含有一個順式因子和針對一種特異轉錄因子的載體標識序列。當載體作為文庫加入96孔板某一孔中，轉錄因子的激活將使其與相應的載體結合，介導標示序列的表達。細胞裂解物制備后，轉錄成cDNA，再進行實時PCR。通過兩個樣本的比較即可區分轉錄因子的差異。
在這個拼速度、比文章的年代，每次只研究一個轉錄因子顯然不能滿足我們的要求，相信高通量的轉錄因子檢測能為我們帶來更快更好的結果。
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