北京生科院提出環形RNA全長轉錄本重建和定量新方法
國際學術期刊Genome Medicine 在線發表了中國科學院北京生命科學研究院計算基因組學實驗室趙方慶團隊題為Reconstruction of full-length circular RNAs enables isoform-level quantification 的最新研究成果。該研究提出全新的環形轉錄本重構與定量的方法（CIRI-full），通過環形轉錄本測序中的反向重疊區特征獲得全長序列，既有效解決了環形轉錄本內部結構的重構難題，也為環形轉錄本中不同剪切產物的定量提供了新思路。目前絕大多數環形RNA的功能尚未明確，并且現有方法無法提供足夠充足序列特征信息，該方法可以幫助研究者更有效地篩選出具有潛在功能的環形可變剪接產物，對環形RNA的功能研究與轉錄本水平上的差異表達分析具有重要意義。 在以往的研究中，環形RNA的識別方法主要是利用環形RNA特有結構——反向剪接序列特征進行識別。然而，由于二代測序的讀長普遍較......閱讀全文
北京生科院提出環形RNA全長轉錄本重建和定量新方法
國際學術期刊Genome Medicine 在線發表了中國科學院北京生命科學研究院計算基因組學實驗室趙方慶團隊題為Reconstruction of full-length circular RNAs enables isoform-level quantification 的最新研究成果。該研
趙方慶團隊提出環形RNA轉錄本重建和定量新方法
在以往的研究中，環形RNA的識別方法主要是利用環形RNA特有結構——反向剪接序列特征進行識別。然而，由于二代測序的讀長普遍較短，研究者們雖然可以獲得大量的反向剪接位點，卻無法高通量獲得環形RNA的完整內部結構信息，也無法對不同可變剪接產物進行精確定量。 2018年1月19日，Genome Me
環形RNA與線性RNA定量比較分析新系統CLEAR發布
1月15日，國際學術期刊Genomics,Proteomics & Bioinformatics在線發表了中國科學院－德國馬普計算生物學伙伴研究所楊力研究組關于環形RNA研究的最新進展“CIRCexplorer3: A CLEAR Pipeline for Direct Comparison o
研究開發出高效環形RNA檢測與定量工具
近日，中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）高遠團隊與動物研究所趙方慶團隊，開發出面向TB級轉錄組數據的高效環形RNA檢測與定量工具CIRI3，通過反向剪接序列比對與跨樣本整合算法設計，實現了TB級數據的超高速處理，并可高靈敏識別低豐度及非傳統剪接信號的新型環形RNA，突破了環形RNA大規模
趙方慶團隊開發環形RNA定量和差異表達分析新方法
2020年1月3日，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊在《自然-通訊》（Nature Communications）雜志上發表題為Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform sw
環形RNA獲新研究進展
9月18日，國際著名學術期刊《細胞》在線發表了中科院上海生命科學研究院計算生物學伙伴研究所楊力課題組和生物化學與細胞生物學研究所陳玲玲課題組關于環形RNA研究的最新進展。該研究成果首次闡明了互補序列對外顯子來源環形RNA產生的調節機制，并進一步揭示了互補序列競爭性配對介導的可變環化調控，以全新的
研究人員開發環形RNA定量和剪接體轉換識別新方法
2020年1月3日，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊在《自然-通訊》（Nature Communications）雜志上發表題為Accurate quantification of circular RNAs identifies extensive circular isoform sw
我國科學家發現環形RNA新功能
基因“暗物質”間接參與免疫調節 人類基因“暗物質”環形RNA (核糖核酸)又被“發掘”一項新功能。中科院生物化學與細胞生物學研究所與中科院—馬普計算生物學研究所科研人員，合作研究發現了環形RNA及其生成調控過程參與抗病毒免疫反應，為環形RNA的功能和抗病毒免疫相關研究提供了新視角。日前，相關成
