主體分子β環糊精（βCD）與客體分子cinnarizine的對接研究
1.項目說明研究主體分子β-環糊精（β-CD）與客體分子cinnarizine的結合模式、相互作用力和結合位點。圖1.cinnarizine2.計算方法從Crystallography Open Database（http://www.crystallography.net/） 下載β-環糊精（COD 編號：2100207[1]），采用ChemBioDraw 畫出客體的化學結構。采用UCSF Chimera[3]處理主客體結構，去除β-CD晶體結構中的冗余原子，得到β-CD和客體分子的三維結構。對于主客體結構均采用Dock Prep模塊添加氫原子，分別添加AMBER14SB 力場和AM1-BCC 電荷[4, 5]，然后對主客體結構分別進行能量優化。采用Chimera 中的DMS 工具以半徑為1.4? 的探針生成主體分子的表面，使用sphgen 模塊生成填充在空腔中的球狀集合（Spheres），使用Grid 模塊生成Gri......閱讀全文
主體分子β環糊精（βCD）與客體分子cinnarizine的對接研究
1.項目說明 研究主體分子β-環糊精（β-CD）與客體分子cinnarizine的結合模式、相互作用力和結合位點。 圖1.cinnarizine 2.計算方法 從Crystallography Open Database（http://www.crystallograp
主體分子β環糊精（βCD）與客體分子cinnarizine的對接研究
1.項目說明研究主體分子β-環糊精（β-CD）與客體分子cinnarizine的結合模式、相互作用力和結合位點。圖1.cinnarizine2.計算方法從Crystallography Open Database（http://www.crystallography.net/） 下載β-環糊精（CO
研究利用環糊精等制備出超分子玻璃
湖南大學、中國農業科學院麻類研究所、中南大學等單位合作，利用環糊精等為原料，基于低共熔策略制備了超分子玻璃。近日，相關研究成果在線發表于Nature Communications上。超分子玻璃制備過程。受訪者 供圖透明材料的發展在工業生產和科學探索中都至關重要，而有機玻璃和無機玻璃是兩種典型的透明材
什么是分子對接？
分子對接是通過受體的特征以及受體和藥物分子之間的相互作用方式來進行藥物設計的方法。主要研究分子間(如配體和受體)相互作用,并預測其結合模式和親合力的一種理論模擬方法.近年來,分子對接方法已成為計算機輔助藥物研究領域的一項重要技術。
基于環糊精主客體識別的自組裝納米材料研究綜述
中國科學院成都生物研究所高分子自組裝課題組長期致力于基于環糊精主客體識別的自組裝納米材料研究，在近年來取得了一系列引人注目的科研成果并引起了國內外同行的廣泛關注。應自組裝領域專家Prof. Feihe Huang （Zhejiang University， China）、Steven Zimme
分子對接技術流程介紹
蛋白與小分子的對接受體結構準備：通過數據庫下載或同源建模構建受體三維結構；藥物分子準備；對接口袋的確定蛋白與蛋白的對接蛋白結構模型準備：通過數據庫下載或同源建模構建受體三維結構；對接，一般生成數萬種pose如果知道某些殘基參與結合，那么可以對對接pose進行過濾對對接POSE進行重新打分并排序，挑選
分子對接技術的主要方法
各種分子對接方法對體系均有一定的簡化，根據簡化的程度和方式，可以將分子對接方法分為三類。剛性對接：剛性對接方法在計算過程中，參與對接的分子構像不發生變化，僅改變分子的空間位置與姿態，剛性對接方法的簡化程度最高，計算量相對較小，適合于處理大分子之間的對接。半柔性對接：半柔性對接方法允許對接過程中小分子
環糊精的改性的問題介紹
由于α-CD分子空洞孔隙較小,通常只能包接較小分子的客體物質,應用范圍較小；γ-CD的分子洞大,但其生產成本高,工業上不能大量生產,其應用受到限制；β-CD的分子洞適中,應用范圍廣,生產成本低,是工業上使用最多的環糊精產品。但β-CD的疏水區域及催化活性有限,使其在應用上受到一定限制。為了克服環
與B細胞識別、粘附、活化有關的CD分子
