分子對接計算中如何確定對接口袋？
在一般的分子對接計算中，一個不可或缺的步驟是定義配體分子（通常為有機小分子）的結合位置，即對接口袋。對于蛋白-小分子復合物X-ray晶體結構，口袋內就有一個配體，它為我們指示了對接口袋的位置。但還有很多X-ray晶體結構、NMR解析的結構沒有配體結構，我們該如何確定對接口袋呢？更一般地，對于核酸、多肽以及主客體中的主體分子，又該如何定義對接口袋呢？ 對接口袋這個概念存在于分子對接計算中，是受體中配體結合的可能區域。通過設定足夠大的盒子把口袋囊括起來來告知對接程序它的位置。如果對接口袋被設定在真正的活性結合位點上，則有更大概率找到配體正確的活性構象與結合模式。對接口袋，顧名思義，通常呈口袋狀（開口小、肚子大、能容納一定體積的分子結構），也有其他形狀，比如管道狀、凹槽狀和淺洼狀，而以口袋形狀最為典型。對于蛋白-配體復合物而言，大且深的疏水性空腔對于配體結合至關重要。對于蛋白結構，這一特點便成為各種算法尋找對接口袋/識別結合......閱讀全文
分子對接計算中如何確定對接口袋？
在一般的分子對接計算中，一個不可或缺的步驟是定義配體分子（通常為有機小分子）的結合位置，即對接口袋。對于蛋白-小分子復合物X-ray晶體結構，口袋內就有一個配體，它為我們指示了對接口袋的位置。但還有很多X-ray晶體結構、NMR解析的結構沒有配體結構，我們該如何確定對接口袋呢？更一般地，對于核酸
分子對接計算中如何確定對接口袋？（三）
在殷賦云計算平臺上定義對接口袋說了這么多，分子對接中使用游離蛋白作為受體時，又該如何定義對接口袋呢？計算平臺為我們提供了三種定義口袋的方式，對于復合物蛋白，可以通過“選擇文件”選擇之前就提取出來的配體分子進行定義（詳見平臺教程，在微信公眾號首頁回復“計算教程”即可獲得下載鏈接）；對于游離蛋白，可通過
分子對接計算中如何確定對接口袋？（二）
3、從返回的結果中找到Output files，下載我們需要的pdb文件文件①是輸入的pdb文件（我們輸入了PDB ID，POCASA自動從RCSB PDB庫中下載蛋白文件），文件②是我們需要的輸出結果，包含了若干潛在口袋的位置信息。將兩者下載下來，然后使用PyMOL或其他分子圖形軟件觀察分析。（P
分子對接計算中如何確定對接口袋？（一）
在一般的分子對接計算中，一個不可或缺的步驟是定義配體分子（通常為有機小分子）的結合位置，即對接口袋。對于蛋白-小分子復合物X-ray晶體結構，口袋內就有一個配體，它為我們指示了對接口袋的位置。但還有很多X-ray晶體結構、NMR解析的結構沒有配體結構，我們該如何確定對接口袋呢？更一般地，對于核酸、多
什么是分子對接？
分子對接是通過受體的特征以及受體和藥物分子之間的相互作用方式來進行藥物設計的方法。主要研究分子間(如配體和受體)相互作用,并預測其結合模式和親合力的一種理論模擬方法.近年來,分子對接方法已成為計算機輔助藥物研究領域的一項重要技術。
分子對接技術流程介紹
蛋白與小分子的對接受體結構準備：通過數據庫下載或同源建模構建受體三維結構；藥物分子準備；對接口袋的確定蛋白與蛋白的對接蛋白結構模型準備：通過數據庫下載或同源建模構建受體三維結構；對接，一般生成數萬種pose如果知道某些殘基參與結合，那么可以對對接pose進行過濾對對接POSE進行重新打分并排序，挑選
如何科學合理地對待分子對接結果
這不是一個簡單的問題，我沒有做過系統性的研究，僅說一下經驗之談。歡迎大家留言討論，各抒己見。將問題分解一下，本文主要回答兩個問題：A、如何判斷結合模式好壞？B、如何評價結合能力高低？ 討論的重點是結合模式的判斷，因為我們已知現有的對接軟件的打分函數預測能力非常有限，而且一般情況下是我們不能
如何科學合理地對待分子對接結果？
這不是一個簡單的問題，我沒有做過系統性的研究，僅說一下經驗之談。歡迎大家留言討論，各抒己見。將問題分解一下，本文主要回答兩個問題：A、如何判斷結合模式好壞？B、如何評價結合能力高低？討論的重點是結合模式的判斷，因為我們已知現有的對接軟件的打分函數預測能力非常有限，而且一般情況下是我們不能左右的。由于
分子對接有什么用途？