北京生科院發表環形非編碼RNA識別新技術
2月28日，國際學術期刊Briefings in Bioinformatics 發表了中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊題為Circular RNA identification based on multiple seed matching 的最新研究成果。因為目前在環形RNA識別方面存
北京生科院提出環形RNA識別的新方法
環形RNA是一類新報道的結構特殊的非編碼RNA。近兩年的研究發現，環形RNA在動物細胞內廣泛存在，且大多位于基因的外顯子區域。另有研究表明，少數環形RNA分子可以充當microRNA“海綿”，在轉錄后水平對基因表達進行調控。然而，目前絕大多數的環形RNA功能仍不明確，科學家們推測其可能與蛋白質及
環形RNA：從“無名之輩”到“明日之星”
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2024/1/516892.shtm動植物體內存在種類繁多的環形核糖核酸（circular RNA），其中以反向剪接產生的環形RNA含量最為豐富，因其具有獨特的閉環結構，近期引發全世界科學家的關注。在國家自然科學基金重大
北京生科院提出環形RNA全長轉錄本解析技術
4月12日，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊在《自然-實驗手冊》（Nature Protocols）上，發表了題為Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究論文，建立了環形RNA全長
科研家提出環形RNA全長轉錄本解析技術
近日，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊在《自然-實驗手冊》（Nature Protocols）上，發表了題為Full-length circular RNA profiling by nanopore sequencing with CIRI-long的研究論文，建立了環形RNA全長轉錄本解析
北京生科院在環形RNA研究領域取得新進展
6月28日，國際學術期刊Nature Communications 在線發表了中國科學院北京生命科學研究院計算基因組實驗室趙方慶團隊題為Comprehensive identification of internal structure and alternative splicing even
分子細胞卓越中心發表關于環形RNA的綜述文章
5月17日，中國科學院分子細胞科學卓越創新中心陳玲玲團隊在Cell上，在線發表了題為Circular RNAs: characterization, cellular roles and applications的綜述論文。該論文系統梳理了針對環形RNA研究的生物學技術手段，總結了其以非編碼RN
冷凍電鏡重建法解析γ管蛋白環形復合物的結構
近日，美國洛克菲勒大學等科研機構的科研人員在Cell上發表了題為“Asymmetric Molecular Architecture of the Human γ-Tubulin Ring Complex”的文章，解析了人類γ-管蛋白環復合物的不對稱分子結構。 γ-微管蛋白環形復合物（γ-tu
北京生科院建立單細胞環形RNA分析技術及表達圖譜
環形RNA是一類在真核細胞中廣泛存在的內源性非編碼RNA分子，在生物體發育過程中發揮重要作用。之前研究已在不同物種中鑒定出數百萬個環形RNA分子，并產生了大量用于揭示生物體組織表達模式的環形RNA數據資源。然而，由于大多數環形RNA表達量較低，傳統的轉錄組測序方法無法表征單個細胞環形RNA表達譜
研究揭示環形RNA促進相分離調控腫瘤發展分子機制
環形RNA是由pre-mRNA通過反向剪接形成的閉合環狀RNA分子，在生物體內可發揮miRNA海綿、結合蛋白以及翻譯成短肽等分子功能來調控各種生理和病理過程。與線性mRNA相比，環形RNA獨特的環狀結構使其具有更高的穩定性，在細胞內可更穩定地存在。因此，環形RNA更適合作為腫瘤的分子標志物及治療
我國學者成功挖掘和識別哺乳動物環形RNA功能
