連接非編碼突變和腫瘤基因表達的轉錄組全網絡
腫瘤基因組中充滿了非編碼突變，這些突變對腫瘤的影響研究還不是很清晰。加州大學圣地亞戈分校的科學家Wei Zhang and Ana Bojorquez-Gomez，Trey Ideker，在最近國際頂級期刊Nature Genetics發表文章 A global transcriptional network connecting noncoding mutations to changes in tumor gene expression。作者對930個腫瘤全基因組和匹配轉錄組進行綜合分析，確認了193個非編碼位點會影響腫瘤基因表達。這些‘體細胞eQTL’(表達數量性狀基因座)在特定的癌癥組織中經常發生突變，大多數基因可以在3，382個獨立的腫瘤隊列中被驗證。其中，他們發現非編碼突變對dam 1、mtg 2和hyi轉錄的影響尤其重要。在多個癌細胞株中，DAAM 1表達的增加導致細胞侵襲性遷移。作者進行此項研究的......閱讀全文
連接非編碼突變和腫瘤基因表達的轉錄組全網絡
腫瘤基因組中充滿了非編碼突變，這些突變對腫瘤的影響研究還不是很清晰。加州大學圣地亞戈分校的科學家Wei Zhang and Ana Bojorquez-Gomez，Trey Ideker，在最近國際頂級期刊Nature Genetics發表文章 A global transcriptiona
轉錄組測序和全轉錄組測序的區別
全轉錄組廣義上是指細胞在特定狀態下所能轉錄出來的?所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA?。借助高通量測序技術，可以全面獲取樣本中轉錄產物信息，結合競爭性內源RNA ( ceRNA)機制， 進行聯合分析，深入挖掘轉錄水平調控網絡。轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有
人血細胞中的所有蛋白編碼基因進行全基因組轉錄組分析
在臨床和研究環境中，血液都是對人類進行分子分析的主要來源，并且是許多治療策略的目標，這突顯了需要對構成人類血液的細胞進行全面的分子圖譜構建。人類蛋白質圖譜計劃（www.proteinatlas.org）是一個開放式數據庫，旨在通過整合各種組學技術（包括基于抗體的成像）來繪制所有人類蛋白的圖譜。在
全基因組及轉錄組測序案例分析
案例：應用全基因組測序和 RNA 測序來描繪常見的變異型免疫缺陷綜合癥（CVIDs）的基因圖譜 背景：常見的變異型免疫缺陷綜合癥（CVIDs）是機體免疫應答反應中不能產生抗體的最主要原因。CVIDs 變異度很高，大概 5% 的病人是由基因改變引起的。 目的：利用 Illumina HiSeq25
利用CRISPR研究基因組“暗物質”
超過98%的人類基因組由非編碼基因組成。這些非編碼基因被稱為基因組的“暗物質”，它們能調控編碼基因的表達，從而影響人類健康和疾病進程。自從人類基因組序列被公開發表以來，科學家們努力解析基因中的功能元件，包括非編碼調節區——參與轉錄調節的順式調節區和非編碼RNA（ncRNA）。轉錄因子在整個基因組
tDEG（轉錄組差異表達基因深度分析）
?本公司采用自主研發與成熟開源軟件相結合的方式構建了專業高效的生物信息分析流程，對您獲得的海量RNA-seq序列的質量、特征等重要信息進行圖形可視化；對兩個以上生物學樣本之間的差異表達基因進行可信分析；對差異表達所揭示出的重要科學問題進行中肯分析；讓您快速“發現”所關注生物學問題，醫學問題和農業問題
測序與芯片定位葡萄膜黑色素瘤關鍵基因
英法兩國的研究人員通過測序和芯片分析，發現了與葡萄膜黑色素瘤中選擇性剪接相關的SF3B1突變。這一突變與預后良好相關，有望指導疾病的臨床管理。這項研究成果于近日發表在《Cancer Discovery》(2012年影響因子：10.143)上。 葡萄膜黑色素瘤(uveal melan
基因是否表達：cfDNA全基因組測序可揭曉
《Nature Genetics》雜志上的研究表明，血循環游離DNA（cfDNA）可提供線索來預測基因的表達。 全基因組測序就能知道基因是否表達 基因表達(gene expression)是指細胞在生命過程中，把儲存在DNA順序中的遺傳信息經過轉錄和翻譯，最后轉變成具有生物活性的蛋白質分子的
轉錄組測序與轉錄表達譜測序的異同