? （一)BCR復合物 B細胞抗原受體（B cell receptor,BCR)復合物至少由四種不同的多肽鏈組成，抗原結合部位是由重鏈和輕鏈構成的膜表面Ig的四鏈結構，此外，在BCR中還含有Igα和Igβ兩種多肽鏈，最近在白細胞分化抗原國際專題討論會中分別命名為CD79a和CD79b。在人類B
超分子前藥mPEGβCD/FcCPT的自組裝及釋放行為研究獲進展
刺激響應性聚合物膠束可以對諸如pH、溫度、光照、氧化劑、酶以及超聲輻照等外界環境的刺激做出反饋性響應，以其優異的控制釋放功能而在藥物傳輸體系中表現出極具前景的潛在應用。其可針對腫瘤細胞與正常組織的生物學差異選擇性釋藥，有效地降低了抗腫瘤藥物對正常細胞的毒副作用，大大提高藥物的利用率。但是，由于腫
分子對接計算中如何確定對接口袋？
在一般的分子對接計算中，一個不可或缺的步驟是定義配體分子（通常為有機小分子）的結合位置，即對接口袋。對于蛋白-小分子復合物X-ray晶體結構，口袋內就有一個配體，它為我們指示了對接口袋的位置。但還有很多X-ray晶體結構、NMR解析的結構沒有配體結構，我們該如何確定對接口袋呢？更一般地，對于核酸
分子對接有什么用途？
探索藥物小分子和大分子受體的具體作用方式和結合構型;篩選可以與靶點結合的先導藥物（虛擬篩選）;解釋藥物分子產生活性的原因;指導合理地優化藥物分子結構。
分子對接技術的起源及方法
分子對接這一想法的歷史可以追溯到19世紀提出的受體學說，Fisher提出的受體學說認為，藥物與體內的蛋白質大分子即受體會發生類似鑰匙與鎖的識別關系，這種識別關系主要依賴兩者的空間匹配。隨著受體學說的發展，人們對生理活性分子與生物分子的相互作用有了更加深刻的認識，從基于空間匹配的剛性模型逐漸發展成為基
成都生物所在多重刺激響應聚合物膠束研究中獲進展
刺激響應性聚合物膠束可以對諸如pH、溫度、光照、氧化劑、酶以及超聲輻照等外界環境的刺激做出反饋性響應，已被廣泛應用于藥物載體、傳感器、納米器械等諸多領域。但是，傳統的刺激響應性聚合物具有響應性單一、不能實時調控等缺陷，限制了其進一步的發展與應用。 中國科學院成都生物研究所研究員李幫經長期致力于
與T細胞識別、粘附、活化有關的CD分子（一）
? T細胞是一類重要的免疫活性細胞，除直接介導細胞免疫功能外，對機體免疫應答的調節起關鍵作用。T淋巴細胞本身的識別活化及效應功能的發揮，不僅與外來抗原、絲裂原和多種細胞因子密切相關，而且有賴于T細胞相互之間、T細胞與抗原提呈細胞（APC)之間以及T細胞與靶細胞之間的直接接觸。T淋巴細胞識別抗原的受體
與T細胞識別、粘附、活化有關的CD分子（二）
? （一)T細胞受體 T細胞受體（T cell receptor,TCR或Ti)是T淋巴細胞表面識別外來抗原與自身MHc Ⅰ類抗原（或Ⅱ類抗原)復合物的受體，在同種異體移植中TCR也識別單獨的非已的MHC抗原。目前已經證實，TCR在細胞表面與CD3密切結合在一起組成TCR/CD3復合物，TCR
與T細胞識別、粘附、活化有關的CD分子（五）
? （四)CD8 1.CD8分子的結構 CD8分子是由α、β兩條多肽鏈組成的穿膜糖蛋白，α鏈分子量34kDa，相當于小鼠的Lyt-2;β鏈30kDa，相當于小鼠的Lyt-3。每條鏈各包括1個IgV樣結構域、連接肽、穿膜區和胞漿區。α和β鏈在連接肽處有二硫鍵相連。部分CD8分子是由同源α鏈雙體（α/
與T細胞識別、粘附、活化有關的CD分子（四）
? （三)CD4 CD4和CD8分子分別與MHCⅡ類和Ⅰ類抗原結合，不僅可增強T淋巴細胞與APC或靶細胞結合的程度，而且與刺激信號的傳遞有關。CD4陽性細胞是MHCⅡ類抗原限制的細胞群，CD8陽性細胞是MHCⅠ類抗原限制的細胞群。有關CD4和CD8抗原在胸腺細胞分化過程中的變化以及CD4、CD8T
與T細胞識別、粘附、活化有關的CD分子（六）
? （五)CD2 1.CD2分子的結構和分布 CD2分子又稱T11、綿羊紅細胞受體（ER)、淋巴細胞功能相關抗原2（LFA-2)和Leu5，是人T淋巴細胞表面的單鏈糖蛋白，分子量50kDa，CD2基因定位于第1號染色體，屬免疫球蛋白基因超家族。編碼351氨基酸殘基，包括先導序列24氨基酸殘基，2個
與T細胞識別、粘附、活化有關的CD分子（七）
