3000株水稻基因序列公開發表

　　近日，3000株水稻基因組測序文章在GigaScience正式發表，且整套水稻基因序列以可引用形式在該雜志的附屬開放獲取數據庫GigaDB中公開。

　　該項目產生的數據是目前已公開水稻序列數據量的四倍。該成果標志著3000株水稻基因組項目第一階段的完成，主要由中國農業科學院、國際水稻研究所以及華大基因合作開展。

　　由華大基因和生物醫學中心共同創辦的GigaScience是一個開放獲取且數據公開的大數據期刊。“3000株水稻基因組項目”所產出和公開的大量遺傳信息將最終被應用到智能育種實踐中。不同植株間存在自然變異，而了解這些不同性狀發生的遺傳機制，將有助于成功培育出可高度適應不同環境的雜交品種。

　　據悉，上述三家單位的合作不僅公開了13.4TB的數據資源，而且還收集了每株水稻的種子（存放于國際水稻研究所的水稻基因資源庫中）。儲存這些種子對充分利用這些遺傳信息已知的水稻品種來開發和驗證最適合不同環境的雜交株是十分必要的。然而，實現這一目標的另一條件是這一信息可以使研究人員和育種專家直接將遺傳信息（基因型）和不同植株的性狀特征（表型）聯系起來。這需要仔細評估和管理每株水稻的重要農業性狀特征，之后再在可用的基因組序列中與其相應的遺傳標記相關聯。

　　現代育種實踐延續至今，通常依據表觀性狀特征來指導候選植株雜交，并期望雜交后代能夠表現出結合和改良的預期性狀，如抗旱、抗病蟲、產量提高和營養價值增加。然而，當兩個植株進行雜交后，對應的遺傳組成常常使育種學家的期望落空，因為未知的基因相互作用會限制、修飾或改變所選擇的性狀特征的形成。因此，常常需要試驗、發現錯誤和多個連續的育種階段。

　　全面了解一個植物的遺傳組成可以使研究人員鑒定與特定性狀特征相關聯的遺傳標記，更好地了解不同的基因相互作用是如何影響植物的表型的，從而實現更加準確、快速的水稻品種培育。

　　這個過程需要投入大量的精力與人力。因此，這些向全球植物育種學家和科學家免費公開的數據，將極大地推動水稻的基因型/表型之間關聯的研究，同時對加深植物生物學的理解提供了豐富的資源。