轉錄組測序可以得到特定條件下所有mRNA轉錄本的豐度信息，從而發現新的轉錄本和可變剪接體基因表達譜(gene expression profile)：指通過構建處于某一特定狀態下的細胞或組織的非偏性cDNA文庫,大規模cDNA測序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群體組成,從而描繪該特
智力障礙相關非編碼基因突變發現
科技日報北京6月6日電?（記者張夢然）新一期《自然·醫學》發表的一項大規模遺傳學研究結果顯示，相比目前已知的其他任何非性別相關基因，RNU4-2基因的罕見突變，可能是更多臨床診斷智力障礙病例的一個促進因素。新發現有望促進對特定神經發育疾病的診斷和治療。智力障礙是一種神經發育疾病，其特征為智力功能以及
人類癌癥基因組非編碼區域中鑒別出關鍵的致癌突變
近日，一項刊登在國際雜志Nature上的研究報告中，來自加拿大安大略省癌癥研究所的科學家們通過研究在人類癌癥基因組中的大量非編碼區域（也被稱之為人類癌癥DNA的“暗物質”）中發現了一種新型的致癌突變；這種突變或能作為一種新型潛在的治療靶點，幫助科學家們開發治療多種類型癌癥的新型療法，包括腦癌、肝
關于全基因組測序的研究結果分析介紹
① 全基因組測序的研究結果— NCI-H209細胞系基因組中，共檢測到22,910個堿基替換、65個插入缺失（Indels）、58個結構變異；在基因組的編碼區，除了發現RB1 和TP53基因發生點突變和MLL2基因由于發生了G>T的顛換，從而產生了pre-stop codon外，有94個點突變直
全球最大規模結直腸癌多組學研究成果發布
腸癌多組學研究成果發布?結直腸癌被稱為“沉默殺手”，全球每年結直腸癌新增病例約190萬例，發病率居所有癌癥第三位。更可怕的是，約20%的患者在確診時已發生轉移，其死亡率更是高居各類癌癥第二位。面對這一嚴重威脅人類生命健康的重大疾病，科學界近期傳來好消息——8月7日，中國科學院杭州醫學研究所組學與智慧
全球最大規模結直腸癌多組學研究成果發布
結直腸癌被稱為“沉默殺手”，全球每年結直腸癌新增病例約190萬例，發病率居所有癌癥第三位。更可怕的是，約20%的患者在確診時已發生轉移，其死亡率更是高居各類癌癥第二位。 面對這一嚴重威脅人類生命健康的重大疾病，科學界近期傳來好消息——8月7日，中國科學院杭州醫學研究所組學與智慧醫療中心聯合瑞典
全球最大規模結直腸癌多組學研究成果發布
結直腸癌被稱為“沉默殺手”，全球每年結直腸癌新增病例約190萬例，發病率居所有癌癥第三位。更可怕的是，約20%的患者在確診時已發生轉移，其死亡率更是高居各類癌癥第二位。 面對這一嚴重威脅人類生命健康的重大疾病，科學界近期傳來好消息——8月7日，中國科學院杭州醫學研究所組學與智慧醫療中心聯合瑞典
關于基因表達的機制非編碼RNA的成熟的介紹
多數生物體中的非編碼基因（ncRNA）被轉錄為需要進一步加工的前體。核糖體RNA（rRNA）通常被轉錄為含有一個或多個rRNA的前體rRNA，前體rRNA后來在特定位點被大約150種不同的snoRNA切割和修飾。轉移RNA（tRNA）的5'和3'端序列分別被RNase P和tRN
千年基因總部助力韓國人胃癌基因組及轉錄組研究
千年基因總部Macrogen助力研究者完成了韓國人胃癌基因組及轉錄組微衛星突變的研究，該研究的基因組和轉錄組測序于Macrogen通過ISO9001 & ISO13485 & CLIA認證的國際最高質量標準的大型基因組學實驗室完成，研究成果于6月4日發表于Genome Research。
基因表達的轉錄機制介紹
轉錄過程由RNA聚合酶（RNAP）進行,以DNA為模板,產物為RNA。RNA聚合酶沿著一段DNA移動,留下新合成的RNA鏈。 基因組DNA由兩條反向平行和反向互補鏈組成,每條鏈具有5'和3'末端。這兩條鏈分別稱為“模板鏈”（產生RNA轉錄物的模板）和“編碼鏈”（含有轉錄本序列的
基因組所發布全轉錄組關聯研究知識庫
近日，中國科學院北京基因組研究所（國家生物信息中心）國家基因組科學數據中心（NGDC）開發的全轉錄組關聯研究知識庫正式上線。該研究成果以“TWAS Atlas: a curated knowledgebase of transcriptome-wide association studies”為題在