? （六)CD58（LFA-3) 1.LFA-3分子的結構 淋巴細胞功能相關抗原-3（lymphocyte function associated antigen-3,LFA-3)（CD58)是細胞表面糖蛋白，分子量55～70kDa，屬免疫球蛋白超家族成員，與CD2分子高度同源，胞膜外區有2個
與T細胞識別、粘附、活化有關的CD分子（三）
? （二)CD3（T3、Leu4) CD3分子分布于成熟T淋巴細胞表面，至少由γ、δ、ε、ζ、η5種多肽鏈組成，與T細胞抗原受體非共價連接（圖1-3)。CD3單克隆抗體可誘導CD3多肽和TCR共帽形成（co-capping)，并誘導T淋巴細胞活化。TCR識別外來抗原與自身MHC分子形成的復合物，C
環糊精的結構特點
環糊精分子具有略呈錐形的中空圓筒立體環狀結構，在其空洞結構中，外側上端（較大開口端）由C2和C3的仲羥基構成，下端（較小開口端）由C6的伯羥基構成，具有親水性，而空腔內由于受到C-H鍵的屏蔽作用形成了疏水區。既無還原端也無非還原端，沒有還原性；在堿性介質中很穩定，但強酸可以使之裂解；只能被α-淀粉酶
分子對接計算中如何確定對接口袋？（一）
在一般的分子對接計算中，一個不可或缺的步驟是定義配體分子（通常為有機小分子）的結合位置，即對接口袋。對于蛋白-小分子復合物X-ray晶體結構，口袋內就有一個配體，它為我們指示了對接口袋的位置。但還有很多X-ray晶體結構、NMR解析的結構沒有配體結構，我們該如何確定對接口袋呢？更一般地，對于核酸、多
分子對接計算中如何確定對接口袋？（二）
3、從返回的結果中找到Output files，下載我們需要的pdb文件文件①是輸入的pdb文件（我們輸入了PDB ID，POCASA自動從RCSB PDB庫中下載蛋白文件），文件②是我們需要的輸出結果，包含了若干潛在口袋的位置信息。將兩者下載下來，然后使用PyMOL或其他分子圖形軟件觀察分析。（P
分子對接計算中如何確定對接口袋？（三）
在殷賦云計算平臺上定義對接口袋說了這么多，分子對接中使用游離蛋白作為受體時，又該如何定義對接口袋呢？計算平臺為我們提供了三種定義口袋的方式，對于復合物蛋白，可以通過“選擇文件”選擇之前就提取出來的配體分子進行定義（詳見平臺教程，在微信公眾號首頁回復“計算教程”即可獲得下載鏈接）；對于游離蛋白，可通過
關于環糊精的結構介紹
環糊精分子具有略呈錐形的中空圓筒立體環狀結構,在其空洞結構中,外側上端（較大開口端）由C2和C3的仲羥基構成,下端（較小開口端）由C6的伯羥基構成,具有親水性,而空腔內由于受到C-H鍵的屏蔽作用形成了疏水區。既無還原端也無非還原端,沒有還原性；在堿性介質中很穩定,但強酸可以使之裂解；只能被α-淀
科學家開發高性能環保生物基有機超長室溫磷光材料
華東理工大學化學與分子工程學院、費林加諾貝爾獎科學家聯合研究中心教授馬驤團隊和上海市刑事科學技術研究院研究員劉文斌團隊合作，開發了一種特殊的生物基有機超長室溫磷光（OURTP）材料，滿足高性能需求的同時，也符合可持續發展的要求，為未來高性能發光材料的研發提供了新的思路和方向。相關研究成果近日發表于《
主要分子對接軟件功能特點介紹
DOCKDock是應用最廣泛的分子對接軟件之一，由Kuntz課題組開發。Dock應用半柔性對接方法，固定小分子的鍵長和鍵角，將小分子配體拆分成若干剛性片斷，根據受體表面的幾何性質，將小分子的剛性片斷重新組合，進行構像搜索。在能量計算方面，Dock考慮了靜電相互作用、范德華力等非鍵相互作用，在進行構像
分子對接技術研究化合物1與受體PARP1的結合模式
項目說明 采用分子對接技術研究化合物1與受體PARP1的結合模式（圖1）。 圖1.化合物1的化學結構 2.計算方法 從RCSB Protein Data Bank（http://www.rcsb.org）下載PARP1的X-ray晶體結構（PDB 編號：4RV
武漢物數所在沸石分子篩主客體相互作用研究中取得進展
中國科學院武漢物理與數學研究所波譜與原子分子物理國家重點實驗室鄧風研究組在用13C-27Al NMR新方法研究沸石分子篩與吸附分子主客體相互作用方面取得新進展, 相關研究結果發表在近期美國化學會的J. Phys. Chem. Lett.（2014, 5, 3068）雜志上。 研究催化劑活性中心