探索藥物小分子和大分子受體的具體作用方式和結合構型;篩選可以與靶點結合的先導藥物（虛擬篩選）;解釋藥物分子產生活性的原因;指導合理地優化藥物分子結構。
分子對接技術的主要方法
各種分子對接方法對體系均有一定的簡化，根據簡化的程度和方式，可以將分子對接方法分為三類。剛性對接：剛性對接方法在計算過程中，參與對接的分子構像不發生變化，僅改變分子的空間位置與姿態，剛性對接方法的簡化程度最高，計算量相對較小，適合于處理大分子之間的對接。半柔性對接：半柔性對接方法允許對接過程中小分子
如何處理對接時候的蛋白自帶小分子
想加入微信學術交流群的朋友，請在公眾號首頁輸入“加群”，驗證后入群。 殷賦云平臺-分子對接方案，智能化預測蛋白質、多肽、核酸與小分子間的相互作用，識別文末二維碼了解更多！ 1 A：請教蛋白自帶好多小分子，對接的時候怎么處理呢? 殷賦科技：對接時并不需要這些小分子，其用途
如何處理對接時候的蛋白自帶小分子？
1A：請教蛋白自帶好多小分子，對接的時候怎么處理呢?答：對接時并不需要這些小分子，其用途只有一個——幫助定位口袋。因此，保存你需要的小分子，其他清除掉。但有一種情況例外，輔酶分子或類似作用的分子應當保留在受體中，因為它將作為受體的一部分與配體產生相互作用。A：有的還帶有金屬離子~ 是不是也應該保留。
主要分子對接軟件功能特點介紹
DOCKDock是應用最廣泛的分子對接軟件之一，由Kuntz課題組開發。Dock應用半柔性對接方法，固定小分子的鍵長和鍵角，將小分子配體拆分成若干剛性片斷，根據受體表面的幾何性質，將小分子的剛性片斷重新組合，進行構像搜索。在能量計算方面，Dock考慮了靜電相互作用、范德華力等非鍵相互作用，在進行構像
分子對接技術的起源及方法
分子對接這一想法的歷史可以追溯到19世紀提出的受體學說，Fisher提出的受體學說認為，藥物與體內的蛋白質大分子即受體會發生類似鑰匙與鎖的識別關系，這種識別關系主要依賴兩者的空間匹配。隨著受體學說的發展，人們對生理活性分子與生物分子的相互作用有了更加深刻的認識，從基于空間匹配的剛性模型逐漸發展成為基
如何對接線端子EMC測試
由于電子產品出口國外需要做EMC測試，所以接線端子作為電子設備的配件產品也不例外，想要做出口貿易，那么就需要提前了解如何對接線端子EMC測試?下面世復檢測來給大家做一個詳細的攻略。 接線端子是用于實現電氣連接的，那么就需要電磁兼容性測試EMC，EMC包含兩大項：EMI(干擾)和 EMS(敏
月軌交會對接背后：對接測試、樣品轉移測試
?舉世關注的“月軌相擁”成功上演。 12月6日5時42分，嫦娥五號上升器成功與軌道器和返回器組合體交會對接，并于6時12分將月球土壤樣品容器安全轉移至返回器中，完成了“回家”前的“月球土特產快遞攬件”任務。 這是我國首次實現月球軌道交會對接。 作為探月三期的收官之戰，嫦娥五號將刷新人類無
主體分子β環糊精（βCD）與客體分子cinnarizine的對接研究
1.項目說明 研究主體分子β-環糊精（β-CD）與客體分子cinnarizine的結合模式、相互作用力和結合位點。 圖1.cinnarizine 2.計算方法 從Crystallography Open Database（http://www.crystallograp
主體分子β環糊精（βCD）與客體分子cinnarizine的對接研究
1.項目說明研究主體分子β-環糊精（β-CD）與客體分子cinnarizine的結合模式、相互作用力和結合位點。圖1.cinnarizine2.計算方法從Crystallography Open Database（http://www.crystallography.net/） 下載β-環糊精（CO
怎么確定小分子與蛋白的活性位點？
1A:對接的時候，小分子與蛋白的活性位點是怎么選呢?參照文獻么?選擇的時候，活性位點有很多，是選擇什么樣的位點對接呢?B:先分析你的化合物和已知底物的相似性關系，再選擇合適位點。A:我剛剛開始接觸這些，不太懂，相似性關系是分析哪方面呢?B:拓撲結構相似性，電荷分部的相似性。一類化合物能結合多個口袋的
如何選擇蛋白晶體結構
