斑馬魚基因敲除是怎么做的
一、基因敲除的設計方案 1.1 基因的基本信息 確認斑馬魚基因的基本信息，包括名稱ID號等，一般會在NCBI等查詢。 1.2 分析基因結構、氨基酸序列等做生物學信息的分析 1.3分析蛋白質的保守結構功能域 通過綜合考慮，設計最佳的KO靶點。 1.4 分析并設計CRISPR，分析其效率及脫靶的情況 一般使用CCTOP，少數物種如沒有可找其它專業網站。 二、CRISPR活性驗證 2.1 分析并確認基因組序列 設計Genotyping引物，確認實際基因組序列與理論匹配情況，如CRISPR靶點驗證與理論序列存在出入，需回到1.4重做。 該步驟還需要確認引物擴增條件，以備后用，如不能正常擴增需要重新設計，并且不能進行下一步操作。 2.2 合成sgRNA 使用Thermo轉錄試劑盒轉錄，完成后需測定濃度（不得低于400 ng/μl） 和OD......閱讀全文
斑馬魚色素細胞如何形成條帶
一項研究發現，斑馬魚的特征條帶反映了這種動物的皮膚上的色素細胞的運動和它們之間的相互作用。盡管科研人員長久以來就注意到了數學模型可以準確地重現動物界的許多特征條帶和斑點，動物圖案背后的生物過程在很大程度上尚未得到解釋。為了更好地理解這些過程，Hiroaki Yamanaka 和Shigeru
一種快速有效的基因分型斑馬魚的方法（一）
?為了促進斑馬魚的高通量的基因分型，我們開發了一種新的技術——用高通量熔解分析（HRMA）區分野生、雜合、純合突變。這種耗時一個小時的技術不需要進行限制性內切酶酶切和瓊脂糖凝膠電泳的操作。此技術生成的熔解圖的敏感性高，可以檢測不明確的PCR產物。我們可以對斑馬魚的三種類型的突變進行可靠的基因分型，包
一種快速有效的基因分型斑馬魚的方法（三）
?Fig.3. 通過高分辨溶解曲線進行逆轉錄病毒插入突變wdr43hi821a進行基因分型。A：wdr43hi821a的基因組。B：野生型和突變等位基因的DNA序列。下劃線標注的是引物序列。野生型的Tm值為73.0℃，突變型的Tm值為81.1℃。C：從wdr43hi821a/+得到的48個晶
一種快速有效的基因分型斑馬魚的方法（二）
Fig.1. 應用HRMA對p53zy7（p53I166T）和apchu745（apcmcr）進行點突變基因分型。A：p53I166T 錯譯突變周圍的序列。有下劃線的為引物序列，星號標注的是SNP位點。野生型產物的Tm值為79.5℃，突變型為80.9℃。B：Melting curves
從“1”開始實現“0”的突破大規模斑馬魚定向突變體庫建成記
斑馬魚，因全身布滿多條深藍色條紋似斑馬而得名。這種不起眼的生物，卻是撬動許多學科發展的基礎——其基因和人類基因相似度達87％，因此被應用在生命科學、健康科學和環境科學等領域的研究中，與線蟲、果蠅、小鼠一樣，是常用的模式生物。 從2013年開始，在中國科學院院士朱作言、孟安明的號召下，國內30多
Nature－Aging：腸道特異性端粒酶可延長端粒并延緩全身衰老
端粒是真核細胞線性染色體的末端結構，在細胞復制過程中起保護作用，避免DNA受到損傷，并且像帽子一樣有效防止染色體間末端重組、融合和染色體退化。 在細胞有絲分裂的過程中，端粒會隨著分裂次數的增加逐漸縮短，當端粒縮短到一定程度時便無法繼續維持染色體的穩定，從而導致細胞功能障礙直至死亡。因此端粒縮短
水生所關于斑馬魚基因捕獲與插入突變的研究取得突破
脊椎動物后基因組時代的主要任務是解讀基因的功能，而基因捕獲和插入突變是揭示基因功能的重要手段。斑馬魚具有易于飼養、繁育周期短、產卵量大、體外受精與發育等優點，已成為發育和遺傳學研究的理想模式動物，但尚缺乏胚胎干細胞和基于胚胎干細胞的基因敲除技術。轉座子介導的基因捕獲和突變研究為大規模篩選斑馬魚突
基因組學突破性成果：斑馬魚序列解析
人類發育，生理功能及疾病發生的過程涉及到成千上萬的基因和其變異體，但是大部分的基因和其變異體的功能依然是未知的。過去的20年里，斑馬魚逐漸成為研究人類基因功能的重要模式動物。在《自然》雜志網站發表的兩篇文章里1,2，報道了斑馬魚參考基因組序列和完成超過10,000個蛋白編碼基因的斷裂性突變體的鑒
關于肝損傷修復及其分子調控機制
