生物信息分析數據挖掘
DNA芯片技術能夠在基因組水平分析基因表達，檢測許多基因的轉錄水平及在不同條件下的基因轉錄變化，顯示反映特征組織類型、發育階段、環境條件應答、遺傳改變的基因譜。基因芯片產生了海量的數據，僅僅進行差異表達分析還遠遠不夠，如何管理分析這些數據、從中挖掘信息已經成為利用這一技術的新的難點。芯片數據大量出現，新的問題隨之而來。如果將所有獲得的數據集中起來，我們能否將未知功能的新基因歸類到已知功能分類中?能否將基因表達與基因功能聯系起來?能否發現新類型的共調控基因?能否從芯片表達數據中得出完整的基因調控網絡?為了解決這些問題，聚類分析這種統計方法在生物芯片數據研究方面得到廣泛應用。一旦通過實驗確定了表達水平，接下來的聚類分析主要是找到那些有相似表達模式的基因(共表達基因)。因為許多功能相關的基因具有相似的表達模式，例如編碼蛋白質復合物的基因很可能有相似的表達模式，通過這些共表達基因的尋找可以對一些未知基因的功能研究給予提示。另外，共表達基......閱讀全文
生物信息分析數據挖掘
DNA芯片技術能夠在基因組水平分析基因表達，檢測許多基因的轉錄水平及在不同條件下的基因轉錄變化，顯示反映特征組織類型、發育階段、環境條件應答、遺傳改變的基因譜。基因芯片產生了海量的數據，僅僅進行差異表達分析還遠遠不夠，如何管理分析這些數據、從中挖掘信息已經成為利用這一技術的新的難點。芯片數據大量出現
源資信息科技：數據挖掘和通路分析專家
2010年全國質譜大會暨第三屆世界華人質譜研討會于2010年7月30日~8月1日期間在吉林長春順利召開，源資信息科技（上海）有限公司在此次大會上主要向與會者介紹了高級化學分析軟件(ACD/labs)及系統生物學中的GeneGo軟件，引起了與會專家、參會代表及各大儀器廠商的極大興趣。
美吉生物引領生物信息挖掘進入交互時代
“大數據、云計算、免費”這些在互聯網行業司空見慣的字眼，如果我們把它們融入到基因測序行業會出現什么樣的新鮮事物？有一家公司就把互聯網的理念灌輸到了基因測序行業里，它就是上海美吉生物醫藥科技有限公司（以下簡稱“美吉生物”）。 互聯網思路玩轉基因測序行業 近日，一則“生物信息挖掘進入交互時代”的
生物大數據挖掘尋找控制蛋白質死亡之門的鑰匙
蛋白質是自然界中最神秘的物質之一，幾乎所有的生命活動都有它的身影。正如人有生死，生物體內的蛋白質也有出生與死亡。蛋白質的出生是一個精準的從脫氧核糖核酸(DNA)轉錄得到的信使核糖核酸(mRNA)進而翻譯合成蛋白質的過程。當蛋白質的功能使命完成后，需要被及時降解掉(死亡)，否則，蛋白質過早或者過晚
共表達分析挖掘lncRNA的生物學功能
lncRNA研究是目前生命科學領域的研究熱點，但是，目前對于lncRNA的功能理解還處于初級階段。據不完全統計，目前已知功能的lncRNA不超過1000條。因此，怎么在現有基礎上去挖掘lncRNA的生物學功能呢？針對lncRNA和mRNA的共表達研究，為我們理解lncRNA在疾病中的生物學功能提
共表達分析挖掘lncRNA的生物學功能
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共表達分析挖掘lncRNA的生物學功能
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科學家如何還原和挖掘海洋微生物基因數據？
·GOMC數據庫為未來的研究提供了豐富的資源，包括開發新型生物技術產品、探索微生物的生態功能、研究微生物與環境變化的關系、開發新的疾病治療方法等。基因是生命的“源代碼”，其中不僅蘊藏著自然演化的奧秘，也囊括了數之不盡的生物工程資源。如何獲取、分析和應用基因數據，是現代生物學的核心議題之一。近日，一支
冰島基因公司數據挖掘計劃泡湯
圖片來源：基因解碼公司 因采集冰島人DNA用于發現基因和疾病之間關系而著名的基因解碼公司遇到了一個棘手問題。近日，《科學》雜志報道稱，冰島負責監督數據保密性的國家機構駁回了基因解碼公司的請求——該公司希望可以使用計算機方法分析該國的宗系記錄，以估算28萬名并未同意參與該公司的研究，