2019年3月19日，國際學術期刊Cell Reports 在線發表了中國科學院北京生命科學研究院計算基因組學實驗室趙方慶團隊題為“Expanded expression landscape and prioritization of circular RNAs in mammals”的最新研究
科研人員定量重建晚全新世早春水溫
中國科學院地球環境研究所氣候變化集成-模擬-同化-預測科研團隊趙家駒副研究員等聯合蘭州大學和中國科學院青藏高原研究所在岱海湖開展長鏈烯酮和長鏈烯酸酯研究，排除物種因素的影響，定量重建了晚全新世早春水溫。近日該研究成果發表在Quaternary Science Reviews上。研究重建了岱海湖中冷季
科研人員定量重建晚全新世早春水溫
中國科學院地球環境研究所氣候變化集成-模擬-同化-預測科研團隊趙家駒副研究員等聯合蘭州大學和中國科學院青藏高原研究所在岱海湖開展長鏈烯酮和長鏈烯酸酯研究，排除物種因素的影響，定量重建了晚全新世早春水溫。近日該研究成果發表在Quaternary Science Reviews上。 研究重建了岱海
科研人員定量重建晚全新世早春水溫
中國科學院地球環境研究所氣候變化集成-模擬-同化-預測科研團隊趙家駒副研究員等聯合蘭州大學和中國科學院青藏高原研究所在岱海湖開展長鏈烯酮和長鏈烯酸酯研究，排除物種因素的影響，定量重建了晚全新世早春水溫。近日該研究成果發表在Quaternary Science Reviews上。研究重建了岱海湖中冷季
南京地理所等利用湖泊沉積定量重建古溫度
過去2000年來地球氣候系統經歷了由單一自然變化到自然和人類活動共同作用的過程。定量化重建這一階段的氣候變化序列，有助于實現器測資料與古氣候記錄的對接，從而進一步理解自然因素和人為因素對氣候系統的影響。目前已有的古氣候重建序列覆蓋區域較少，定性重建較多而定量化研究較少。特別是對氣候環境變化較為敏
RNA－光譜分析與定量
? ? ? ? ? ? 試劑、試劑盒 DEPC 無核酸酶的水 儀器、耗材 紫外分光光度計 石英比色杯
DNA和RNA定量利器：Qubit－4
新一代測序（NGS）實驗中，我們需要將精確量的DNA文庫分子上樣到測序儀中。如果測序運行時的文庫分子過多或過少，都會使數據質量受損。這不僅浪費寶貴的樣本和試劑，也浪費我們和儀器的時間。對于芯片分析（Microarray）和實時定量PCR（qPCR）而言，精確測定樣本中的DNA或RNA也是必需的。以往
RNA－光譜分析與定量
?試劑、試劑盒 DEPC 無核酸酶的水儀器、耗材 紫外分光光度計 石英比色杯實驗步驟 一、材料與設備1）紫外分光光度計。2) 石英比色杯。3)DEPC4) 無核酸酶的水。二、操作方法(一）準備分光光度計用 0.1%DEPC 水浸泡比色皿至少 15 min。2) 用水或無 UV 吸收的緩沖掖設置基線。
中國科學院動物所團隊綜述環形RNA藥物設計
環形 RNA（circular RNA,circRNA）是一類廣泛存在于真核細胞中的內源性非編碼 RNA 分子，在生物體發育過程中發揮著重要作用。其獨特的環狀結構使其免受外切酶降解，因此比線性 RNA 更加穩定。自 2010 年代初以來，circRNA 在 RNA 適配體、 guide RNA 等領
生科院提出環形RNA內部序列結構可視化新方法
1月18日，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊于Bioinformatics 雜志上在線刊發了題為Visualization of circular RNAs and their internal splicing events from transcriptomic data 的研究。該研
黃土10Be定量重建亞洲季風降水變化研究取得突破
5月25日，美國《科學》（Science）雜志以研究論文形式（Research Article）刊登了美國亞利桑那大學教授Warren Beck和中國科學院地球環境研究所研究員、中國科學院院士周衛健共同領導的團隊在利用中國黃土10Be重建古降水研究中取得的最新成果：《黃土10Be記錄的55萬年以
環形RNA可變反向剪接和可變剪接表達圖譜被系統繪制
6月30日，國際學術期刊Genome Research 在線發表了中國科學院上海生命科學研究院計算生物學研究所楊力研究組和生物化學與細胞生物學研究所陳玲玲研究組關于環形RNA研究的最新進展：Diverse alternative back-splicing and alternative spl