利用 CRISPR/Cas9 技術，針對靶基因序列設計 sgRNA， 指導 Cas9 蛋白在特定基因位點引起 DNA 雙鏈斷裂，在非同源性末端接合修復斷裂 DNA 的過程中，靶基因堿基突變或缺失被引入到斑馬魚基因組中，最終導致靶基因無法正常轉錄翻譯，達到基因敲除的目的。目前我們利用 CRISPR
斑馬魚如何長出新的神經元
研究人員已經發現了使得斑馬魚的大腦能夠在其受到創傷性損害之后再生的機制。與哺乳動物不同，這些在淡水中生長的小鰷魚因為腦部損傷所致的炎癥會伴有新神經元的產生。 如今，Nikos Kyritsis及其同事展示，在損傷反應中，斑馬魚腦部的炎癥會激活特定的信號傳導分子及神經膠質細胞，后者可促進
斑馬魚胚胎細胞的培養——細胞系
實驗材料鏈酶蛋白酶E用D-PBSA配制1%胰蛋白酶和1mmol L EDTAZEM-2細胞（或等同物）試劑、試劑盒LDF基礎培養液LDF原代培養液LDF維持培養液D培養液Holtfreter緩沖液實驗步驟鱒魚胚胎提取物：(a)收集胚胎（受精后 28 天的 Shasta Rainbow 或其他鱒魚種系
斑馬魚胚胎細胞的培養——原代培養
實驗方法原理收集胚胎，除去絨毛膜，用胰蛋白酶分散胚胎細胞，然后在胚胎成纖維細胞飼養層上培養從斑馬魚囊胚和原腸期胚獲得的原代細胞。實驗材料鏈酶蛋白酶E用D-PBSA配制1%胰蛋白酶和1mmol L EDTA胚胎成纖維細胞飼養層人重組白血病抑制因子試劑、試劑盒LDF基礎培養液LDF原代培養液LDF維持培
斑馬魚的胚胎原位雜交試驗實錄
收集斑馬魚的胚胎，在Holfretor水中培養，到達所需要的發育時期時，用蛋白酶去除卵膜，用4%多聚甲醛固定，在4℃保存，二十四小時后用50%甲醇2%多聚甲醛溶液洗，然后換成甲醇，在-20C 保存，待用（兩天和兩天以上的胚胎需要用雙氧水處理，去除色素。或者使用苯锍脲稀溶液培養，可阻斷色素的形成）原位
類泛素分子Nedd8調控斑馬魚卵巢和第二性征發育機制揭示
Nedd8是一種類泛素分子，在E1、E2和E3等酶的酶促作用下，與靶標蛋白共價結合，引起靶標分子的Neddylation修飾，影響靶標蛋白的活性、穩定性或細胞定位。然而，由于動物模型的欠缺，研究人員對Nedd8的在體生物學功能仍缺乏了解。 中國科學院水生生物研究所魚類低氧生物學學科組博士生于光
斑馬魚造血干細胞生成機理
法國家日前通過對斑馬魚胚胎進行即時監控，發現了其造血的生成機理。這一成果為醫學界研究白血病療法提供了新思路。該研究由法國國家中心和巴斯德研究所共同完成。研究人員在最新一期英國雜志上報告說，他們采用即時成像對斑馬魚的胚胎進行了觀察。結果發現，斑馬魚胚胎主動脈的部分內皮細胞先是發生卷曲，隨后蜷縮成一團，
研究揭示斑馬魚“自我定位”神經回路
斑馬魚幼魚能夠弄清它們在哪里，去過哪里，以及如何回到原來的位置。幼體斑馬魚在被洋流推離航道后如何追蹤自己的位置并導航呢？科學家發現，這與一種多區域的大腦回路有關。相關研究近日發表于《細胞》。 “我們研究了一種行為，在這種行為中，斑馬魚幼魚必須記住過去的位移，以準確地保持它們的位置，因為水流可能把
解鎖電鰻發電之謎，讓斑馬魚發電
研究人員證實，他們發現的基因控制區只控制肌肉中鈉通道基因的表達，而不控制其他組織。電魚和電鰻一樣，可以根據種類、性別、甚至個體來區分其他電魚，這要歸功于它們的電器官，它還允許它們傳輸和接收類似于鳥叫聲的信息。最近發表在《科學進展》(Science Advances)上的一項研究描述了微小的基因改變是
斑馬魚平臺助力HSP發病機理研究
遺傳性痙攣性截癱（HSP）又稱家族性痙攣性截癱，是一種神經系統退行性變性疾病。其病理改變主要是脊髓中雙側皮質脊髓束的軸索變性或脫髓鞘，以胸段最重。 臨床表現為雙下肢肌張力增高，腱反射活躍亢進，病理反射陽性，呈剪刀步態。2018年5月11日，中國國家衛生健康委員會等5部門聯合制定了《第一批罕見病目錄》
中國團隊破譯斑馬魚心臟再生密碼
在中國海洋大學海洋生物多樣性與進化研究所的實驗室，一群藍銀相間的熱帶淡水魚正在透明實驗水箱中游弋。這群看似十分普通、身形纖細、最長不過4厘米的觀賞魚，就是中國海洋大學教授蘇穎和趙龍團隊長期研究的核心對象——斑馬魚。心臟是生命的永動機，和大多數成年哺乳動物一樣，人的心肌細胞一旦受損或缺失便難以補充、修
斑馬魚研究全套裝備配置清單