在使用殷賦云計算平臺的時候，有不少用戶對于如何選擇蛋白晶體結構存在疑問。本篇就這個話題做一些經驗分享。任何標準都有一個適用范圍。我們在這里只討論用于分子對接的蛋白晶體結構的選擇原則和方法。 1. 確定蛋白種屬 在實驗當中，研究人員通常使用動物模型（如小鼠）來研究人源蛋白。這樣做有許
如何選擇蛋白晶體結構？
在使用殷賦云計算平臺的時候，有不少用戶對于如何選擇蛋白晶體結構存在疑問。本篇就這個話題做一些經驗分享。任何標準都有一個適用范圍。我們在這里只討論用于分子對接的蛋白晶體結構的選擇原則和方法。1. 確定蛋白種屬在實驗當中，研究人員通常使用動物模型（如小鼠）來研究人源蛋白。這樣做有許多原因，比如：1） 無
怎么確定小分子與蛋白的活性位點
1 A:對接的時候，小分子與蛋白的活性位點是怎么選呢?參照文獻么?選擇的時候，活性位點有很多，是選擇什么樣的位點對接呢? B:先分析你的化合物和已知底物的相似性關系，再選擇合適位點。 A:我剛剛開始接觸這些，不太懂，相似性關系是分析哪方面呢? B:拓撲結構相似性，電荷分
共價化合物的分子對接問答詳解三則
A: 有沒有人做過共價化合物的分子對接? B:薛定諤有，covalent docking。 A:有沒有用過，結果可有價值? B:我有替實驗室師兄做過一次，挺大的天然產物去對接，全塞進腔里了，感覺有點不對勁。需要你去定義反應位點，以及化合物的反應基團及類型，比如邁克爾加成。
本源量子開啟國內首個量子分子對接應用探索
近期，蚌埠醫科大學與本源量子計算科技（合肥）股份有限公司達成戰略合作，雙方將聯合研發國內首個量子分子對接應用，依托我國第三代自主超導量子計算機，以量子算力加速小分子藥物研發流程并提高藥物設計效率。小分子藥物可以輕易穿透細胞膜到達任意位置，并與靶點蛋白產生相互作用從而發揮對應的治療效果。蚌埠醫科大學藥
本源量子開啟國內首個量子分子對接應用探索
近期，蚌埠醫科大學與本源量子計算科技（合肥）股份有限公司達成戰略合作，雙方將聯合研發國內首個量子分子對接應用，依托我國第三代自主超導量子計算機，以量子算力加速小分子藥物研發流程并提高藥物設計效率。小分子藥物可以輕易穿透細胞膜到達任意位置，并與靶點蛋白產生相互作用從而發揮對應的治療效果。蚌埠醫科大學藥
共價化合物的分子對接問答詳解三則
1A: 有沒有人做過共價化合物的分子對接?B:薛定諤有，covalent docking。A:有沒有用過，結果可有價值?B:我有替實驗室師兄做過一次，挺大的天然產物去對接，全塞進腔里了，感覺有點不對勁。需要你去定義反應位點，以及化合物的反應基團及類型，比如邁克爾加成。殷賦科技:@A 你要針對少數化合
分子對接技術研究D7152441－抑制劑與PB2蛋白的結合模式
從本期起，小編將帶領大家使用殷賦云計算平臺（http://cloud.yinfotek.com/）來做一系列計算“文章”。這一期咱們來重現一篇2018年文獻[1]的計算結果，看看作者是如何運用分子對接技術來闡明機理、升華文章的。該文獻影響因子4.6，是典型的“實驗+計算”模式，比較接近大多數科研
科研創新對接戰場需求
近日，從火箭軍某基地傳來喜訊：由該基地對接戰場需求提出的“某高效檢測屏蔽裝置研制”項目，已進入研制定型階段。該基地領導介紹，科研創新只有瞄準戰場難題，精準發力破解，才能真正發揮好服務打仗保障打贏作用。 該基地先后出臺了一系列舉措：每次訓演練或是執行重大任務，都組織大批科研骨干赴一線“淬火”，
化合物活性預測相關知識問答
Docking相關 A:新手想問一下，docking結果怎么判斷小分子和蛋白產生了結合呀，形成了疏水鍵或氫鍵嗎? B:打分越低越好，一般會設置一個已知的配體用來做參照，或者說用來檢驗參數是否合理。 A:我是選擇了有配體的蛋白，處理了蛋白和分子后進行docking，得到這個結果。
關于蛋白與分子的結合在微信學術群里的討論結果
Docking相關 A:新手想問一下，docking結果怎么判斷小分子和蛋白產生了結合呀，形成了疏水鍵或氫鍵嗎? B:打分越低越好，一般會設置一個已知的配體用來做參照，或者說用來檢驗參數是否合理。 A:我是選擇了有配體的蛋白，處理了蛋白和分子后進行docking，得到這個結果