基因是否表達，做個cfDNA全基因組測序就可揭曉
8月29日，《Nature Genetics》雜志上的研究表明，血循環游離DNA（cfDNA）可提供線索來預測基因的表達。 全基因組測序就能知道基因是否表達 基因表達(gene expression)是指細胞在生命過程中，把儲存在DNA順序中的遺傳信息經過轉錄和翻譯，最后轉變成具有生物活性的
全轉錄組測序文章
研究背景? ? ?? 長鏈非編碼RNA（Long noncoding RNA，lncRNA）普遍被認為是一類不能編碼蛋白的長鏈RNA。由于其序列較長，所以可以有較大的潛力形成多種復雜構象，從而通過不同生物學途徑發揮其作用。此外，由于其不具備蛋白編碼能力，因此此類RNA也主要由其堿基序列形成的高級
林東昕院士Nature－Genetics揭示抑癌lincRNA
中國醫學科學院北京協和醫學院的研究人員在新研究中揭示，在基因間長鏈非編碼RNA (lincRNA) LINC00673中的一個胰腺癌風險變異為miR-1231構建了一個結合位點，干擾了PTPN11降解。這一重要的研究發現發布在5月23日的《自然遺傳學》（Nature Genetics）雜志上。
關于癌癥全基因組－我們有了全新的認識
今日，最新一期《自然》雜志如約上線，而登上封面的“癌癥全基因組”則是本期的主題：在本期《自然》雜志上，一共發表了6篇相關的論文。而在Nature Genetics、Nature Biotechnology、以及Nature Communications等子刊上，也有系列論文發表。 那么，是什么
全基因組測序揭示肝癌相關基因突變
由亞洲癌癥研究組織(ACRG)、深圳華大基因研究院等多家單位合作完成的與肝細胞癌相關的基因突變研究成果于2013年6月20日在《基因組研究》(Genome Research)雜志上發表。這是繼2012年3月份在《自然-遺傳學》上發表的乙肝病毒整合機制研究之后，該研究團隊在肝癌研究中所取得的又
長非編碼RNA調控癌基因MYC表達的綜述文章
8月7日，中國科學院上海生命科學研究院生物化學與細胞生物學研究所研究員陳玲玲受邀在國際學術期刊Current Opinion in Genetics & Development 發表題為The long noncoding RNA regulation at the MYC locus 的綜述論
南京醫科大學最新文章：癌細胞中的RNA表達模式
系統生物學認為, 生命體是一個復雜的動態變化網絡, 對于生命的研究需要從整體出發, 研究生命網絡中的這些復雜的相互作用和調控關系, 而不是僅孤立地研究各個網絡中的節點。近期針對非編碼RNA，來自南京醫科大學的研究人員進行了深入探索，旨在構建全基因組水平編碼-非編碼 RNA調控網絡, 探討 ncR
癌癥基因組——癌癥研究和云計算的里程碑
圖片來源：https://www.nature.com/articles/d41586-020-00308-w 2001年，人類基因組計劃完成，整個計劃花費約30億美元，1985年提出，1990年正式啟動，歷經十余年。腫瘤是最熱門的研究領域之一，該領域的研究者們一直希望可以借助測序手段去表征腫瘤的
6篇Nature齊發！癌癥基因組計劃成果成井噴之勢
除了Nature一次性發表6篇論文外，Nature Genetics雜志發表了3篇，Nature Communications發表9篇，Nature Biotechnology一篇，詳細報道BioArt后續會陸續發布。文章合集網址：https://www.nature.com/collectio
RNA測序技術如何繪制全基因組轉錄終止？
近日，南方科技大學生命科學學院翟繼先團隊利用納米孔單分子RNA測序技術繪制了擬南芥全基因組水平轉錄終止圖譜。該方法能同時捕獲包括已轉錄過polyA位點的 readthrough轉錄本、完成3’末端切割的5’或3’切割產物、以及已完成或正在進行多腺苷酸化（polyadenylation）的轉錄本在
“863”腫瘤全基因組研究獲進展
7月14日，“十一五”國家“863”重大專項“食管癌全基因組關聯分析和藥物基因組學研究”和“肺癌全基因組關聯分析和藥物基因組學研究”成果匯報會在京召開。 日前，遺傳學權威期刊《自然—遺傳學》刊登了我國科學家食道癌和肺癌研究的重要進展。由中國醫學科學院腫瘤研究所分子腫瘤學國家重點實驗室教授林東昕