斑馬魚由于養殖方便、繁殖周期短、產卵量大、胚胎體外受精、體外發育、胚體透明等特點，已成為生命科學研究的新寵，是最受重視的脊椎動物發育生物學模式之一。你的實驗室在做斑馬魚研究嗎？斑馬魚研究需要哪些工具？你知道斑馬魚研究的最強裝備嗎？服務全球科學家48年歷史，WPI為您供全套的斑馬魚研究工具，包括斑馬魚
武漢研究斑馬魚揭示器官再生之謎
身長約4厘米，具暗藍與銀色縱條紋 基因與人類的相似度達87% 心臟能再生 約2000種人類疾病能出現在其身上 胚胎在體外發育，且完全透明 一種經濟實惠的實驗動物，一對斑馬魚一次可生產300只“魚寶寶” “斑馬魚的基因與人類相似度高達87%，人類無法長出第二個心臟，而斑馬魚的心臟卻能再生
Nature驚人發現：基因敲除技術的缺陷
當前一些基因組改造新方法在科學界引發了廣泛的討論：例如，采用CRISPR/Cas技術，科學家們可以刪除某一基因遺傳密碼的組成部分，由此敲除掉這一基因。 此外，還有一些方法可以抑制基因翻譯為蛋白質。兩種方法的共同之處在于，它們都阻礙了蛋白質生成，因此可給生物體造成一些相似的影響。然而，有證據顯示敲
孕酮信號可獨立維護斑馬魚精巢正常發育
原文地址：http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2022/3/474828.shtm 近日，中國科學院水生生物研究所一項研究發現，揭示了孕酮/ NPGR信號對斑馬魚精巢發育的調控作用。研究發現，動物體內增強的孕酮/NPGR信號，可以發揮不依賴于雄激素信號通路，促進
首個CRISPR/Cas9靶序列數據庫
近期，來自美國國立衛生研究院和瑞典烏普薩拉大學的研究人員，在國際著名學術期刊《Nucleic Acids Research》上發表的一項研究中，首次提出了一個已在斑馬魚中經過實驗驗證的CRISPR/Cas9靶序列數據庫。 CRISPR及CRISPR相關蛋白（Cas9），是在古細菌和細菌中發現的
國產斑馬魚專用實驗設備重大突破－環特生物引領全球開創斑馬魚研究新范式
近日，我國生物技術領域迎來標志性突破——環特生物與分析測試百科網聯合舉辦"2025斑馬魚實驗專用設備全球首發品鑒會"，正式推出自主研發的四大核心設備系統，標志著我國在斑馬魚實驗設備領域實現歷史性跨越。此次發布的斑馬魚高通量2D行為分析系統、成/幼魚3D行為分析系統、360全景成像系統及智能化養殖
僅采用NgAgo蛋白質，研究人員稱跟韓春雨實驗沒有關聯
這是自韓春雨之后，中國研究人員發表的有關NgAgo基因技術的第二篇學術論文。劉東在接受科技日報記者獨家專訪時表示，從學術角度確實無法評價，“我們用不同的系統，也沒有重復他（韓春雨）的實驗，僅僅是都用了NgAgo這樣一個蛋白質而已，無法做任何關聯和討論。” ▲劉東，2011年獲德國馬克斯-德爾布
基因靶向的基因敲除
實驗步驟構建重組基因載體絕大多數的基因敲除策略都是基于同源重組的機制，其基因載體包括載體骨架、靶基因同源序列和突變序列及選擇性標記基因等非同源序列，其中同源序列是影響同源重組效率的關鍵因素。用電穿孔顯微注射方法把重組DNA轉入受體細胞（一般是胚胎干細胞）核內。同源重組基因重組時以載體的同源序列取代染
水生所發布高質量AB品系斑馬魚參考基因組
斑馬魚是生命科學、健康科學和環境科學等研究領域的重要模式生物之一。常見的兩種實驗室斑馬魚品系分別是Tubingen品系和AB品系。其中，AB品系斑馬魚被國內外很多實驗室作為研究對象。然而，卻缺乏一個高質量的AB品系斑馬魚參考基因組。 由于不同品系斑馬魚來源不同，各品系之間存在著大量基因序列上的
基因敲除的定義
基因敲除(geneknockout),是指對一個結構已知但功能未知的基因,從分子水平上設計實驗,將該基因去除,或用其它順序相近基因取代,然后從整體觀察實驗動物,推測相應基因的功能。這與早期生理學研究中常用的切除部分-觀察整體-推測功能的三部曲思想相似。基因敲除可中止某一基因的表達外,還包括引入新基因
國際首例－他們用光指揮斑馬魚的白細胞
未來，如果你生病了，除了吃藥外，還有更多簡單高效的治療方式可選擇，比如用光照一照身體就能遠程遙控白細胞，從而主動調動身體的免疫能力。這并非科幻。我國科學家已實現了在活體上用光將白細胞變成“醫學微機器人”，可自主控制白細胞的激活和運動，這在國際上是第一例。7月13日，暨南大學李寶軍教授和鄭先創教授研究