“AI+大數據”推動數據挖掘走向數智化治理
??5月20日，阿里巴巴副總裁、阿里云計算平臺負責人賈揚清在媒體溝通會上表示，經過近20年的發展，人們對大數據的利用已從早期的數據挖掘進化為集數據分析、數據管理、數據協同為一體的綜合治理，在這一進程中，大數據與人工智能（AI）技術的融合居功甚偉。 賈揚清提到，數字經濟迅猛發展，不斷豐富、增長的數
單細胞數據細胞分類與功能挖掘的基因分析法介紹
接觸過單細胞轉錄組數據的小伙伴們都知道，數據的核心結果在于根據每個細胞的基因表達數據，來對細胞進行分群分類。現有通用的分析思路如下：首先根據轉錄組稀疏矩陣，通過計算和分析，找到不同的細胞Cluster，并找到每一類集群的Marker基因。根據已有對細胞特定Marker基因的認識，來對細胞可能的集
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公眾環保投訴大數據挖掘研究取得進展
隨著我國城市化水平不斷提高，居民對生活品質訴求日益增強，公眾環境意識顯著提升，環境保護投訴的數量隨之增加。區別于自上而下的傳統環境監測網絡，環保投訴直接來自于公眾，具有快速直接反應城市環境問題、包含豐富的環境信息等特點。目前，網絡投訴這類非結構化的文本數據多采用人工處理，效率較低，缺乏快速和自動
2014年國際數據挖掘大會在深圳召開
12月15日上午，由中科院深圳先進技術研究院參與主辦的第十四屆國際電氣電子工程師計算機協會數據挖掘國際會議在深圳召開。中國工程院院士、國家自然科學基金委副主任高文，深圳市副市長陳彪，中科院深圳先進院院長樊建平等出席。 據悉，這是該項頂級會議首次登陸中國大陸舉辦，吸引了海內外500多名專家參會。
歐盟擬改革版權法促進數據挖掘
近日，歐盟委員會宣布了一個被期待已久的提案，幫助研究人員更容易地從研究論文中獲得數據。目前，軟件能快速分析數百萬篇在線文章和數據集。科學家希望這種文本和數據挖掘技術（TDM）能揭露科學知識模型和產生新假設。 但該領域一直受版權法的限制。在歐盟，這種數據挖掘工作需要獲得論文版權所有者的許可。為
基因大數據深度挖掘，我們將面臨挑戰
在日前于北京召開的第四屆全國功能基因組學高峰論壇上，眾多與會專家就基因技術發展方向及面臨的機遇與挑戰進行了深入交流。作為一種新型基因檢測技術，基因測序能從血液或唾液中分析測定基因全序列，預測罹患多種疾病的可能性、個體的行為特征及行為合理性。基因測序技術能鎖定個人病變基因，予以提前預防和治療。
腫瘤基因專家致力挖掘單細胞大數據潛能
近年來，隨著測序技術的迅猛發展，單細胞測序技術已逐漸走入人們視野。2013年，單細胞測序技術成為《自然》評選的“Method of the Year”。大多數的基于NGS的基因檢測，都是在大量細胞宏觀水平上，對整個細胞群進行遺傳分析。單細胞測序技術則是在單個細胞的水平上，對其遺傳物質進行檢測，從
基因測序：數據深度挖掘和解讀難題待解
作為一種新型基因檢測技術，基因測序能夠從血液或唾液中分析測定基因全序列，預測罹患多種疾病的可能性，個體的行為特征及行為合理。基因測序技術能鎖定個人病變基因，提前預防和治療。正因如此，今年華大基因的上市，就引發了資本市場的熱烈追捧。 在日前在京召開的第四屆全國功能基因組學高峰論壇上，與會的眾多專
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作為一種新型基因檢測技術，基因測序能夠從血液或唾液中分析測定基因全序列，預測罹患多種疾病的可能性，個體的行為特征及行為合理。基因測序技術能鎖定個人病變基因，提前預防和治療。正因如此，今年華大基因的上市，就引發了資本市場的熱烈追捧。 在日前在京召開的第四屆全國功能基因組學高峰論壇上，與會的眾多
新的生物信息學工具，可以分析CRISPR合并的篩選數據
由貝勒醫學院的研究人員領導的團隊開發了一種新的生物信息學工具，可以分析CRISPR合并的篩選數據，并以比其他現有方法更高的靈敏度和準確度確定潛在相關基因的候選基因。新的基于網絡的分析工具也更快，更友好，因為它不需要生物信息學培訓來使用它。該研究發表在《Genome Research》雜志上。
生物塑料：中國尚未被挖掘的潛力
盡管中國是全球最大的塑料消費國，但其生物塑料潛力卻令人遺憾地被忽略了，近日在荷蘭阿姆斯特丹召開的可再生塑料會議上，一名演講者這樣認為。 德國Sus Tech Consult公司的總經理Bruno Rudnik表示，中國有太多的塑料加工企業不涉足生物塑料。該公司在新興市場推廣清潔技術解決
國家基因組科學數據中心公布數據資源整合挖掘體系
近日，國家基因組科學數據中心在國際學術期刊《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在線發表題為Database Resources of the National Genomics Data Center in 2020 的文章，以整體形式介紹基因組數據資源整合與挖掘體系建設
人工智能與數據挖掘驅動的腫瘤新藥研發
人工智能作為一種旨在模擬、延伸和擴展人的智能的科學，人工智能正在以前所未有的廣度和越來越快的速度改變著世界的面貌。而在普瑞基準創始人季序我和梁晗看來，人工智能可以幫助我們更好地回答那些醫學中最為本質的問題，對于新藥研發、臨床診療和醫學基礎研究，都有著不可估量的價值。 道路 在癌癥診治的過程中，
單細胞數據挖掘算法方面取得新進展
圖 SEVtras高效識別單細胞轉錄組數據中的胞外小囊泡 在國家自然科學基金項目（批準號：32025009、32130020等）資助下，中國科學院北京生命科學研究院趙方慶團隊在單細胞數據挖掘算法方面取得新進展，研究成果以“SEVtras識別單細胞轉錄組中液滴分辨率的胞外小囊泡（SEVtras de
心理所開發出神經影像數據挖掘的群組獨立成分分析方法
人腦是高度復雜的時空動力系統。基于神經影像數據，獨立成分分析(ICA)作為一種數據驅動算法，被廣泛應用于探索人腦系統的時空特性。在分析多被試數據時，現有ICA方法通常假設組內所有被試具有完全相同的腦活動成分。但是，當被試的腦活動模式的一致性不確定時，這一假設不盡合理。例如，在探索心理與精神障礙的
生物信息學在基因芯片數據功能分析中的應用
隨著人類基因組計劃(Human Genome Project)即全部核苷酸測序的即將完成，人類基因組研究的重心逐漸進入后基因組時代(Postgenome Era)，向基因的功能及基因的多樣性傾斜。通過對個體在不同生長發育階段或不同生理狀態下大量基因表達的平行分析，研究相應基因在生物體內的功能，
生物信息學在基因芯片數據功能分析中的應用
隨著人類基因組計劃(Human Genome Project)即全部核苷酸測序的即將完成，人類基因組研究的重心逐漸進入后基因組時代(Postgenome Era)，向基因的功能及基因的多樣性傾斜。通過對個體在不同生長發育階段或不同生理狀態下大量基因表達的平行分析，研究相應基因在生物體內的功能
生物活性物質的新資源挖掘的研究
功能食品的關鍵是其包含的天然生物活性物質 對人體生理機能具有調節作用，要實現多學科的基礎研究與創新性產品的開發，就必須不斷開發和挖掘新的功能性食品原料。動、植物中的生物活性物質資源非常巨大，應用現代先進科學技術全面開展資源鑒定 評價，包括功效成分及活性物質的鑒定、生理活性機制的探究等，深入挖掘植
GEN：大數據挖掘對癌癥治療的四大影響
2016年1月在瑞士達沃斯召開的世界經濟論壇上的一個panel討論中，美國副總統Joe Biden當場要求臨床醫生和研究者舉例表示人類在抗擊癌癥中突破的障礙。當幾個重要話題浮現時，最重要的議題是“大數據”，具體而言，即“大數據”的收集、分析和應用。 研究者表示：“大數據”是有效的，這是因為有重